Это команда bowtie2-build, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bowtie2-build - обертка для bowtie2-build- *
СИНТАКСИС
Bowtie2-build [кредита]*
ОПИСАНИЕ
Bowtie 2, версия 2.2.6, автор Ben Langmead ([электронная почта защищена], www.cs.jhu.edu/~langmea)
ссылка_в
разделенный запятыми список файлов с ссылочными последовательностями
bt2_index_base
записывать данные bt2 в файлы с этим каталогом / базовым именем
*** Индексы Bowtie 2 работают только с v2 (не v1). То же самое для индексов v1. ***
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-f справочные файлы - Fasta (по умолчанию)
-c ссылочные последовательности, указанные в строке cmd (как )
--большой индекс
заставить сгенерированный индекс быть "большим", даже если ref меньше 4 миллиардов
нуклеотиды
-a/ - noauto
отключить автоматический -p/ - bmax / - установка памяти постоянного тока
-p/ - упаковано
использовать упакованные строки внутри; медленнее, меньше памяти
--bmax
max bucket sz для поблочного построителя суффиксных массивов
--bmaxdivn
max bucket sz как делитель ref len (по умолчанию: 4)
--dcv
период покрытия разницы для блочного (по умолчанию: 1024)
--nodc отключить diff-cover (алгоритм становится квадратичным)
-r/ - норэф
не создавайте индексные файлы .3 / .4
-3/ - justref
просто создайте индексные файлы .3 / .4
-o/ - офрейт
SA выбирается каждые 2 ^ Символы BWT (по умолчанию: 5)
-t/ - ftabchars
# символов, использованных при первоначальном поиске (по умолчанию: 10)
--семя
начальное число для генератора случайных чисел
-q/--тихий
подробный вывод (для отладки)
-h/--помощь
распечатать подробное описание инструмента и его опций
--использование
распечатать это сообщение об использовании
--версия
распечатать информацию о версии и выйти
Используйте bowtie2-build онлайн с помощью сервисов onworks.net
