Это команда bowtie-build, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bowtie-build - построение индекса цветового пространства для bowtie
СИНТАКСИС
бабочка [кредита]*
ОПИСАНИЕ
ссылка_в
разделенный запятыми список файлов с ссылочными последовательностями
ebwt_outfile_base
записывать данные Ebwt в файлы с этим каталогом / базовым именем
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-f справочные файлы - Fasta (по умолчанию)
-c ссылочные последовательности, указанные в строке cmd (как )
--большой индекс
заставить сгенерированный индекс быть "большим", даже если ref меньше 4 миллиардов
нуклеотиды
-C/--цвет
построить индекс цветового пространства
-a/ - noauto
отключить автоматический -p/ - bmax / - установка памяти постоянного тока
-p/ - упаковано
использовать упакованные строки внутри; медленнее, использует меньше памяти
--bmax
max bucket sz для поблочного построителя суффиксных массивов
--bmaxdivn
max bucket sz как делитель ref len (по умолчанию: 4)
--dcv
период покрытия разницы для блочного (по умолчанию: 1024)
--nodc отключить diff-cover (алгоритм становится квадратичным)
-r/ - норэф
не создавайте части .3 / .4.ebwt (упакованная ссылка)
-3/ - justref
просто создайте часть .3 / .4.ebwt (упакованная ссылка)
-o/ - офрейт
SA выбирается каждые 2 символа ^ offRate BWT (по умолчанию: 5)
-t/ - ftabchars
# символов, использованных при первоначальном поиске (по умолчанию: 10)
--нтоа преобразовать Ns по отношению к As
--семя
начальное число для генератора случайных чисел
-q/--тихий
подробный вывод (для отладки)
-h/--помощь
распечатать подробное описание инструмента и его опций
--использование
распечатать это сообщение об использовании
--версия
распечатать информацию о версии и выйти
64-битный Построен lgw01-11 Чт, 26 ноября, 11:11:03 UTC 2015 Компилятор: версия gcc 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Параметры: -O3 -Wl, - hash-style = оба -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-протектор-сильный -Wформат -Ошибка=формат-безопасность -g -O2 -fstack-протектор-сильный
-Wформат -Ошибка=формат-безопасность -Wl, -Bсимволические-функции -Wl, -z, relro Sizeof {int, long,
long long, void *, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Используйте bowtie-build онлайн с помощью сервисов onworks.net
