babel - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

галдеж, Обабель - конвертер файлов данных химического и молекулярного моделирования

СИНТАКСИС

галдеж [-H варианты помощи]
галдеж [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ] [-i тип ввода] вводить [-o тип вывода] Outfile

Обабель [-H варианты помощи]
Обабель [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ] [-i тип ввода | -"УЛЫБКИ-нить"] вводить [-o тип вывода] -O Outfile

ОПИСАНИЕ

галдеж это кроссплатформенная программа, предназначенная для взаимного преобразования между многими форматами файлов, используемых в
молекулярное моделирование и вычислительная химия и смежные области.

Обабель и галдеж немного отличаются. Первый ближе к обычному соглашению Unix
для программ командной строки и более гибкие, когда пользователю нужно указать значения параметров
по опциям. С участием галдеж это работает только тогда, когда опция стоит последней в строке; с участием Обабель
такое ограничение не применяется. Кроме того, у него есть ярлык для ввода строк SMILES, которые
может использоваться вместо входного файла.

Open Babel - это также полный набор инструментов для программистов для разработки программного обеспечения для химии. Для
дополнительную информацию см. на веб-страницах Open Babelhttp://openbabel.org/>.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Если указаны только входные и выходные файлы, Open Babel угадывает тип файла из
расширение имени файла.

-"УЛЫБКИ-нить"
Введите строку SMILES и используйте ее вместо входного файла. Строка SMILES должна быть
заключен в кавычки. Можно использовать более одного, и название молекулы может быть
включены, если заключены в кавычки.

-a кредита
Параметры ввода, зависящие от формата. Видеть -H идентификатор формата для вариантов, разрешенных конкретным
формат

--addtotitle
Добавить текст к текущему заголовку молекулы

--addformula
Добавьте молекулярную формулу после названия текущей молекулы

-b Преобразуйте дативные связи: например, [N +] ([O -]) = O в N (= O) = O

-c Центр атомных координат в (0,0,0)

-C Объедините молекулы в первом файле с другими молекулами с таким же именем

-e Продолжить после ошибок

-d Удалить водороды

--- уровень ошибки 2
Отфильтруйте уровень отображаемых ошибок и предупреждений:
1 = только критические ошибки
2 = также включать предупреждения (по умолчанию)
3 = включить также информационные сообщения
4 = включить сообщения "журнала аудита" об изменениях данных
5 = также включать отладочные сообщения

-f # Для ввода нескольких записей начните импорт с молекулы # в качестве первой записи.

-F Вывести доступные типы отпечатков пальцев

-h Добавить водород

-H Информация об использовании вывода

-H идентификатор формата
Информация о форматировании вывода и параметры для указанного формата

-Зал
Информация о форматировании вывода и параметры для всех форматов

-я
Задает формат ввода, доступные форматы см. Ниже

-j

--присоединиться
Объедините все входящие молекулы в единую выходную запись молекулы

-k Перевести ключевые слова моделирования вычислительной химии (например, GAMESS и Gaussian)

-m Создавать несколько выходных файлов, чтобы:
- Разделение одного входного файла - поместите каждую молекулу в последовательно пронумерованные
выходные файлы
- Пакетное преобразование - преобразование каждого из нескольких входных файлов в указанный
Выходной формат

-l # Для ввода нескольких записей остановите импорт, указав молекулу # в качестве последней записи.

-o идентификатор формата
Задает выходной формат, доступные форматы см. Ниже

-O Outfile
Укажите выходной файл. Эта опция применяется к Обабель только.

-p Добавьте водороды, подходящие для pH (используйте преобразования в phmodel.txt)

--имущество
Добавить или заменить свойство (например, в файле MDL SD)

-s СМАРТС
Преобразуйте только молекулы, соответствующие указанному шаблону SMARTS

--отдельный
Разделение разрозненных фрагментов на отдельные молекулярные записи

-t Все входные файлы описывают одну молекулу

--заглавие название
Добавить или заменить название молекулы

-x кредита
Параметры вывода, зависящие от формата. Видеть -H идентификатор формата для вариантов, разрешенных конкретным
формат

-v СМАРТС
Преобразуйте только молекулы НЕ соответствующий шаблон SMARTS указан

-V Вывести номер версии и выйти

-z Сжать вывод с помощью gzip

ФАЙЛОВ ФОРМАТЫ

В настоящее время Open Babel поддерживает следующие форматы:
acr - Кристалл Карин ASCI
alc - формат алхимии
arc - формат Accelrys / MSI Biosym / Insight II CAR [только для чтения]
bgf - формат MSI BGF
box - Dock 3.5 Box формат
bs - Формат мяча и клюшки
c3d1 - декартово 3 формат Chem1D
c3d2 - декартово 3 формат Chem2D
caccrt - какао-декартовский формат
кеш - формат CAChe MolStruct [только запись]
cacint - Cacao Внутренний формат [только для записи]
can - Канонический формат SMILES
автомобиль - формат Accelrys / MSI Biosym / Insight II CAR [только для чтения]
ccc - формат CCC [только для чтения]
cdx - двоичный формат ChemDraw [только для чтения]
cdxml - формат ChemDraw CDXML
cht - формат Chemtool [только для записи]
cif - Файл кристаллографической информации
cml - язык химической разметки
cmlr - формат реакции CML
com - декартово значение 98/03 по Гауссу [только для записи]
copy - Копирует необработанный текст [только для записи]
crk2d - формат 2D диаграммы Химического ресурса
crk3d - 3D-формат набора химических ресурсов
csr - формат Accelrys / MSI Quanta CSR [только для записи]
cssr - формат CSD CSSR [только для записи]
ct - формат таблицы соединений ChemDraw
dmol - формат координат DMol3
ent - Формат банка данных белков
fa - формат FASTA [только для записи]
fasta - формат FASTA [только для записи]
fch - формат файла контрольной точки в гауссовском формате [только для чтения]
fchk - формат файла контрольной точки в гауссовском формате [только для чтения]
fck - формат файла контрольной точки в гауссовском формате [только для чтения]
feat - Формат функции
fh - формат Z-матрицы Фенске-Холла [только для записи]
fix - Формат SMILES FIX [Только запись]
fpt - формат отпечатка пальца [только запись]
фракт - Свободная форма Дробный формат
fs - Открыть базу данных Babel FastSearching
fsa - формат FASTA [только для записи]
g03 - Gaussian 98/03 Output [только для чтения]
g98 - Gaussian 98/03 Output [только для чтения]
gam - GAMESS Output [только для чтения]
gamin - Ввод GAMESS [только для записи]
gamout - GAMESS Output [только для чтения]
gau - декартово значение 98/03 по Гауссу [только запись]
gjc - декартово значение 98/03 по Гауссу [только для записи]
gjf - декартово значение 98/03 по Гауссу [только для записи]
gpr - химический формат
gr96 - формат GROMOS96 [только запись]
hin - формат HyperChem HIN
inchi - IUPAC InChI [только для записи]
inp - GAMESS Input [только для записи]
ins - формат ShelX [только для чтения]
jin - формат ввода Jaguar [только для записи]
jout - выходной формат Jaguar [только для чтения]
mdl - формат MDL MOL
mmd - формат MacroModel
mmod - формат MacroModel
mol - формат MDL MOL
mol2 - формат Sybyl Mol2
molreport - Открыть отчет о молекуле Babel [только для записи]
moo - Формат вывода MOPAC [только для чтения]
швабра - декартовский формат MOPAC
mopcrt - декартовский формат MOPAC
мопин - MOPAC Internal
mopout - Формат вывода MOPAC [только для чтения]
mpc - декартовый формат MOPAC
mpd - формат дескриптора Sybyl [только для записи]
mpqc - выходной формат MPQC [только для чтения]
mpqcin - упрощенный формат ввода MPQC [только для записи]
nw - формат ввода NWChem [только для записи]
nwo - выходной формат NWChem [только для чтения]
pc - формат PubChem [только для чтения]
pcm - формат PCModel
pdb - формат банка данных белков
pov - формат ввода POV-Ray [только для записи]
pqs - формат параллельных квантовых решений
Prep - Amber Prep format [только для чтения]
qcin - формат ввода Q-Chem [только для записи]
qcout - выходной формат Q-Chem [только для чтения]
report - Открытый формат отчета Babel [только для записи]
res - формат ShelX [только для чтения]
rxn - формат MDL RXN
sd - формат MDL MOL
sdf - формат MDL MOL
smi - формат УЛЫБКИ
sy2 - формат Sybyl Mol2
tdd - Термоформат
test - Формат теста [только для записи]
therm - Термоформат
tmol - формат координат TurboMole
txyz - формат Tinker MM2 [только для записи]
unixyz - формат UniChem XYZ
vmol - формат ViewMol
xed - формат XED [только запись]
xml - Общий формат XML [только для чтения]
xyz - формат декартовых координат XYZ
yob - формат YASARA.org YOB
zin - формат ввода ZINDO [только запись]

ФОРМАТ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Отдельные форматы файлов могут иметь дополнительные параметры форматирования.

Опции формата ввода предваряются буквой 'a', например -as

Опции формата вывода начинаются с символа «x», например -xn.

Для получения дополнительной информации и параметров используйте -H
например, -Hcml

ПРИМЕРЫ

Стандартное преобразование:
babel -ixyz этанол.xyz -opdb этанол.pdb
Преобразование из файла SMI в STDIN в файл Mol2, записанный в STDOUT:
вавилон -исми -омол2
Разделите файл с несколькими молекулами на new1.smi, new2.smi и т. Д .:
Babel infile.mol new.smi -m

Используйте babel онлайн с помощью сервисов onworks.net