Это команда alistat, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
alistat - показать статистику для файла множественного выравнивания
СИНТАКСИС
алистат [опции] выровнять файл
ОПИСАНИЕ
алистат читает множественное выравнивание последовательностей из файла выровнять файл в любом поддерживаемом
формат (включая SELEX, GCG MSF и CLUSTAL) и показывает ряд простых статистических данных
об этом. Эта статистика включает название формата, количество последовательностей,
общее количество остатков, среднее значение и диапазон длин последовательностей, выравнивание
длина (например, включая символы пробела).
Также показаны некоторые процентные идентичности. Идентичность попарного выравнивания в процентах определяется
as (иденты / МИН (len1; лен2)) в котором твенное количество точных тождеств и Лен1,
len2 - невыровненные длины двух последовательностей. «Средний процент идентичности», «большинство
связанная пара »и« самая неродственная пара »выравнивания - это среднее, максимальное и
минимум из всех (N) (N-1) / 2 пар соответственно. "Самая дальняя последовательность" рассчитывается по формуле
найти максимальную парную идентичность (лучший родственник) для всех N последовательностей, а затем найти
минимум из этих N чисел (следовательно, наиболее удаленная последовательность).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-a Показать дополнительную подробную информацию: таблица с одной строкой на последовательность, показывающая
имя, длина, а также его высшая и наименьшая попарные идентичности. Эти строки
с префиксом * для упрощения включения grep 'вытаскивая их и сортируя их.
Например, алистат -a foo.slx | GREP * | sort -n +3 дает ранжированный список
наиболее удаленные последовательности в выравнивании. Несовместимо с -f опцию.
-f Быстро; используйте метод выборки для оценки среднего% id. Когда эта опция
выбран, алистат не показывает три других попарных идентификационных номера. Этот
опция полезна для очень больших трасс, для которых полный (N) (N-1) расчет
всех пар будет недопустимо (например, выравнивание Pfam GP120, с более чем 10,000 XNUMX
последовательности). Несовместимо с -a опцию.
-h Распечатать краткую справку; включает номер версии и обзор всех опций, включая
экспертные варианты.
-q be quiet - подавить подробный заголовок (название программы, номер и дату выпуска,
параметры и параметры в силе).
-B (Вавилонская рыба). Автоматическое определение и чтение формата файла последовательности, отличного от формата по умолчанию
(ФАСТА). Распознаются почти все распространенные форматы файлов последовательностей (включая Genbank,
Форматы невыровненных последовательностей EMBL, SWISS-PROT, PIR и GCG, а также Стокгольм, GCG MSF,
и форматы выравнивания Clustal). Полный список см. В печатной документации.
поддерживаемых форматов.
ЭКСПЕРТ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--информировать
Укажите, что файл последовательности имеет формат , вместо стандартного FASTA
формат. Общие примеры включают Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
или ФИЛИП; см. печатную документацию для получения полного списка приемлемых форматов.
имена. Этот параметр отменяет формат по умолчанию (FASTA) и формат -B Вавилонская рыба
опция автоопределения.
Используйте alistat онлайн с помощью сервисов onworks.net
