alien_hunter - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

alien_hunter - Интерполированные мотивы переменного порядка для идентификации по горизонтали
приобретенная ДНК

СИНТАКСИС

чужой_охотник [Опции]

ОПИСАНИЕ

Alien_hunter - это приложение для прогнозирования предполагаемой горизонтальной передачи генов.
(HGT) события с реализацией Interpolated Variable Order Motifs (IVOM). An
Подход IVOM использует композиционные искажения с использованием распределений мотивов переменного порядка и
более надежно фиксирует локальную композицию последовательности по сравнению с фиксированным порядком
методы. По желанию, прогнозы могут быть проанализированы в скрытый марковский алгоритм 2-го порядка с двумя состояниями.
Модель (HMM) в структуре обнаружения точек изменения для оптимизации локализации
границы прогнозируемых регионов. Прогнозы (формат embl) могут быть автоматически
загружается в программу просмотра генома Artemis, которая находится в свободном доступе по адресу:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

ВВОД: необработанная геномная последовательность. ПРОГНОЗ: области HGT на основе интерполированного порядка переменных.
Мотивы (IVOM) аргументы:


необработанная геномная последовательность


имя файла для выходных данных

Дополнительные аргументы:

-a для загрузки файла прогноза в Artemis

-c оптимизировать прогнозируемые границы с помощью обнаружения точки изменения 2 состояния HMM 2-го порядка

Выходные файлы:


прогнозы (файл вкладки) в формате embl

.opt
оптимизированные (HMM) прогнозы (файл вкладки) в формате embl

.участок
прогнозы в формате Artemis User Plot для загрузки вручную с помощью Graph -> Add
Пользовательский график ...

.opt.plot
оптимизированные (HMM) прогнозы в формате Artemis User Plot для загрузки вручную с помощью
График -> Добавить график пользователя ...

.sco
баллы по всем скользящим окнам - для проверки распределения баллов

Примечание: прогнозы, которые перекрываются с опероном рРНК, упоминаются в квалификаторе примечания.

Используйте alien_hunter онлайн с помощью сервисов onworks.net