Это команда arden-create, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
arden-create - создать искусственный эталонный геном (AR) из заданного входа
СИНТАКСИС
arden-создать [кредита] [ПАПКИ ВЫВОДА] [ВХОД ФАСТА] ...
ОПИСАНИЕ
Скрипт для создания искусственного эталонного генома (AR) из заданного входа. AR
по умолчанию выполняет следующие условия:
1 имеет распределение нуклеотидов, равное входному геному
2 имеет распределение аминокислот (аа), равное входному геному
3 сохраняет соседство аа, аналогичное соседству во входном геноме
4 защищает стартовые и стоп-кодоны от мутаций
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Обязательные аргументы:
ПАПКИ ВЫВОДА
полный путь к выходной папке назначения
ВХОД ФАСТА
Однопоследовательный файл Fasta.
--версия
показать номер версии программы и выйти
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
-d РАССТОЯНИЕ, --расстояние=РАССТОЯНИЕ
расстояние между 2 мутациями на уровне ДНК. Тогда минимальное расстояние будет d-3.
[по умолчанию: 15]
-o ОРФ, --орф=ORF
1- защитить структуру ORF от мутаций. 0 - разрешить мутации в старт / стоп
кодон [по умолчанию: 1]
-r РЕВСУБ, --revsub=РЕВСУБ
1 - обратная замена, если подходящего аналога не найдено (сбалансированная мутация).
0 - сохранить несбалансированные мутации. [По умолчанию: 1]
-m СЛУЧАЙНЫЙ, --случайный=RANDOM
1/0 переменной. 1 - перетасованные стартовые позиции для
мутации. 0 - линейная мутация [по умолчанию: 1]
-s СОРФ, --saveorfs=СОРФ
Сохранение найденных стартовых и стоп-кодонов в файле pickle (может быть загружен, если входной файл fasta
используется снова, если указано имя файла). [дефолт: ]
-l ЛОРФ, --loadorfs=ЛОРФ
Укажите имя файла для ранее созданного файла рассола (содержит позиции
стартовые / стоп-кодоны) [по умолчанию:]
-n ИМЯ, --имя=ИМЯ
Укажите имя, которое будет использоваться в качестве заголовка. [дефолт: ]
-p ПРИМЕРЫ, --примеры=ПРИМЕРЫ
установите значение 1, если вы хотите распечатать примеры
Используйте arden-create онлайн с помощью сервисов onworks.net
