Это команда, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Clearcut - непринужденное присоединение соседей
СИНТАКСИС
четкий --in= --out= [кредита] ...
ОПИСАНИЕ
ОБЩАЯ ИНФОРМАЦИЯ ОПЦИИ:
-h, --Помогите
Отобразите эту информацию.
-V, --версия
Распечатайте версию этой программы.
-v, --подробный
Больше выхода. (По умолчанию: ВЫКЛ.)
-q, --тихий
Бесшумная работа. (По умолчанию: ВКЛ.)
-s, --seed =
Явно задайте для начального числа PRNG определенное значение.
-r, --неслучайно
Попытка включается детерминированно. (По умолчанию: ВЫКЛ.)
-S, - перемешать
Случайным образом перетасуйте матрицу расстояний. (По умолчанию: ВЫКЛ.)
-N, --сосед
Используйте традиционный алгоритм объединения соседей. (По умолчанию: ВЫКЛ.)
ВХОД ОПЦИИ:
-I, --стдин
Считайте ввод из STDIN.
-d, --расстояние
Входной файл представляет собой матрицу расстояний. (По умолчанию: ВКЛ.)
-a, --выравнивание
Входной файл представляет собой набор выровненных последовательностей. (По умолчанию: ВЫКЛ.)
-D, --ДНК
Входным выравниванием являются последовательности ДНК.
-P, --белок
Входное выравнивание представляет собой белковые последовательности.
КОРРЕКЦИЯ МОДЕЛЬ Для ВЫЧИСЛЕНИЯ РАССТОЯНИЕ MATRIX (Дефолт: НЕТ Поправка):
-j, --Jukes
Используйте поправку Джукса-Кантора для вычисления матрицы расстояний.
-k, --кимура
Используйте поправку Кимуры для матрицы расстояний.
ВЫВОД ОПЦИИ:
-O, --stdout
Вывод дерева в STDOUT.
-m, --matrixout=Вывести матрицу расстояний в указанный файл.
-n, --ntrees=
Выведите n деревьев. (По умолчанию: 1)
-e, --expblen
Экспоненциальное обозначение длин ветвей. (По умолчанию: ВЫКЛ.)
-E, --expdist
Экспоненциальное обозначение при выводе расстояния. (По умолчанию: ВЫКЛ.)
ПРИМЕРЫ:
Вычислить дерево, передав матрицу расстояний через стандартный ввод:
четкий --расстояние <расстояния.txt > файл_дерева.tre
Вычислите дерево, предоставив выравнивание последовательностей ДНК из файла:
четкий --выравнивание --ДНК --в=выравнивание.текст --из=древовидный файл.тре
Используйте Clearcut онлайн с помощью сервисов onworks.net
