chemtool - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

chemtool - редактор химических структур

СИНТАКСИС

химинструмент [имя файла]

ОПИСАНИЕ

химинструмент это программа для рисования органических молекул и их экспорта в виде растрового изображения X, PNG,
Файл PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL или EPS. Он работает в системе X Window с использованием GTK.
набор виджетов.

Программа предлагает практически неограниченное количество отмен / повторов, два текстовых шрифта плюс символы, семь
цвета, рисование с несколькими масштабами, а также квадратные и шестиугольные сетки фона для упрощения
выравнивание.

ПРИМЕРЫ

Во всех режимах рисования и редактирования первая кнопка мыши (обычно левая) используется для
отмечать или рисовать объекты, а третья кнопка (правая кнопка) может использоваться для удаления объектов
текущего типа. Средняя кнопка в основном используется в режимах рисования облигаций, где она
позволяет быстро менять тип скрепления. Начиная с версии 1.5 хранилище по умолчанию
каталог для файлов данных и используемое расширение имени файла можно сохранить с помощью
диалоговое окно конфигурации.

Рисование of облигации:
Связки можно рисовать с 4 различными настройками угла (шестиугольник с интервалом 30 °, два
пятиугольники с интервалами 72 ° (разная ориентация) и восьмиугольник 45 ° i). (Средний
углы также возможны во всех этих режимах - просто игнорируйте точки маркеров в этом
дело).

Выбор стиля связи в центре панели кнопок определяет тип связи, которая
нарисовано - изначально это одинарная облигация. Если вы хотите изменить тип облигации позже,
либо щелкните по нему средней кнопкой мыши, чтобы перейти к следующему типу (-ам), либо
выберите соответствующий тип в средстве выбора, а затем переключитесь в режим типа привязки и выберите все
облигации, которые вы хотите перевести на новый тип. (Цвет, используемый для скрепления,
при необходимости обновляется одновременно.) Нажатие средней кнопки мыши на облигации в
Режим «Bondtype» меняет направление этой связи.

Использование третьей (обычно правой) кнопки мыши удаляет связь рядом с курсором.
позиции.

Доступные типы облигаций:

· Одинарная облигация

· Двойная связь

· Двойная связь (более короткая линия на другой стороне)

· Центрированная двойная связь

· Тройная связь (боковые линии короче центральной)

· Тройная связь (с одинаковой длиной строк)

· Четырехкратная облигация

· Клиновидная связка

· Штриховая клиновидная связка

· Волнистая линия

· Полустрелка

· Обычная стрелка

· Широкая связь

· круг

· пунктирная линия

· Перекрывающаяся одинарная связь (которая вырезает сегмент из любой связи, которую она пересекает)

· Светлая пи-орбитальная доля

· Темная пи-орбитальная доля

полуавтоматический рисование of кольца:
Кольца от 3 до 12 элементов можно легко нарисовать, удерживая клавишу Ctrl во время рисования
линия. Затем эта линия станет первым сегментом кольца, которое будет нарисовано автоматически.
по часовой стрелке. Размер кольца по умолчанию соответствует выбранному
режим рисования (т.е. 5, 6 или 8 сторон), но его можно установить для каждого кольца, нажав
Ctlr- перед рисованием кольца, где числа 3-9 соответствуют 3-9-членным
кольца, а от 0 до 2 выбирают 10, 11 и 12-членные кольца соответственно.

Недавно нарисованные кольца можно удалить, одновременно нажав Ctrl и кнопку мыши 3.

Рисование of изогнутый линии:
Изогнутые линии для таких объектов, как стрелки или лепестки орбиты, могут быть нарисованы в режиме сплайновой кривой с помощью
указание четырех контрольных точек, которые образуют ограничивающий многоугольник (начальная точка, две точки на
по обе стороны от пика, конечной точки). Из обычных типов связки, доступных в меню "Стиль",
"одинарная линия", "полустрелка", стрелка и "пунктирная линия" сохраняют свои обычные функции, в то время как
тип «широкая линия» используется для обозначения закрашенного многоугольника. Контрольные точки только
видимый в Двигаемся режим, в котором их можно перетаскивать, чтобы изменить форму кривой после
это нарисовано.

настройка связь стиль
В режиме стиля связи щелчок по любой связи на диаграмме изменяет ее представление на
тип, выбранный в раскрывающемся меню рядом с Тип .

Дополнительный тип связи, доступный в раскрывающемся меню,

изогнутая стрелка

доступен только для рисования. На самом деле это ярлык для одного из рисунков кривой.
функции, описанные выше, со второй и третьей контрольными точками автоматически
сгенерировано. Таким образом, он не может быть преобразован в любой из обычных типов облигаций или из них.

(Однако можно преобразовать его в любой другой тип кривой, например, чтобы изменить тип кривой.
стрелка). Форму стрелки обычно нужно отрегулировать, сдвинув
контрольная точка, которая появляется рядом с ней в режиме «Перемещение».

Вставка текст
Текст, введенный в текстовое поле, может быть расположен с курсором и может отображаться слева,
по центру или по правому краю на чертеже. Размер и цвет текста можно выбрать из фиксированного
список вариантов. Для подстрочного и надстрочного текста используются два специальных символа.
следующий персонаж:

'^' для перемещения вверх (например, N ^ +)

'_' для перехода вниз (например, CH_3)

Управляющий символ '|' используется для выделения следующего символа курсивом, как в | t-Bu.

Полужирный шрифт, обычно используемый для нумерации соединений, можно выбрать, поставив перед
символ с "#".

Специальный символ '@' переключает в символьный режим, в котором используется стандартный символ X11.
шрифт. Все буквенные клавиши в этом режиме создают соответствующие греческие символы, и
доступны несколько других символов, если их стандартные эквиваленты Latin1 уже
отображается на клавиатуре:

иена -> бесконечность

дефис -> вверх

макрон -> стрелка вниз

Символы "плюсминус" и "зарегистрированный" (товарный знак) уже выполнены стандартным шрифтом,
хотя обычно они не доступны на клавиатуре. Используйте следующие команды (или
добавьте объявления в свой .xmodmaprc ), чтобы сделать их доступными через +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R зарегистрировано' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keyym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U дефис' \
-e 'keysym d = d D макрон'

(это приводит к AltGr-P = плюс минус, AltGr-R = зарегистрировано в нормальном режиме и AltGr-O =
бесконечность, AltGr-U = стрелка вверх, AltGr-D = стрелка вниз в символьном шрифте).

Для диаграмм «точки и крестики» следующие сопоставления с символом шрифта могут быть
полезно: острый -> крестик (например, keysym x = x X острый) средняя точка -> закрашенная точка (например, keysym
d = d D по центру периода) (с использованием знака степени для открытой точки).

Обведенные в кружки знаки плюс и минус для обозначения ионного заряда доступны как @ +.
а также @- .

Если вы хотите использовать символы в качестве дополнительных или надстрочных индексов, поместите под- или надстрочные индексы.
символ перед символом '@', например K_ @ a.

В текстовом режиме правая кнопка мыши удаляет метку в позиции курсора. Изменение
размер, шрифт или цвет ярлыка можно задать, щелкнув его левой кнопкой мыши после выбора
желаемое сочетание настроек. Если поле ввода текста над областью рисования пусто,
обновляются только настройки без изменения содержимого метки, в противном случае
текст метки также заменяется. Если вы хотите скопировать текст существующей метки в
текстовое поле ввода, щелкните по нему средней кнопкой мыши.

Маркировка ярлыки
Во всех режимах рисования связей доступно несколько сочетаний клавиш для добавления символов атомов.
без необходимости выходить из режима рисования. Метка помещается в текущую позицию чертежа.
(конечная точка последней нарисованной линии или место, на котором щелкнули последним).

Клавиши 'c', 'h', 'n', 'o', 's', 'p' и 'r' вставляют соответствующую заглавную букву 'l'.
(L в нижнем регистре) вставляет 'Cl', а '1', '2', '3' вставляет CH, CH_2 и CH_3 соответственно. В
Клавиша со звездочкой (*) вставляет закрашенный кружок.

Однократное нажатие клавиши пробела позволяет вводить произвольные метки, которые будут размещены в
текущее положение при нажатии клавиши возврата.

Рисование электрон пар
Клавиши цифровой клавиатуры можно использовать для рисования коротких линий «электронной пары» рядом с
символ элемента - если представить, что символ элемента находится на центральной клавише «5»,
каждая клавиша рисует соответствующую пару электронов для своего положения. При использовании вместе с
Клавиша Shift, вместо линии рисуются две точки - просто удалите одну из точек снова, если
вам нужно нечетное количество электронов.

нумерация атомов
Для быстрой нумерации атомов в молекуле переключитесь в один из текстовых режимов, удерживая
нажмите клавишу Control и последовательно выберите каждый атом левой кнопкой мыши. Нумерация
начинается с 1, и последовательность можно сбросить в любое время, щелкнув правой кнопкой мыши.
Если вам нужно использовать собственную схему нумерации, нажмите среднюю кнопку (пока еще
удерживая нажатой клавишу Control), он выбирает любое число в поле ввода текста.

Центрирование
Если для вашей молекулы недостаточно места, вы можете положить ее посередине листа.
с центральной кнопкой.

Экспорт в иностранный форматы:
Вы можете экспортировать свои молекулы в виде растрового изображения X, изображения PNG или EMF, инкапсулированного
файл postscript, входной файл для Брайана Смита ' Xfig(1) программа, вер. 2000 molfile
для обмена данными с коммерческими пакетами, файл SVG для веб-страниц XHTML или в
Формат PicTeX для прямого включения в документы LaTeX. PicTeX, PNG, EMF и
Функции вывода Postscript полагаются на fig2dev81) программа из трансфиг(1) пакет
и доступны только в том случае, если эта программа была обнаружена при запуске. Если fig2sxd(1)
программа установлена, доступна дополнительная возможность экспорта для формата OpenOffice SXD.
Аналогичным образом, если установлена ​​(открытая) программа babel, дополнительное меню экспорта, обеспечивающее
становится доступным доступ ко всем типам файлов, поддерживаемым этим инструментом.

Вы можете создавать выходные данные разных размеров в соответствии с текущим масштабом масштабирования.
Файлы Postscript и PicTeX также могут быть созданы в произвольном масштабе, выбираемом на
меню экспорта файлов.

Опция в меню конфигурации может быть установлена ​​на вызов fig2dev на международном языке
режим, который будет автоматически отображать любой текст, написанный альтернативным шрифтом (Times), используя
шрифт postscript, соответствующий текущему языку (в настоящее время хорватский, кириллица,
Чешский, венгерский, японский, корейский, польский). Увидеть fig2dev документация для деталей.

Чтобы включить PicTeX-файл в ваш документ LaTeX, вам понадобится пакет макросов pictex.
В зависимости от используемых версий вам также может потребоваться загрузить пакет color в
преамбула вашего файла LaTeX. Если вы получаете сообщение об ошибке «TeX capacity exceeded»,
увеличьте параметр extra_mem_bot в вашем texmf.cnf файл (обычно в
/ USR / доля / texmf / web2c, / USR / местные / texmf or / etc / texmf). Pictex известен своим необычным
(по текс-стандартам) требования к памяти, и стандартные настройки не учитывают это
(хотя вы можете найти комментарий типа «измените это, если вы используете pictex» в texmf.cnf
файл). Что-то вроде extra_mem_bot = 400000 не должно помешать ни на каком в меру современном
системы.

Печать рисунки
Начиная с версии 1.5, прямая печать диаграмм на печатающее устройство с поддержкой Postscript (или
чаще всего возможна очередь печати с запущенным ghostscript). Размер бумаги,
увеличение, имя принтера и используемую команду печати (в настоящее время либо lp(1) LPR(1)
or KPrinter(1)) можно сохранить в диалоговом окне конфигурации.

Выбор Найти or части of a рисование для преобразования:
Используя кнопку «Отметить», вы можете легко выбирать части текущего чертежа, заключая
их с прямоугольником «резинкой».

Если вам нужно добавить атомы за пределами прямоугольной области к вашему выделению, просто нарисуйте
еще одна резинка вокруг них, удерживая клавишу Ctrl.

Выбранные детали будут выделены синим цветом и сразу же станут доступны для

перемещение просто перетащите фрагмент в нужное место с помощью мыши, удерживая
левую кнопку мыши. (Если вам нужно переместить только отдельные атомы или
облигаций, вы можете просто выбрать и перетащить их в режиме «Перемещение», не отмечая
их в первую очередь).

вращающийся горизонтальное движение мыши переводится в плавное вращение вокруг
точка поворота, выбранная при нажатии кнопки мыши

листать (зеркальное отображение) фрагмента относительно горизонтальной или вертикальной зеркальной плоскости через
его центр: это выполняется нажатием на соответствующую кнопку меню

копирование нажатие на кнопку меню «Копировать» создает точную копию выбранного
фрагмент немного смещен относительно оригинала. Отметка автоматически
перенесен в новый экземпляр.

масштабирование горизонтальное движение мыши переводится в плавное увеличение или уменьшение
размер выделенного фрагмента

удаление чтобы удалить отмеченный фрагмент, просто нажмите третий (обычно правый)
кнопку мыши после того, как он будет выделен.

обрамление выбор одного из значков из раскрывающегося списка стилей рамок и скобок
рисует соответствующий объект, например пару круглых скобок, вокруг
выделенный фрагмент.

оптимизирующий щелчок по символу «ведро и метла» вызывает функцию, которая удаляет
перекрытие (дублирование) скреплений и меток с чертежа и выпрямление
линии, которые являются почти горизонтальными или вертикальными.

Добавление предварительно сохраняются цифры:
Чтобы добавить еще одну молекулу из ранее сохраненного чертежа Chemtool, выберите ее в файле.
окно выбора, которое появляется при нажатии кнопки «Добавить». Однократное нажатие на любую
filename в списке отображает небольшой предварительный просмотр молекулы, чтобы помочь в выборе. В
вновь добавленная молекула автоматически становится активной, так что ее можно перемещать как
желательно.

Если вы хотите добавить его в заранее определенное положение на другой молекуле, вы можете отметить это
место прикрепления, щелкнув по нему левой кнопкой мыши вместо перетаскивания прямоугольника маркера. Маленький
зеленая точка появится в том месте, которое теперь является исходной позицией для новой детали. Если вы сохраните
молекулы с таким набором маркеров, он, в свою очередь, определит их место прикрепления, когда они
добавляются к другому чертежу.

Добавление one of домен предопределенный шаблоны:
При выборе «Шаблоны» в меню «Инструменты» открывается второе окно с небольшой коллекцией.
предопределенных структур. Просто нажмите на изображение нужной молекулы, чтобы добавить ее в
ваш рисунок. Окно шаблона можно оставить открытым во время сеанса химического инструмента, если оно
скрыт другим окном, вы можете переместить его на передний план, выбрав меню «Шаблон»
снова в химинструменте.

Данные в системе шаблонов отличаются от обычных чертежей Chemtool только тем, что
они хранятся в программе и в несколько неудобном формате (координаты x и y
указаны отдельно в исходном файле templates.h). Они предназначены для
удобный базовый набор, доступный для всех пользователей, но не расширяемый индивидуально (можно использовать
функция «Добавить» для ваших собственных структур). Сообщите нам, если вам нужны конкретные
добавляемые в шаблоны молекулы - их имя или, в идеале, обычный чертежный файл Chemtool
это все, что нам нужно. (отправьте электронное письмо на [электронная почта защищена])

Импортирующий иностранный файл форматы:
Chemtool предоставляет функции для импорта файлов в формате PDB, используемом Protein
База данных (и большинство пакетов молекулярного моделирования) и собственный формат molfile MDL
используется ISISdraw и понимается другими пакетами чертежей структур и базой данных
фронты.

Поскольку оба являются форматами файлов 3D, в то время как Chemtool обрабатывает только 2D-проекции, импортированные
молекулы сначала считываются во временное хранилище и отображаются на холсте синим цветом.
Затем это трехмерное представление можно повернуть с помощью мыши. Только после нажатия Return
Клавиша на клавиатуре преобразуется в окончательную 2D-проекцию, которую можно редактировать. В то время как
такой 3D-импорт выполняется, все обычные функции рисования и редактирования отключены.

При импорте молфила MDL метки атомов углерода автоматически удаляются. Для PDB
импорта, количество меток можно выбрать в диалоговом окне выбора файла, которое предлагает
сохранение либо всех меток, только меток, не являющихся атомами водорода, либо только нечисловых
часть этикеток.

Если установлена ​​программа babel - либо оригинальная версия, написанная Пэтом Уолтерсом, либо
более поздняя разработка OpenBabel - chemtool автоматически предложит вариант меню для
импорт из любого из поддерживаемых форматов файлов.

Определение сумма формула и молекулярный вес:
В дистрибутиве есть вспомогательная программа, CHT(1) Радека Либоски (Прага) для расчета
формула суммы и (точный) молекулярный вес из файла чертежа Chemtool. Это также
доступны из Chemtool для расчета этих данных для текущей структуры или
отмечен его фрагмент. CHT могут быть введены в заблуждение повторяющимися связями (Chemtool не удаляет
перекрывающиеся связи, например, они могут возникнуть в результате слияния кольцевых систем, автоматически) и
символом «ароматическое кольцо», поэтому вам следует избегать их и проверить достоверность
сгенерированная формула суммы, где это возможно.

Рисование Функции не доступен в Химический инструмент:
Для функций, которые в настоящее время не поддерживаются Chemtool, таких как общие функции рисования линий,
получение пакета рисования Брайана Смита XFig Xfig настоятельно рекомендуется. О единственном
то, что он не предлагает, - это поддержка «химических» типов линий и углов рисования, что
почему Chemtool был написан как своего рода сопутствующая программа. (Вероятно, будет больше
самые необходимые параметры рисования добавляются в Chemtool со временем, но дублируют
более универсальные функции Xfig кажется бессмысленным.)

Используйте Chemtool онлайн с помощью сервисов onworks.net