Это командная био-радуга, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
rainbow - страница руководства для rainbow 2.0.4 -[электронная почта защищена], [электронная почта защищена]>
СИНТАКСИС
радуга [кредита]
ОПИСАНИЕ
радуга 2.0.4 -- <[электронная почта защищена], [электронная почта защищена]>
кластер
Формат входного файла: парные файлы fasta / fastq Формат выходного файла:
\ т \ т \ т
-1 Входной файл fasta / fastq, поддерживает несколько "-1"
-2 Входной файл fasta / fastq, поддерживает несколько "-2" [null]
-l
Длина чтения, по умолчанию: 0 переменная
-m
Максимальные несовпадения [4]
-e
Точно соответствует порогу [2000]
-L Низкий уровень полиморфизма
DIV
Формат входного файла: \ т \ т \ т Выход
Формат файла:
\ т \ т \ т [\ t ]
-i Входной файл [stdin]
-o Выходной файл [stdout]
-k
K_allele, минимум вариантов для создания новой группы [2]
-K
K_allele, делить независимо от частоты, когда количество вариантов превышает это значение
[50]
-f
Частота, мин. Вариантная частота для создания новой группы [0.2]
слияние
Формат входного файла:
\ т \ т \ т [\ t ]
-i Входной выходной файл rbasm [stdin]
-a выходная сборка
-o Выходной файл для объединенных контигов, по одной строке на кластер [stdout]
-N
Максимальное количество разделенных кластеров для объединения [300]
-l
Минимальное перекрытие при сборке двух операций чтения (действительно только при открытом '-a') [5]
-f
Минимальная доля сходства при сборке (действительно только при открытом '-a')
[0.90]
-r
Минимальное количество чтений для сборки (действительно только при открытом '-a') [5]
-R
Максимальное количество операций чтения для сборки (действительно только при открытом '-a') [300]
Использование: радуга [параметры]
кластер
Формат входного файла: парные файлы fasta / fastq Формат выходного файла:
\ т \ т \ т
-1 Входной файл fasta / fastq, поддерживает несколько "-1"
-2 Входной файл fasta / fastq, поддерживает несколько "-2" [null]
-l
Длина чтения, по умолчанию: 0 переменная
-m
Максимальные несовпадения [4]
-e
Точно соответствует порогу [2000]
-L Низкий уровень полиморфизма
DIV
Формат входного файла: \ т \ т \ т Выход
Формат файла:
\ т \ т \ т [\ t ]
-i Входной файл [stdin]
-o Выходной файл [stdout]
-k
K_allele, минимум вариантов для создания новой группы [2]
-K
K_allele, делить независимо от частоты, когда количество вариантов превышает это значение
[50]
-f
Частота, мин. Вариантная частота для создания новой группы [0.2]
слияние
Формат входного файла:
\ т \ т \ т [\ t ]
-i Входной выходной файл rbasm [stdin]
-a выходная сборка
-o Выходной файл для объединенных контигов, по одной строке на кластер [stdout]
-N
Максимальное количество разделенных кластеров для объединения [300]
-l
Минимальное перекрытие при сборке двух операций чтения (действительно только при открытом '-a') [5]
-f
Минимальная доля сходства при сборке (действительно только при открытом '-a')
[0.90]
-r
Минимальное количество чтений для сборки (действительно только при открытом '-a') [5]
-R
Максимальное количество операций чтения для сборки (действительно только при открытом '-a') [300]
Используйте био-радугу онлайн с помощью сервисов onworks.net
