artemis - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

Artemis - интерактивный анализ данных EXAFS

ОПИСАНИЕ

Artemis это программа для анализа данных EXAFS с использованием теоретических стандартов из Фефф.
Artemis включает интерфейсы для атомы и Фефф а также формы для определения параметров и
применяя эти параметры к путям из Фефф расчет. Artemis использует chi (k) как
это ввод. Он не выполняет никаких рутинных операций по обработке данных, таких как преобразование необработанных данных в
mu (E) или удаление фона. Artemisсестринская программа Афина обработка данных
программу.

СИНТАКСИС

Artemis это графическая и интерактивная программа, написанная на языке программирования Perl,
используя движок отображения Tk, Ифеффит Библиотека EXAFS и библиотека построения графиков PGPLOT.
(См. Ниже список соответствующих URL-адресов.)

Artemis поможет вам организовать все аспекты проекта по установке, включая выполнение Фефф
расчет, настройка параметров преобразования Фурье и подгонка данных,
параметризация путей из Фефф расчет, подгонка и построение графика
Результаты. Artemis Окно разделено на три панели. Самая большая панель - это пространство
где происходит большая часть работы. Его содержание является модельным и зависит от состояния данных.
и список путей. Этот список находится в центре, на тонкой панели. Другая тонкая панель
содержит элементы управления, которые используются для определения способа построения графиков.

Вверху окна находятся строка меню и панель проекта. На панели проекта отображается
имя текущего файла проекта. Он также содержит индикатор, который сообщает вам, если
проект был изменен с момента последнего сохранения. Нажав на измененный
индикатор сохранит проект (точно так же, как Cs или пункт «Сохранить проект» в Файле
меню). Внизу экрана находится эхо-область, где Artemis пишет всевозможные
полезные сообщения при использовании программы.

Список данных и путей содержит древовидный список всех объектов, которые могут быть
манипулируют, когда вы используете Artemis. При запуске программы отображаются два таких элемента.
Когда вы бежите Фефф расчеты, импорт Фефф пути и другие наборы данных, а также пробеги и др.
элементы добавляются в этот список. Всего в этом списке пять типов записей:
каждый из которых контролирует разные аспекты Artemis. Эти пять видов списков
это: (1) параметры подгонки, (2) данные, (3) подгонки, (4) Фефф расчет, или (5) Фефф дорожка.
Когда вы щелкаете элемент в списке данных и путей, этот элемент будет «выбран» и
"на якоре". Выбранный элемент выделяется оранжевым цветом. Привязанный элемент обведен
пунктирная линия. Можно привязать только один элемент. Можно выбрать 0, 1 или более элементов.

Привязанный элемент определяет режим большой панели. Например, когда "Угадай,
«Def, Set» привязан, на главной панели будет отображаться страница, используемая для настройки
параметры подгонки. Когда элемент данных привязан, на главной панели отображается страница для
установка параметров преобразования Фурье, диапазона подгонки и других параметров, связанных
с данными. Многие функции в Artemis зависят от режима основной панели. Немного
функции доступны только в определенных режимах. Каждый из режимов описывается отдельно.
раздел документа. См. «РАЗДЕЛЫ ДОКУМЕНТА».

Участки в Artemis всегда производятся с использованием выбранных предметов. Для построения, например, данных,
подходят и несколько отдельных путей, необходимо выбрать каждый из этих элементов. Много
другие функции в Artemis также работаем над набором выбранных предметов.

Привязка и установка путей обычно выполняется с помощью мыши в списке данных и путей,
хотя есть несколько других способов изменить привязку и выделение с помощью мыши
или клавиатуру. Вот список событий мыши, полезных в списке данных и путей:

левый мышь кнопка
Щелчок левой кнопкой мыши очистит все выбранные элементы, затем выделит и закрепит
элемент нажат. На главной панели будет отображаться страница, соответствующая привязанному элементу.

Центр мышь кнопка
Нажатие центральной кнопки мыши закрепит выбранный элемент без изменения
выбор. На главной панели будет отображаться страница, соответствующая привязанному элементу.

Правильно мышь кнопка
Щелчок правой кнопкой мыши закрепит выбранный элемент без изменения
выбор. Он также разместит меню функций, соответствующих выбранному элементу.
Эти меню аналогичны меню в строке меню в верхней части окна. В
На главной панели будет отображаться страница, соответствующая привязанному элементу.

Control ключ + оставил мышь кнопка
Щелчок левой кнопкой мыши, удерживая нажатой клавишу управления, добавит элемент
щелкнул по группе выбранных элементов. Якорь не менялся.

Shift ключ + оставил мышь кнопка
Щелчок левой кнопкой мыши, удерживая нажатой клавишу Shift, выберет все элементы.
между привязкой и выбранным элементом включительно. Якорь не менялся.

левый мышь кнопка + мышь дорогой
Щелкнув левой кнопкой мыши, затем перетащив мышь, удерживая кнопку
выберет все элементы, на которые вы перетаскиваете курсор. Первоначально выбранный элемент будет
быть привязанным, и на главной панели будет отображаться страница, соответствующая привязанному элементу.

Контроль-к, Control-j
Нажатие клавиш k или j, удерживая нажатой клавишу Control, переместит якорь на
предыдущий или следующий элемент в списке без изменения выбора. Основная панель будет
отобразить страницу, соответствующую закрепленному элементу. Эти две ключевые последовательности ведут себя
иначе, когда привязан элемент Guess, Def, Set. См. Страницу Guess, Def, Set
подробнее

Контроль-л
Нажатие клавиши l, удерживая нажатой клавишу управления, переведет фокус на Данные и
Список путей. Это позволяет перемещаться по списку с помощью клавиш со стрелками.

Цвет и шрифт текста в списке данных и путей указывают на состояние каждого
пункт. Любой элемент, написанный черным вертикальным текстом, является элементом, который можно нанести на график. Когда
набор данных или Фефф Путь исключен из подгонки, он будет написан коричневым текстом. В
Угадай, Защита, Установить элемент и Фефф Пункты расчета выделены курсивом. В
курсивом выделены элементы, которые не могут быть нанесены на печать. Хотя эти элементы, не предназначенные для построения графика, могут
будут выбраны, они будут проигнорированы при построении графика.

АРТЕМИДА: The Данные Страница

ARTEMIS - Страница данных

Страница данных отображается в Artemisглавная панель, когда элемент данных привязан к
Список данных и путей. См. Раздел основного документа для объяснения привязки и
выбор элементов в списке данных и путей.

Страница данных разделена на пять разделов. Вверху находится поле с заголовком
строки, связанные с этими данными. Они читаются из файла входных данных, но могут быть
редактируется пользователем в любое время. Когда данные записываются в выходные файлы, содержимое
этого поля записываются как заголовки. Под полем заголовков находится имя файла данных.
это было импортировано. Ниже расположены четыре поля, содержащие группы связанных элементов управления.

Данные переключение
Это поле содержит три переключателя, которые управляют определенными аспектами посадки. Первые два
актуальны только в случае совпадения нескольких наборов данных. При настройке проекта, содержащего
соответствие нескольких наборов данных, иногда полезно исключить весь набор данных из соответствия
не удаляя его из проекта. Это можно сделать с помощью первого переключателя. Когда
набор данных исключается, он и все элементы под ним отображаются коричневым текстом в данных и
Список путей, чтобы указать, что они были исключены из соответствия.

После того, как примерка будет завершена, Artemis хочет показать свою работу и показать сюжет
данные и только что законченная подгонка. В случае соответствия нескольких наборов данных вы можете
иметь предпочтение относительно того, какой набор данных будет отображен. Включите этот переключатель для своего
предпочтительный набор данных.

Третий переключатель сообщает Artemis для уточнения фонового сплайна, когда он
выполняет подгонку. Это уточнение, по сути, та же операция, которая была
в исполнении Афина удалить фон из данных. Параметр "rmin" служит
та же цель, что и АфинаПараметр "rbkg". Когда подгонка выполняется с
фоновое уточнение, сплайн используется для соответствия компонентам Фурье данных ниже
"rmin" и Фефф пути используются для подгонки компонентов Фурье между "rmin" и
"rmax". Количество параметров, используемых для определения сплайна, - это количество
независимые точки в этой части данных: «2 * delta_k * delta_R / pi», где «delta_k» -
диапазон преобразования Фурье и «delta_R» - это диапазон от 0 до «rmin». В
преимущество выполнения базовой доработки, кроме возможности выполнения
подходят лучше выглядят при низком R, заключается в том, что корреляции между параметрами фона и
подгоночные параметры можно измерить.

Фурье трансформировать и примерка параметры
Это поле содержит элементы управления, используемые для установки диапазонов прямого преобразования Фурье и
соответствия. Диапазон соответствия также используется в качестве диапазона обратного преобразования Фурье, когда
Участок q Пространство сделано. См. Раздел «Отстегивать пуговицы», чтобы узнать о маленьких кнопках.
отмечен синим крестиком.

Другие элементы управления используются для установки функциональных форм используемого окна преобразования Фурье.
в k и R. Ширина подоконников этих функций устанавливается в полях ввода
помечены «дк» и «др».

k-вес параметры
Элементы управления в этом поле используются для установки значений k-weight, которые будут использоваться в подгонках.
Есть переключатели для включения k-веса 1, 2 или 3. Также есть переключатель для
с указанием произвольного значения k-веса.

Это значения k-веса, используемые при подгонке, но не k-веса, используемые для построения данных.
Эти две цели k-веса независимо обрабатываются Artemis. См. График в
Artemis за обсуждение построения контрольных значений k-веса.

Людей иногда смущает концепция умножения k-весов для подгонки. В
Цель выбора низкого или высокого значения для k-веса состоит в том, чтобы попытаться подчеркнуть либо
нижний или верхний предел данных. Поскольку разные регионы данных чувствительны к
различные типы параметров, можно выбрать низкое или высокое значение, чтобы увеличить
точность измерения определенных параметров. Выполнение нескольких подходов с весом k - это своего рода
Компромисс - способ подчеркнуть оба конца данных при подгонке.

Подгонка определяется путем минимизации величины, называемой хи-квадрат. Хи-квадрат оценивается
суммируя квадраты разницы между данными и теорией. Поскольку FT
сложный, есть реальная часть и мнимая часть. Итак, хи-квадрат пропорционален:

/\
сумма <Re [данные (R) - th (R)] ^ 2 + Im [данные (R) - th (R)] ^ 2>
Р \ /

При подборе множественных k-весов в сумме просто больше членов. Возьмем kw = 1 и 3
подходят как пример. Это суммирование сделано для данных и теории kw = 1. И,
Суммирование проводится для данных и теории kw = 3. Суммы складываются, и
полная сумма используется для оценки хи-квадрат.

В конце концов, есть только один набор параметров предположения, которые были оптимизированы.
по размеру. Эти параметры предположения вместе с установленными параметрами используются для оценки
def параметры и параметры пути. Параметры пути используются для оценки
уравнение exafs для каждого пути. Уравнения exafs для путей суммируются, чтобы получить
наиболее подходящая теоретическая ци (к). У вас есть данные chi (k) и наиболее подходящие chi (k). Те могут
затем можно построить график, как вам нравится - даже с использованием k-веса, который не использовался при определении
подходит.

Прочее параметры
Последнее поле содержит несколько элементов управления, которые не помещаются в другие поля. Существует
меню для выбора подходящего помещения. Вы можете выбрать любой из значений k, R или q.
космос. По умолчанию соответствует R.

Эпсилон - это неопределенность, используемая для оценки хи-квадрат. Обычно можно позволить
Artemis использовать значение по умолчанию (которое определяется на основе среднеквадратичного значения данных между
15 и 25 ангстрем в R-пространстве). В некоторых ситуациях может оказаться полезным явно
установить значение для эпсилон.

После припадка Artemis записывает файл журнала, документирующий соответствие. Среди информации в
этот файл журнала представляет собой корреляцию между всеми параметрами подгонки. Вы можете установить
уровень ниже которого Artemis исключит корреляцию из этого отчета.

Наконец, есть меню для выбора пути, который будет использоваться для графиков с фазовой коррекцией. Этот
меню содержит первые пять путей из каждого Фефф расчет, используемый с набором данных.
Когда путь выбран для графиков с фазовой коррекцией, полный фазовый сдвиг этого пути -
части центрального атома и рассеивающего атома - будут вычтены из всего
то есть преобразование Фурье перед построением графика. Если для фазы выбран путь
коррекции, и вы строите график, скажем, из данных, подгонки и нескольких путей, выбранных
фазовый сдвиг будет вычитаться из каждого элемента перед нанесением на график. Фазовая коррекция
только для черчения. Подборки всегда выполняются для данных без фазовой коррекции.

срывать кнопки
Некоторые элементы управления на этой странице имеют небольшую кнопку с синим крестиком рядом с ними.
Они называются кнопками захвата и используются для захвата значений из окна графика.
Когда вы нажмете на одну из этих кнопок, в эхо-области будет написано приглашение с просьбой
чтобы щелкнуть точку на графике. Когда вы это сделаете, значение, на которое вы нажали, будет
вставлен в поле ввода рядом с кнопкой отщипывания. Artemis осторожен, чтобы не позволить
вы берете k-значение из графика в R или наоборот.

Контекст Меню
Когда вы наводите указатель мыши на ярлыки на странице данных, текст под курсором мыши будет меняться.
цвет. Это изменение цвета указывает на то, что щелчки мыши что-то делают. Левый
щелчок мышью по одной из этих меток вызовет краткое описание этого параметра.
отображается в эхо-области. Многие из этих описаний также предлагают разумные значения для
параметр.

Если щелкнуть правой кнопкой мыши на одной из этикеток, появится контекстное меню с полезными
функция. Одна из таких функций - восстановить этот параметр до значения по умолчанию. Если у вас есть
подходит несколько наборов данных, другие параметры меню позволяют ограничить параметр
между наборами данных.

Метки в верхней части полей чувствительны к нажатию левой кнопки мыши. Этикетки
поверх окна преобразования Фурье и диапазона подгонки и окна k-весов также чувствительны к
щелкните правой кнопкой мыши.

АРТЕМИДА: Угадайте, Задавать, Def Параметры

ARTEMIS - Угадай, установи, определи параметры

Эта страница используется для определения параметров аппроксимирующей модели. В Artemis есть шесть
виды параметров:

Guess
Параметры предположения - это те параметры, которые оптимизируются в процессе подбора для наилучшего
согласовать теорию с данными.

Def Параметры Def обычно выражаются в виде математических выражений, которые функционально могут быть
зависит от других параметров. Эти математические выражения обновляются в
конечно подходит. По мере обновления параметров предположения обновляются и параметры def.

Поставьте Установленные параметры оцениваются в начале подгонки и не обновляются на протяжении всего процесса.
подходит. Это основное различие между параметрами def и set. Установить параметры
могут быть числами или математическими выражениями.

обуздание
Ограничения - это математические выражения, которые, как и параметры def, обновляются в
Конечно, подходят, но которые играют в этом особую роль. Сдержанность
вычислено и добавлено в квадратуре к оценке параметра хи-квадрат. А
Таким образом, ограничение может быть использовано для включения смещения в результат подгонки.
к некоторым предварительным знаниям о физической системе. Увидеть Ифеффит для
полное обсуждение ограничений.

Пропускать
Параметры пропуска поддерживаются в проекте, но не используются ни в каком качестве в
соответствовать. Смысл параметра пропуска - сохранить, но не использовать сложный параметр.
со сложным математическим выражением.

После
After похож на параметр def в том, что он может зависеть от математического выражения.
по другим параметрам. Однако после не является частью подгоночной модели.
Вместо этого это параметр, который будет оцениваться после завершения подгонки с использованием
наиболее подходящие значения. Список параметров after будет записан в файл журнала.
Использование параметра after в любом месте вашей подгоночной модели приведет к Artemis
сообщение об ошибке в модели. После может зависеть и от других, но вам следует
Позаботьтесь о том, чтобы афтеры появлялись в списке. Параметры после
будет вычисляться только один раз после подгонки, таким образом, круговые или неупорядоченные зависимости
не будет решен.

Страница Guess, Def, Set разделена на два раздела. Вверху находится список, содержащий
список всех определенных параметров. Внизу находится область редактирования, содержащая
элементы управления, используемые для установки параметров.

The параметр список
Эта область содержит список из четырех столбцов всех параметров, определенных в проекте. В
в крайнем левом столбце подсчитываются параметры. Второй столбец содержит тег, определяющий
тип параметра. Третий столбец содержит имя параметра. Самый правый
столбец содержит математическое выражение параметра.

Параметры кодируются цветом и тегом во втором столбце. Параметры предположения
написаны фиолетовым текстом и имеют тег "g:". Параметры Def написаны зеленым текстом
и иметь тег "d:". Установленные параметры записываются черным текстом и имеют тег «s:».
Ограничения написаны розовым текстом и помечены тегом «r:». Параметры пропуска записываются в
серый текст и без тега. После параметры написаны сине-серым текстом и имеют
тег "a:".

Существует большое количество щелчков мышью и последовательностей клавиш, которые служат цели в
список:

1. Щелчок левой кнопкой мыши выбирает параметр и отображает его в области редактирования.

2. Двойной щелчок левой кнопкой мыши выбирает параметр, отображает его в редактировании.
область и запросит аннотацию параметра. См. «Примечания к параметрам».

3. Щелчок правой кнопкой мыши выбирает параметр, отображает его в области редактирования и публикует
контекстное меню об этом параметре. В меню несколько пунктов. Движение"
подменю используется для изменения положения текущего параметра в списке. Подменю "Сделать"
служит для изменения типа параметра. Пункт «Копировать» будет копировать
привязанный параметр, добавив несколько символов в конец его имени. "Сборка
сдержанность "обсуждается ниже. Пункт меню" Аннотировать "запрашивает
аннотация параметра. Пункт меню «Найти» будет искать по всем параметрам и путям.
математические выражения параметров и покажут, как этот параметр используется в проекте.
Пункт меню "Захватить" доступен только для параметров предположения и будет вставлять наиболее подходящий
значение из подгонки в качестве значения для этого параметра. Наконец, пункт меню «Отменить»
удалит этот параметр из списка после запроса подтверждения.

4. Control-d определит параметр в области редактирования.

5. Control-g выберет наиболее подходящее значение текущих параметров из подгонки.

6. Control-e покажет область редактирования, если она скрыта.

7. Control-k и control-j перемещают выделение вверх и вниз по списку. Обратите внимание, что
эти две последовательности клавиш служат для перемещения якоря вверх и вниз в списке данных и путей.
когда не отображается страница "Угадай, Определить, Установить".

8. Control-n снимет выделение и сфокусируется на поле ввода имени параметра, чтобы
вы можете создать новый параметр.

9. Control-y предложит вам нажать любую из клавиш g, d, s, r, k или e, чтобы установить
тип параметра. Это единственный способ установить тип параметра, который не
задействовать мышь.

Расширенный пакет выбор
Несколько элементов в списке параметров можно выбрать, удерживая нажатой клавишу Control, Shift-
щелкните и щелкните и перетащите последовательности, описанные для списка данных и путей, а также для журнала
зритель. Только закрепленный элемент списка (то есть тот, который окружен пунктирной линией и
отображается в области редактирования) можно изменить его имя и математическое выражение.

Преимущество расширенного выбора заключается в том, что некоторые из обсуждаемых параметров контекстного меню
выше в пункте №3 может работать сразу со многими параметрами. Выполняя расширенный выбор, затем
щелкнув правой кнопкой мыши где-нибудь в выбранном регионе, появится контекстное меню.
размещены варианты для группы выбранных параметров. В настоящее время группы параметров
могут иметь установленные типы и могут быть отброшены таким образом.

Если вы щелкните правой кнопкой мыши за пределами выбранной области, расширенный выбор будет очищен и
выбранный параметр будет привязан и выбран.

The отредактировать область
В области редактирования есть три ряда элементов управления. В верхнем ряду есть два поля ввода. В
меньший слева предназначен для ввода имени параметра. Более крупный на
справа - для ввода математического выражения параметра.

Под полями ввода находится набор из пяти радиокнопок для выбора типа параметра.
редактируется.

Внизу области редактирования находятся пять кнопок для управления изменяемым параметром.
отредактировал. Кнопка «Отменить редактирование» очищает поля ввода и отменяет все внесенные изменения.
только что сделал. Кнопка «Новый» используется для определения нового параметра. Очищает запись
коробки, отменяет выбор параметров в списке и переводит фокус на поле ввода для ввода
имя параметра. Кнопка «Захват» становится доступной после выполнения подгонки. Он вставляет
наиболее подходящее значение для параметра предположения. Кнопка «Отменить» удаляет параметр из
список. Появится диалоговое окно с подтверждением удаления. Наконец, кнопка «Скрыть» удаляет редактирование.
область из вида, чтобы в списке отображалось больше параметров. Когда область редактирования
скрыт, он заменен кнопкой восстановления области редактирования.

Вот подробности поведения этих элементов управления:

1. Нажатие клавиши возврата в поле ввода имени параметра определяет параметр, вставки или
обновляет его в списке и переводит фокус на поле ввода математического выражения. Если математика
выражение еще не определено, параметр будет определен как 0.

2. Нажатие возврата в поле ввода математического выражения определяет параметр, вставки или
обновляет его в списке и оставляет фокус на поле ввода математического выражения.

3. Щелчок по любой из радиокнопок определяет параметр, вставляет или обновляет его.
в списке и оставляет фокус без изменений.

Параметр аннотации
Аннотация - это короткая текстовая строка, связанная с параметром. Эта строка
записывается в эхо-область всякий раз, когда параметр выбирается в списке на
Угадай, Защити, Установить страницу. Цель аннотации - дать небольшую подсказку о
роль параметра в подгоночной модели. Если параметры предположения не имеют аннотации
когда выполняется подгонка, ее аннотация будет сгенерирована автоматически. Автоматический
аннотация для параметра предположения - это его наиболее подходящее значение +/- его шкала ошибок. Автоматический
аннотация для параметра def, after или restrain - это его оцененное значение после подгонки.

Здание удерживающие устройства
Один из пунктов контекстного меню, отображаемого при щелчке правой кнопкой мыши по параметру, предназначен для
построение ограничений на основе параметров предположения или определения. Этот инструмент предоставляет диалог для
создание одного конкретного типа ограничения - типа, который заставляет параметр оставаться
в пределах его стоимости. В диалоговом окне предлагается минимальное и максимальное значение и
за термин, называемый «усилитель». Математическое выражение построено так:

ограничить param_res = штраф (param, min, max) * amp

Функция штрафа оценивается как 0, когда "param" находится между "min" и "max", чтобы
«abs (min-param)», когда «param» меньше «min», и на «abs (param-max)», если «param»
больше чем "макс". Это добавляется в квадратуре к уменьшенному хи-квадрат, поскольку подгонка
оценен.

Член усилителя определяет величину штрафа. Большое значение для "amp" приведет к
заставить подходящее значение параметра "param" не выходить слишком далеко за его пределы. Небольшое значение
даст больше свободы подгонке, позволяя параметру отклоняться от вашего первоначального предположения.

Смотрите пост в Ифеффит FAQ, вопрос 8.1 для более подробного обсуждения ограничений, включая обсуждение.
о других способах установки ограничений, не связанных с функцией "штраф ()".

Предупреждение: ограничения не всегда уместны. Например, если подходит
возвращая отрицательное значение для sigma ^ 2, может быть нецелесообразно применять жесткое
сдержанность как способ заставить эту сигму ^ 2 быть ожидаемым значением. Часто
отрицательная сигма ^ 2 указывает на некоторые другие проблемы в модели подгонки, такие как
чрезмерный структурный беспорядок, вынужденное слишком маленькое координационное число,
неправильный атомный вид для обратного рассеивателя или что-то в этом роде. Использование ограничения на сигма ^ 2
в таком случае проблему не решить. Напротив, это может способствовать
ложное чувство выполненного долга за счет «исправления» «проблемы» сигма ^ 2 без фактического
решение актуальной проблемы в подгоночной модели.

подсветка
В меню GDS есть опция для выделения параметров. Это побудит вас
текстовая строка. Любые имена параметров или математические выражения, соответствующие этой строке, будут
отмечен зеленым фоном. Это особенно полезно для больших списков параметров.
Текстовая строка интерпретируется как регулярное выражение Perl, поэтому любой допустимый Perl
могут использоваться метасимволы. (Сюда входят регулярные выражения с использованием "(? {Code})" и
другие подобные конструкции, практика автора Artemis не рекомендует, но делает
не предотвратить.)

Импортирующий и экспорт текст файлов
Для больших и сложных моделей подгонки может быть удобно редактировать список параметров с помощью
текстовый редактор или даже написать программу, которая генерирует параметры и записывает их в
текстовый файл. В этом случае удобно иметь возможность импортировать и экспортировать текстовый
отображение списка параметров. Эти файлы имеют простой формат. Любая строка вроде
эти:

угадай 5
набор b 6
def c a + b

можно импортировать и экспортировать со страницы «Угадай», «Определить», «Установить» через меню GDS. В
импортированный файл, любая строка, начинающаяся с любого из "guess", "def", "set", "restrain", "after",
или «пропустить» будет импортировано как параметр. Второе слово в строке будет принято как
имя параметра и оставшиеся слова в строке будут объединены, чтобы сформировать
математическое выражение. В строках экспорта будет следующий формат:

введите имя = математическое_выражение

При импорте выполняется очень небольшая проверка ошибок, чтобы убедиться, что параметр
определены разумно, поэтому используйте эту функцию с осторожностью.

АРТЕМИДА: АТОМЫ, The кристалографически Фронт Конец в ФЭФФ

ARTEMIS - АТОМЫ, Кристаллографический интерфейс к ФЭФФ

Цель атомы заключается в создании файла "feff.inp" из кристаллографических данных. В
Трудная часть создания файла "feff.inp" - это создание длинного списка атомных координат.
атомы таким образом делает сложную часть бега Фефф легко, по крайней мере, для кристаллических матриц.

Эту страницу можно использовать для создания входных данных для атомы с нуля. Он также будет использоваться
для отображения данных кристаллографии, импортированных из файла "atom.inp" или файла CIF. К
импортировать файл "atom.inp" или файл CIF, используйте обычный диалог импорта файла.

The название ящик
Вверху находится текстовое поле для ввода строк заголовка, идентифицирующих кристаллографические данные.
Эти строки будут записаны в файл «feff.inp» и в начало Фефф
страница интерпретации. Это хорошее место, чтобы процитировать литературную ссылку или предоставить
другая важная информация о кристалле.

Crystal параметры
В левой части страницы находятся поля ввода для ввода группы пространств, постоянных решетки,
и углы решетки кристалла. Всегда должна быть указана космическая группа. атомы очень
гибкость в том, как вводится символ группы пробелов. Вы можете использовать Hermann-Maguin или
Символы Scheonflies или индекс космической группы из международных таблиц. В
алгоритм, который интерпретирует символ, нечувствителен к пробелам и заглавным буквам -
«П м-3 м» и «ПМ-3М» трактуются одинаково. Для получения полной информации о том, как
символы интерпретируются, см. атомы документация на веб-сайте Брюса.

Константы решетки вводятся в Ангстремах, углы вводятся как десятичные числа.
в градусах (а не в угловых минутах, т. е. 89 с половиной градусов вводится как 89.5, а
чем 89'30 "). Многие пространственные группы обладают симметриями, которые образуют некоторые углы решетки и
константы то же самое. В таких ситуациях необходимо заполнить только основные
ценности. Например, для кубической пространственной группы требуется только значение константы «а».
атомы будет знать, что нужно установить такие же другие постоянные решетки и установить углы равными 90
градусов. Для групп с более низкой симметрией необходимо предоставить всю необходимую информацию.

Под постоянными решетки находятся поля ввода для "Rmax" и вектора сдвига, а также меню для
выбор кромки поглощения Фефф расчет. «Rmax» - радиальная протяженность
кластер, который будет записан в файл "feff.inp". Некоторые пространственные группы приведены в
Международные таблицы с двумя разными источниками, т. Е. Происхождение размещено на сайтах с
две разные точечные симметрии. Дробные координаты сайтов различны для
две разные настройки кристалла. В таких случаях атомы требует, чтобы вы использовали
конкретный один из двух вариантов. Если ваши входные данные использовали другой выбор происхождения,
это должно быть довольно очевидно. В этом случае координационные числа и расстояния до
координационные оболочки обычно явно ошибочны. Когда вы используете одну из космических групп
для которого существует два варианта происхождения, Artemis выдаст предупреждение. Если вы подозреваете, что
был использован неправильный выбор начала координат, вставьте значения для вектора сдвига, которые были
сообщается в предупреждающем сообщении.

Иногда в литературе указывается, что кристаллы имеют другое происхождение.
стандартный, используемый в международных таблицах. Известный пример - оксид германия. Здесь
- данные кристалла для GeO2:

название GeO2 (гексагональный)
пробел p 32 2 1
а = 4.98502 с = 5.64800
rmax = 6.0 сердечник = Ge
сдвиг 0 0 0.66667
атомов
Ge 0.4513 0.0 0.0
О 0.3969 0.3021 0.0909

По какой-то причине в кристаллографической справке для этого материала используется происхождение, которое
сдвинут на 2/3 по оси z относительно исходной точки, используемой в международных таблицах.
Чтобы получить атомы чтобы правильно вычислить эту структуру, приведенный выше вектор сдвига должен быть
используемый.

The атомов список
В правой части страницы находится список уникальных кристаллографических памятников. Как новые сайты
создаются, они вставляются в список. Сайты напрямую не редактируются, вместо этого
используется область редактирования внизу экрана и отображается список всех сайтов.
отображается здесь. Это работает так же, как и страница "Угадай", "Определить", "Установить".

Чтобы отредактировать сайт, щелкните левой кнопкой мыши по его записи в списке. Это символы элементов, координаты,
и тег сайта будет отображаться в области редактирования. Щелчок правой кнопкой мыши на сайте в списке приведет к
разместить контекстное меню с несколькими функциями, которые могут быть реализованы на этом сайте. Ты сможешь
переупорядочить список с помощью пункта меню «Переместить». Сайт можно скопировать, а копию добавить в
список с помощью пункта меню «Копировать». Пункт меню «Отменить» полностью удаляет сайт
из списка. Список поддерживает расширенный выбор. Когда выбрано много сайтов (т. Е.
выделено желтым), пункт меню «Отменить» будет работать на всех выбранных сайтах.

Порядок сайтов также можно изменить с помощью клавиатуры. "Alt-k" и "Alt-j" можно использовать для перемещения
выбранный сайт вверх или вниз в списке.

The отредактировать область
Внизу страницы находится коллекция виджетов, используемых для создания и редактирования.
уникальные кристаллографические объекты. Поле элемента используется для вставки двухбуквенного элемента.
символ для сайта. Сайт не будет создан, если это недействительный символ. Тег
может быть любой 10-буквенной строкой, используемой для идентификации сайта. Тег используется для различения
сайты, содержащие один и тот же элемент.

Поля для координат «x», «y» и «z» могут быть заполнены числами с плавающей запятой.
или простые дроби. То есть допустимы и 0.5, и «1/2». Эти координаты
дробные позиции в элементарной ячейке и не являются декартовыми координатами.

После того, как вы создали все сайты в своем кристалле, нажмите кнопку «Запустить атомы». Это будет
обработать кристаллографические данные, создать файл «feff.inp», отобразить «feff.inp»
стр.

атомы шаблон файлов
Определяются данные "feff.inp", которые генерируются при нажатии кнопки "Run Atoms".
по содержимому специального файла-шаблона. Artemis распространяется с рядом
файлы шаблонов, служащие разным целям. Структура данных "feff.inp" задается
значение предпочтения "атомы-> шаблон". Значение по умолчанию - «feff», что говорит о том, что
Artemis использовать файл шаблона, подходящий для запуска Фефф6.

Если вы хотите запустить другую версию Фефф, вы должны установить "атомы-> шаблон"
предпочтительную переменную к соответствующему значению. Шаблоны предоставляются с Artemis для
письмо Фефф7 и Фефф8 входные файлы. Фефф8 входные файлы могут быть записаны, которые подходят
для вычислений XANES или несамосогласованных EXAFS.

Иногда бывает полезно изменить файлы шаблонов для записи специализированного файла «feff.inp».
данные. Если эти измененные файлы шаблонов помещены в "~ / .horae / atp /"(unix) или" C: Программа
Files \ Ifeffit \ horae \ atp "(windows), Artemis сможет их найти.

Завершение в своих размышлениях
Полное объяснение того, как атомы алгоритмы работы выходят за рамки этого документа
стр.

АРТЕМИДА: The ФЭФФ вход Файл

ARTEMIS - ФЭФФ входной файл

На этой странице отображается Фефф входные данные, которые включают в себя некоторые параметры управления и длинный
список атомных координат. Эта страница не сложнее текстового поля, которое
служит примитивным редактором и кнопкой внизу для запуска Фефф. Объясняя Фефф
выходит за рамки этого документа.

После появления фэфф закончено, вы увидите диалоговое окно с вопросом, сколько путей нужно импортировать.
Возможны следующие варианты: «Нет», «Первый путь», «Первые 10 путей» и «Все пути». Число в
третий вариант настраивается в диалоговом окне настроек. Если вам когда-нибудь понадобится перезапустить
Фефф после запуска проекта обычно правильный ответ «нет». Другие варианты могут
привести к тому, что один или несколько путей будут определены дважды в проекте - запутанная ситуация.

If Фефф не дотягивает до завершения, Artemis попытается распознать проблему и опубликует
предложение, как решить проблему. Если Artemis не признает вашу проблему,
объясни это Брюсу, чтобы он мог добавить эту проблему к Artemisбаза данных по поиску и устранению неисправностей
решений.

АРТЕМИДА: Интерпретация of ФЭФФ Расчет

ARTEMIS - Интерпретация ФЭФФ расчет

На этой странице представлен краткий обзор Фефф расчет. Вверху страницы находится
краткое изложение некоторых статистических данных расчета. Ниже приведена диаграмма, показывающая
детали каждого пути из расчета. Для каждого пути вырождение, полпути
показаны длина и коэффициент амплитуды. Последний столбец показывает токенизированную сводку
путь рассеяния - это позволяет сразу увидеть, какие атомы участвовали в
дорожка.

Информационное и контекстное меню, доступные на этой странице, позволяют вам организовать, понять,
и манипулировать путями в этом Фефф расчет. Практически все функции, связанные с
дорожки кроме написание математических выражений для параметров пути доступно на этом
стр.

The интерпретация наметить
Цвета и шрифты, используемые в таблице, передают информацию:

Смелый, черном шрифт
Это пути, которые были импортированы в проект и включены в подборку.

Смелый, коричневый шрифт
Это пути, которые были импортированы в проект, но исключены при подгонке.

как правило, черном текст
Это пути, которые не были импортированы в проект, но которые доступны
быть импортированным.

как правило, серый текст
Это пути, которые недоступны для импорта в проект. Это может быть
стало доступным путем повторного запуска Фефф расчет. После Фефф беги, лучше всего
выберите «не импортировать пути», чтобы избежать повторного импорта путей, уже имеющихся в проекте. После
что эти пути будут записаны обычным черным текстом, указывая на то, что они
доступны для импорта.

Лайт коричневый фон
Светло-коричневый фон используется для обозначения траекторий однократного рассеяния.

Лайт синий фон
Светло-синий фон используется для обозначения коллинеарных или почти коллинеарных кратных
пути рассеяния.

Контекст Меню
В каждой части этой страницы есть интересные и полезные контекстные меню. Эти меню
доступны по щелчку правой кнопкой мыши.

При щелчке правой кнопкой мыши в любом месте текстового поля вверху страницы откроется меню с
варианты просмотра файлов из Фефф расчет.

Щелчок правой кнопкой мыши в таблице интерпретации опубликует меню параметров, относящихся к
путь на строке, по которой вы щелкнули. Каждый из четырех видов путей, указанных четырьмя
У описанных выше шрифтов есть собственное меню.

Для контуров, которые импортированы в соответствии, меню предлагает варианты построения пути,
отображение страницы этого пути, включая или исключая путь в подгонке, выбор или
отменив выбор этого пути для построения графика, сделав этот путь значением по умолчанию для оценки def
параметры после подгонки, отображение текста файла, содержащего путь, или отбрасывание
путь. Варианты включения или исключения, а также выбора или отмены выбора зависят от
о состоянии этого пути в списке данных и путей. Также некоторые параметры могут быть серыми
в зависимости от состояния этого пути.

Для путей, которые не были импортированы в проект, контекстное меню позволяет
импортировать путь с возможностью отображения его страницы или оставить отображение на Фефф
интерпретация. Для путей, недоступных для импорта, публикуется сообщение об этом.
при щелчке правой кнопкой мыши по одной из этих строк.

Таблица интерпретации позволяет расширять выбор линий на диаграмме. Ты сможешь
выберите дополнительные пути, удерживая клавишу Control и щелкая левой кнопкой мыши
кнопка. Удерживая клавишу Shift при щелчке левой кнопкой мыши, выбирается вся линия между привязкой.
(тот, что обведен пунктирной линией) и тот, на котором вы щелкнули. Вы также можете нажать и
перетащите, чтобы выбрать все перетаскиваемые линии. Если выбрано более одной строки,
содержание контекстного меню изменяется, чтобы отразить функциональность, которая имеет смысл для многих
пути. Поэтому расширенный выбор в таблице интерпретации - хороший способ
включение / исключение, выбор / снятие выделения или построение большого количества путей.

Контекстное меню, которое появляется при выборе большого количества строк, может немного удивить.
Его содержимое зависит от состояния привязанной линии, которая в данном случае является той.
который вы щелкаете правой кнопкой мыши, чтобы опубликовать меню. Параметры в контекстном меню будут
подходит для состояния закрепленного выбора независимо от состояний другого
выбранные строки. Если вы выберете пункт меню, который не имеет смысла для некоторых
выбранные строки, эти строки будут проигнорированы.

Вот конкретный пример. Предположим, вы выбрали несколько строк, некоторые из которых
включены в комплект, а некоторые из них не были импортированы в комплект. Если ты тогда
щелкните правой кнопкой мыши по одному из включенных путей, вы получите параметры, соответствующие включенным
пути. Если вы затем попросите построить выбранные пути вместе с данными, включенные пути
будут построены, а импортированные пути будут проигнорированы. Если вместо этого вы нажмете одну из
пути, которые еще не были импортированы, контекстное меню предоставит вам возможность
импорт выбранных путей. В этом случае пути, которые уже были импортированы
будут проигнорированы.

Расстройство стрельба
Иногда вы можете увидеть эти строки в Фефф толкование не сообщает должным образом
содержимое пути. Когда это происходит, теги сайта заменяются этой строкой:
" ". Есть несколько распространенных причин, по которым вы можете увидеть" "теги:

1. Вы изучали вуду с помощью Фефф, редактируя "files.dat" или "paths.dat"
файлы затем повторно запускают последний модуль для получения специализированного вывода.

2. Вы обнаружили ошибку в алгоритме Artemis использует для сбора информации из
Фефф расчет. В этом случае вам следует отправить файл «feff.inp» или
Artemis файл проекта Брюсу, чтобы он мог исправить проблему.

Обратите внимание, что появление символа " "теги, вероятно, не указывают на то, что Фефф и
плохо себя вели. В Фефф расчет должен быть завершен и сгенерирован нормальный результат
прежде, чем эта проблема может проявить себя. В Фефф расчет почти наверняка можно использовать
для анализа данных. В Фефф страница интерпретации Artemisпопытка организовать
информация о Фефф расчет в удобном для пользователя формате. Что это
провал организационных усилий не обязательно свидетельствует о том, что Фефф не смогли.

АРТЕМИДА: The Тропа Страница

ARTEMIS - Страница пути

Страница пути отображается всякий раз, когда Фефф Путь выбирается из списка данных и путей.
Эта страница используется для определения математических выражений параметров пути для этого пути.

Вверху страницы находится строка, определяющая, какие Фефф расчет этот путь от.
Ниже находятся три переключателя. Один используется для включения inlcude или исключения пути из
использовать по размеру. Есть много других способов Artemis для включения и исключения путей других
чем использовать этот переключатель. См. Страницу интерпретации Феффа и "artemis_menubar" для получения дополнительной информации.
обсуждение этого. Также Control-t аналогичен нажатию на этот переключатель.

Второй переключатель используется для указания путей, которые вы хотите построить после подгонки (или суммы
дорожек) закончено. По умолчанию данные и аппроксимация (или сумма) отображаются после аппроксимации.
(или сумма) и никакие пути не отображаются. Любые пути, выбранные для построения, будут добавлены в
участок после завершения подгонки (или суммы).

Третий переключатель используется, чтобы установить, какой путь является путем по умолчанию для оценки Def.
параметры после подгонки. Можно написать математические выражения, которые оценивают
по разному для разных путей. Примером может служить математическое выражение с использованием "reff".
параметр. Для любых таких параметров Def необходимо указать Artemis какой путь должен
использоваться для сообщения этих параметров в файле журнала. По умолчанию используется
первый путь, указанный в списке данных и путей.

Ниже находится поле с кратким описанием пути. Это дает некоторую статистику о пути
а также отображение цветной «карты» пути рассеяния. Центральный атом
всегда отображается красным текстом. Остальные атомы выделены черным текстом. Серый текст показывает
длина и угол рассеяния каждого отрезка пути. В случае кратного высокого порядка
траектория рассеяния, имеющая ветви с отличным от нуля углом Эйлера между ними,
Угол эта также будет отображаться. Если последнее предложение было тарабарщиной, достаточно
знайте, что такие пути почти никогда не наблюдаются в реальных данных EXAFS.

Внизу страницы находится список параметров пути. Это самое главное
раздел страницы, потому что именно здесь реализуются детали примерочной модели.
Имеется поле ввода для каждого из различных типов параметров пути. Математика
Соответствующее выражение для каждого параметра следует ввести в поле ввода.

Когда Фефф расчет импортируется в Artemis, набор автоматических параметров
сгенерировано, внесено в список на странице Guess, Def, Set и введено в путь
поля параметров для каждого импортированного пути. Поведение по умолчанию Artemis заключается в создании
набор параметров, соответствующих простому однократному рассеянию, подгонке первой оболочки. Пока это
можно сразу нажать большую зеленую кнопку, для большинства подходящих моделей потребуется
существенное редактирование.

Правая кнопка мыши служит многим важным целям на странице пути. Щелкнув по
правая кнопка мыши в любом месте одного из полей ввода выделит слово под ним
курсор и разместить меню. Записи в меню предназначены для определения слова как
на странице Guess, Def, Set. Для каждого типа параметра есть возможность
прыгает или стоит. В любом случае параметр определяется и добавляется в список на
Страница GDS. Для перехода отображается страница GDS. Чтобы остаться, текущий путь
страница остается отображаемой.

Щелкнув правой кнопкой мыши на одной из меток параметров пути, вы откроете меню связанных функций.
для определения математических выражений параметра пути. Опция «Редактировать» откроет диалоговое окно, используемое
для ввода математического выражения и последующего экспорта его значения в другие пути.
Вариант «Очистить» как раз и помогает.

Различные параметры «Экспорт» позволяют ограничить параметры пути одинаковыми для
другие пути. Параметры "Захват" делают текущий параметр пути таким же, как и путь.
параметр в предыдущем или следующем пути.

Метка «sigma ^ 2» имеет несколько дополнительных опций. Они вставляют синтаксически правильный
текст, подходящий для использования либо коррелированной модели Дебая, либо одночастотной модели Эйнштейна
для сигмы ^ 2 пути.

Чтобы включить отображение пробелов для "dphase", "k_array", "amp_array" или "phase_array"
параметры пути, вы должны нажать на кнопку «Расширенные параметры пути» в Пути
.

АРТЕМИДА: The Журнал программа просмотра

ARTEMIS - Просмотр журнала

Когда соответствие закреплено в списке данных и путей, средство просмотра файлов журнала отображается в
главная панель. Цель этой страницы - изучить файлы журналов из самых последних подходящих или
от предыдущих припадков. Эти файлы журналов можно читать по отдельности или создавать отчеты.
исходя из их содержания.

Когда отображается эта страница, каждое соответствие вводится в поле списка в левой части окна.
страница. Двойной щелчок левой кнопкой мыши на подходящем элементе в списке отобразит это
необработанный файл журнала fit. При щелчке правой кнопкой мыши по подгонке появится меню с вариантами отображения.
которые подходят для файла журнала в необработанной, быстрой или столбчатой ​​форме или для выполнения некоторых других задач
связанные с этим соответствием.

Однако гораздо интереснее, чем отображение файлов журнала, создавать отчеты по
лог-файлы. В верхней части страницы находится поле со списком для выбора среди параметров на
страница "Угадай", "Определись", "Установить". Выбрав один из них, а затем нажав кнопку «Написать отчет», вы
найдите извлеките из каждого файла журнала наиболее подходящее значение и неопределенность параметров. Этот
функция позволяет отслеживать изменение индивидуальных параметров настройки по мере разработки
ваша подходящая модель.

Поле со списком, содержащее имена параметров подгонки, заполняется содержимым
страницы Guess, Def, Set. Иногда вместо этого может быть полезно заполнить поле со списком
с именами параметров, извлеченными из файла журнала. Это было бы полезно, например,
для проверки параметра, который использовался в какой-то момент, но больше не находится на странице GDS
или был преобразован в параметр пропуска (и поэтому не включен в поле со списком
дефолт). Для этого щелкните подгонку правой кнопкой мыши и выберите пункт «Получить список параметров».

Некоторые изменения могут быть внесены в отчеты, созданные программой просмотра журналов. Нажав на
кнопка «Вычислить среднее значение» сообщает Artemis для вычисления среднего арифметического и
стандартное отклонение параметра от значений, извлеченных из различных файлов журнала.
Они будут отображаться в заголовке отчета.

Нажатие на кнопку «Подобрать температуру Эйнштейна» покажет Artemis чтобы соответствовать данным сигма ^ 2
модель, состоящая из одночастотного генератора плюс постоянное смещение. Отчет
затем заголовок будет содержать наиболее подходящие значения и неопределенности для характеристики.
температура и постоянное смещение. Этот расчет будет происходить только при цифрах
достоинствами выбранных файлов журнала являются температуры и наиболее подходящие значения для выбранных
параметр - разумные значения sigma ^ 2. Эта функция выполняет серию проверок
показатели качества и наиболее подходящие значения, чтобы определить, подходят ли они для
это расчет. Эту эвристику можно настроить, задав параметры в журнале.
раздел диалога настроек.

Последний элемент в контекстном меню, который отображается при щелчке правой кнопкой мыши по элементу в
Список файлов журнала - это возможность восстановить эту подгоночную модель. Среди информации, которая есть
Каждый раз, когда выполняется подгонка, сохраняется полное описание подгоночной модели, включая
какой файл данных подходит, полный список Фефф используемый путь и все соответствующие данные,
и параметры пути. Эта функция позволяет вам вернуться Artemis в состояние, в котором он был, когда
прошлая подгонка была сделана. Когда вы делаете эту реверсию, Artemis очистит содержимое
список данных и путей, а затем воссоздайте проект в виде выбранного фитинга.
модель. Это больше, чем просто изменение значений параметров. Artemis отслеживает все
данные и Фефф пути, используемые на протяжении всего проекта, и могут восстанавливать даже подходящие
которые существенно отличаются от текущей посадки.

Импортирующий Афина данные проекта || Выходные файлы || Artemis файлы проекта ||

АРТЕМИДА: Построение Данные

ARTEMIS - Построение данных

Участки в Artemis создаются с использованием выбранных элементов в списке данных и путей, которые
выделенные оранжевым. См. Раздел основного документа для объяснения того, как
к выбранным объектам для черчения.

В верхней части панели графика есть три большие красные кнопки. Один для создания сюжета в
k-пространство, одно для R-пространства, а третье для q-пространства (то есть k-пространство с обратным преобразованием).

k-взвешивание
Под кнопками графика находится набор переключателей для установки k-веса для использования в
сюжеты. Выбранный k-вес будет использоваться для взвешивания графика в k-пространстве или для взвешивания данных для
Преобразование Фурье. Для каждого выбранного элемента используется одинаковый k-вес. Кнопка
с пометкой «кВт» необходимо пояснение. Когда эта кнопка выбрана, k-вес для использования в
график будет определяться из отображаемых данных. Если произвольный k-вес
включен для набора данных, значение для произвольного k-веса будет использоваться, в противном случае
будет использоваться наименьшее разрешенное значение k-веса. Есть две причины использовать "кВт"
кнопка. Один из них - построить график с использованием произвольного веса. Другой - составить сюжет из двух
или несколько наборов данных, использующих различный k-вес для каждого набора данных.

Обратите внимание, что эти элементы управления k-весом не связаны с элементами управления, которые устанавливают k-вес.
используется в подгонке. K-взвешивание для подгонки и построения контролируется независимо.

Выбор Что Получает Участок
Под радиокнопками k-weight находятся меню для выбора части сложных функций.
chi (R) или chi (q) для построения графика. Графики, включающие несколько частей сложных функций (например,
реальный + конверт) в настоящее время невозможны.

Ниже этих меню находятся три кнопки с флажком, используемые для построения окна преобразования Фурье.
фоновая функция и остаток. Если кнопка окна нажата,
соответствующая оконная функция будет нанесена на любой график. Фон и остаточный
функции отображаются только в том случае, если один из выбранных элементов подходит. Фон будет
может быть нанесен только в том случае, если для этой подгонки было выполнено уточнение фона. Если подходящего нет среди
выбранные элементы, фон и остаток не будут нанесены. Обратите внимание, что сюжет
с более чем одной выбранной посадкой может быть довольно запутанным, если фон или остаточный
кнопки нажаты, так как фон и остаток будут нанесены на график для каждой подгонки.

Диапазоны, в которых будет построен сюжет в трех областях, контролируются
три набора входных ящиков.

Дополнительно - Extra Построение Особенности
Две дополнительные вкладки на панели построения содержат элементы управления для следующих
коммунальные услуги:

индикаторы

Индикаторы представляют собой вертикальные полосы, которые могут быть размещены в выбранных пользователем местах в k-, R- или
q-пространство. Эти индикаторы будут отображаться каждый раз при построении графика. Идея в том, что
индикаторы - это ориентир для глаз, привлекающий внимание к интересующему месту, поскольку данные
наносятся изменения.

Индикаторы, выбранные в k- или q-пространстве, будут нанесены как в k-, так и в q-пространстве, но
не в R-пространстве. Точно так же индикаторы, выбранные в R-пространстве, не будут отображаться в k- или
q-пространство.

Некоторые характеристики индикаторов, включая номер, тип линии и
цвет, можно установить в разделе «График» диалогового окна настроек.

Индикаторы хорошо сочетаются с каждым из вариантов построения графиков, описанных ниже.

Укладка

Укладка относится к вертикальному перемещению различных следов. Это наиболее полезно для
построение различных вкладов пути в k-пространстве, но иногда полезно и в других видах
участков. Для стекирования требуется три параметра, которые задаются в стекировании.
карточка. Первый элемент управления представляет собой серию переключателей для выбора, будет ли стек
происходит в k-пространстве, всегда или никогда. Если выбран вариант в k-пространстве, то графики в q-пространстве
реальных или мнимых частей также будут сложены. (По сути, выбор "k-пространства"
относится к любой волнообразной функции волнового числа.) Два других элемента управления устанавливают начальное
значение смещения и шаг между ступенями.

Инвертирование

Инвертирование - полезный инструмент для отображения вкладов пути в "| chi (R) |" сюжеты.
Когда это выбрано, "| chi (R) |" с любых путей, включенных в сюжет, будут
умножается на -1, так что они остаются ниже нулевой оси. Надеюсь, такой сюжет
помогают уменьшить беспорядок, при этом помогая показать, какие пути и где вносят свой вклад. В
радиокнопки на этой карточке позволяют вам выбирать между инвертированием или инвертированием.
"| chi (R) |", или инвертирование обоих "| chi (R) |" и "| chi (q) |". Реальная и мнимая части в
R- или q-пространство никогда не инвертируются. chi (k) также никогда не переворачивается. Инвертирование отключено
всякий раз, когда выбрано наложение, и это повлияет на текущий сюжет (т. е. вы не можете складывать и
инвертировать одновременно).

Данные набор смещения

Эта функция полезна для графиков с несколькими наборами данных. Это похоже на укладку в этом
параметр обозначает вертикальное смещение для использования на графике. Каждая трасса, связанная с
конкретный набор данных отображается на том же уровне, но наборы данных будут смещены
сумма, указанная этим элементом управления. Это дает возможность одновременно визуализировать все
части множества данных подходят. Рекомендуются отрицательные значения, отрицательные.
смещения, трассы будут нанесены в том же порядке сверху вниз, что и на графике.
легенда.

При использовании смещений набора данных накопление отключено. Инвертирование используется с набором данных
смещения, хотя я думаю, что это приводит к путанице сюжетов.

Палитры || Использование списка данных и путей || = head1 АРТЕМИДА: Редактирование математических выражений

ARTEMIS - Редактирование математических выражений

Диалог редактирования математического выражения - это способ установки математических выражений параметра пути для
сразу много путей. Он работает с заданным параметром пути, например, он устанавливает e0 или sigma ^ 2 для
много путей, но не касается других параметров пути. Этот диалог доступен в двух
различные контекстные меню. Если вы щелкните правой кнопкой мыши метку параметра пути на странице пути
и выберите «Редактировать для многих путей», тогда появится диалоговое окно для редактирования этого
параметр. Если вы щелкните правой кнопкой мыши запись в Фефф страницу интерпретации и выберите
Каскад "Изменить параметры пути", затем выберите параметр пути, появится диалоговое окно для
редактирование этого параметра.

Эксплуатация of Диалог
Диалог довольно простой. Вверху находится поле для ввода математических данных.
выражение. Ниже приведены различные радиокнопки, указывающие, как применять математические вычисления.
выражение для различных путей в вашем проекте. Возможные варианты:

1. Добавьте математическое выражение к каждому пути в текущем Фефф расчет.

2. Добавьте математическое выражение к каждому пути в каждом Фефф расчет.

3. Добавьте математическое выражение к каждому пути в каждом Фефф расчет, связанный с
текущий набор данных.

4. Добавьте математическое выражение к выбранным путям (т. Е. К тем, которые выделены оранжевым цветом в
Список данных и путей).

Лексемы
Вы можете писать свои математические выражения, используя токен. Токены - это короткие символьные строки, которые
будет заменен информацией о пути, поскольку математическое выражение применяется к каждому
дорожка. Жетоны:

% i Индекс пути из Фефф расчет. Это фактически вычисляется из имени
файл `feffNNNN.dat 'из Фефф расчет. Например, если файл
`feff0029.dat ', тогда% i расширится до 29.

% I Индекс пути из Фефф расчет, заполненный до четырех символов. Для
Например, если это файл `feff0029.dat ', то% I расширится до 0029.

% r Эффективная длина пути (или "reff") от Фефф расчет пути.

% d Вырождение пути.

% DA шаблон для функции Дебая. Это всегда расширяется до строки
"debye (temp, thetad)" и может потребоваться отредактировать постфактум, чтобы использовать правильную переменную
имена. Это предлагается, потому что автору трудно запомнить порядок
аргументы функции Дебая.

% EA шаблон для функции Эйнштейна. Это всегда расширяется до строки
"eins (temp, thetae)" и может потребоваться отредактировать постфактум, чтобы использовать правильную переменную.
имена. Это предлагается, потому что автору трудно запомнить порядок
аргументы функции Эйнштейна.

АРТЕМИДА: Автоматизированный Имя Оболочка теория

ARTEMIS - Автоматизированная теория первой оболочки

Иногда подумать о подходящей модели - это больше, чем достоинства проблемы. Ты просто хочешь
быстрый и грязный удар по первому снаряду - возможно, чтобы измерить центр тяжести
распределение, возможно, чтобы определить, является ли выборка 4- или 6-скоординированной. Что бы ни.

Artemis не очень хорошо подходит для скорострельного анализа первого снаряда. По дизайну,
Artemis имеет тенденцию заставлять пользователя замедляться и тщательно обдумывать каждый шаг. Artemis is
мощный, но она не простая.

Инструмент теории быстрой первой оболочки (QFS) - это попытка устранить этот недостаток. Это
работает так:

1. Импортируйте некоторые данные. Установите подходящие параметры преобразования Фурье и подгонки.
ценности. В частности, убедитесь, что диапазон подгонки был таким, чтобы он охватывал
первый пик данных.

2. Выберите «Быстрая теория первой оболочки» в меню «Теория». Это отобразит QFS
Диалог.

3. В диалоговом окне QFS есть места для выбора параметров простой первой оболочки.
теория. К ним относятся атомные разновидности поглотителя и рассеивателя,
край поглощения эксперимента, приблизительное расстояние между поглотителем и
рассеиватель и координационная геометрия для использования в Фефф расчет.

В настоящее время доступны следующие координационные геометрии:

· 4-х координатный кристалл

· 6-х координатный кристалл

· Октаэдрическая молекула

· Тетраэдрическая молекула

· Плоско-квадратная молекула

Теория QFS, вероятно, не очень чувствительна к выбору координации.
геометрия. Поскольку неизвестный образец, вероятно, плохо описывается ни одним из этих
геометрии, все они просто приближения для использования в быстрой и грязной подгонке.

4. После того, как вы настроили параметры теории QFS, нажмите «Сделать!» кнопка.
Это позволит без пауз выполнять следующие действия:

а. Создайте входной файл для Фефф расчет

б. Запустить Фефф

c. Импортируйте первый путь из Фефф расчет

d. Создайте набор параметров предположения для амплитуды, сигмы ^ 2, e0 и
delta R. Также создаются заданные параметры для третьего и четвертого кумулянтов, но
они установлены на ноль. Эти более высокие параметры набора кумулянта созданы для того, чтобы
легко рассмотреть более высокие кумулянты в последующих припадках, просто заменив их
установить, чтобы угадать.

Если у вас смешанная первая оболочка, вы можете повторить шаги со 2 по 4 два или более
раз.

В конце этой последовательности вы останетесь с Artemis в нормальном состоянии. Вам может понадобиться
для настройки параметров, используемых в подгонке. Диалог QFS на самом деле просто инструмент для
изначально настраиваем проект. Это никоим образом не изменяет нормальную работу Artemis.

Если вы импортируете данные из Афина файл проекта, вид амортизатора и кромки
будет настроен правильно, когда вы запустите диалог.

Менубар || Диалог настроек ||

Ссылки

Вот соответствующие URL-адреса:

ИФФФИТ
http://cars.uchicago.edu/ifeffit

ПГПЛОТ
http://www.astro.caltech.edu/~tjp/pgplot/

Perl
http://www.perl.com

perl / Tk
http://www.lehigh.edu/~sol0/ptk/

ОТСУТСТВУЕТ ФУНКЦИИ И ОСОБЕННОСТИ

Еще бы!

ЧТО IN A NAME?

Artemis была богиней охоты, подходящей метафорой для анализа EXAFS. ИСКУССТВО（ART）Эмис также
каламбур о природе анализа EXAFS, который работает на английском и романтических языках.

Используйте artemis онлайн с помощью сервисов onworks.net