Это команда arden-analysis, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
arden-analysis - анализируйте результаты искусственного картирования эталонного генома
СИНТАКСИС
Arden-Analyse [кредита] [ВХОД ФАЙЛОВ] [ПАПКИ ВЫВОДА] ...
ОПИСАНИЕ
Скрипт для анализа результатов искусственного картирования эталонного генома. Этот сценарий
определяет предполагаемые TP / FP для определенного набора данных (чтения).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
ПАПКИ ВЫВОДА
путь к выходной папке назначения.
ВХОД ФАЙЛОВ
ppath к ini файлу. Чтобы получить требуемый формат, просмотрите файлы примеров.
--версия
показать номер версии программы и выйти
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
-p ФРЕД, --фред=ФРЕД
Укажите кодировку PHRED для считываемых входных данных, например, Illumina 1.3+ = -p 33. [по умолчанию:
33]
-r КЛАССИФИЦИРОВАТЬ, --внутренний=RANK / ЗВАНИЕ
Использовать внутреннее ранжирование для чтения (необходимо, если имена чтения не могут быть
лексикографически быть отсортированным таким же образом в python и в вашей ОС по sam
инструменты). [по умолчанию: 1]
Используйте arden-analysis онлайн с помощью сервисов onworks.net