cmbuild - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

cmbuild - построение ковариационной модели (моделей) из структурно аннотированных множественных последовательностей РНК
выравнивание (я)

СИНТАКСИС

cmbuild [опции]

ОПИСАНИЕ

Для каждого множественного выравнивания последовательностей в построить ковариационную модель и сохранить ее в
новый файл .

Файл согласования должен быть в Стокгольмском формате или в формате SELEX и содержать консенсус.
аннотация вторичной конструкции. cmbuild использует структуру консенсуса для определения
архитектура CM.

может быть '-' (тире), что означает чтение этого ввода из STDIN а не файл.
Чтобы использовать '-', вы также должны указать формат файла выравнивания с помощью --информировать , как в
--информировать Стокгольм (из-за текущего ограничения в нашей реализации файл MSA
форматы не могут быть определены автоматически в потоке ввода без возможности перемотки.)

может и не быть '-' (стандартный вывод), потому что отправка файла CM в стандартный вывод будет конфликтовать
с другим текстовым выводом программы.

Помимо записи CM в , cmbuild также выводит по одной строке для каждого
модель создана в стандартный вывод. В каждой строке есть следующие поля: «aln»: индекс
выравнивание, используемое для построения CM; "idx": индекс CM в ; "имя":
имя СМ; «nseq»: количество последовательностей в выравнивании, используемом для построения CM;
«eff_nseq»: эффективное количество последовательностей, используемых для построения модели; «ален»: длина
выравнивания, использованного для построения CM; "clen": количество столбцов из выравнивания
определяется как столбцы консенсуса (совпадения); «bps»: количество пар оснований в CM; «бифс»:
количество бифуркаций в ЦМ; "rel entropy: CM": полная относительная энтропия
модель, разделенная на количество столбцов консенсуса; "rel entropy: HMM": общая относительная
энтропия модели без учета вторичной структуры, деленная на количество консенсуса
столбцы. «description»: описание модели / центровки.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и доступных параметрах.

-n Назовите новый CM . По умолчанию используется имя трассы (если она
присутствовать в ), или, в противном случае, название . If
содержит более одного выравнивания, -n не работает, и каждый расклад
имя должно быть аннотировано в (как в аннотации Stockholm # = GF ID).

-F Разрешить быть перезаписанным. Без этой опции, если уже
существует, cmbuild выходит с ошибкой.

-o Направить итоговый вывод в файл , а не стандартный вывод.

-O После построения каждой модели повторно сохраните аннотированные исходные выравнивания в файл.
в Стокгольмском формате. Последовательности помечаются относительными весами последовательностей.
были назначены. Трассы также помечаются справочной линией аннотации.
с указанием, какие столбцы были назначены как консенсус. Если исходное выравнивание
справочная аннотация ("# = GC RF") будет заменена согласованным остатком
модель для столбцов консенсуса и "." для вставки столбцов, если --рука
опция использовалась для указания консенсусных позиций, в этом случае она будет
без изменений.

--devhelp Распечатать справку, как с -h , но также включать экспертные параметры, которые не
отображается с -h . Ожидается, что эти экспертные варианты не будут актуальными для
подавляющее большинство пользователей и поэтому не описаны на странице руководства. Единственный
ресурсы для понимания того, что они на самом деле делают, - это краткие однострочные
описания выводятся, когда --devhelp включен, а исходный код.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ МОДЕЛЬ СТРОИТЕЛЬСТВО

Эти параметры управляют определением согласованных столбцов в выравнивании.

--быстро Автоматически определять согласованные столбцы как столбцы с дробной долей> = симфракция of
остатки, а не пробелы. (См. Ниже --symfrac вариант.) Это
по умолчанию.

--рука Используйте аннотацию опорных координат (# = линия GC RF, в Стокгольме), чтобы определить, какие
столбцы - это консенсус, а которые - вставки. Любой символ без пробела указывает на
столбец консенсуса. (Например, отметьте согласованные столбцы знаком «x» и вставьте столбцы
с ".".) Этот вариант назывался --рф в предыдущих версиях Infernal (0.1
через 1.0.2).

--symfrac
Определите пороговое значение доли остатка, необходимое для определения столбца консенсуса, когда
не используя --рука. По умолчанию - 0.5. Доля символов в каждом столбце равна
рассчитывается с учетом взвешивания относительной последовательности. Установив это на
0.0 означает, что каждый столбец выравнивания будет назначен как консенсус, который может быть
полезно в некоторых случаях. Установка значения 1.0 означает, что только столбцы, содержащие 0 пробелов
будет назначен как консенсус. Эта опция заменяет --гаптреш вариант
из предыдущих версий Infernal (от 0.1 до 1.0.2), с равно (1.0 -
). Например, чтобы воспроизвести поведение команды cmbuild --гаптреш 0.8
в предыдущей версии используйте cmbuild --symfrac 0.2 с этой версией.

--нос Игнорируйте аннотацию вторичной структуры, если таковая имеется, в и создайте CM с
нулевые пары оснований. Эта модель будет похожа на профиль HMM и cmsearch и
cmscan программы будут использовать для этого алгоритмы HMM, которые быстрее, чем CM
модель. Кроме того, модель с нулевой базовой парой не нужно калибровать с помощью смкалибровать
перед запуском cmsearch с этим. --нос опция должна использоваться, если нет
аннотация вторичной структуры в .

--исследовать
Параметризация показателей выбросов a la RSEARCH, используя матрицу RIBOSUM в файле .
Доступно --исследовать включен, все выравнивания в должен содержать ровно один
последовательность или --вызов опция также должна быть включена. Все позиции в каждой последовательности
будут считаться «столбцами» консенсуса. Фактически, баллы выбросов для этих
модели не будут идентичны оценкам RIBOSUM из-за различий в моделировании
стратегия между Infernal и RSEARCH, но они будут максимально похожи.
Файлы матриц RIBOSUM включены в Infernal в подкаталог "matrices /"
каталог верхнего уровня "infernal-xxx". Матрицы RIBOSUM - это оценка замещения
матрицы, специально обученные для структурных РНК с отдельными одноцепочечными
оценки замещения остатков и пар оснований. Для получения дополнительной информации см. RSEARCH
публикация (Кляйн и Эдди, BMC Bioinformatics 4:44, 2003).

ДРУГИЕ МОДЕЛЬ СТРОИТЕЛЬСТВО ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

--нулевой
Прочитать нулевую модель из . Нулевая модель определяет вероятность каждой РНК
нуклеотида в фоновой последовательности по умолчанию используется 0.25 для каждого нуклеотида.
Формат нулевых файлов указан в руководстве пользователя.

--прежний
Прочтите приор Дирихле из , замена штатной смеси Дирихле. В
формат предыдущих файлов указан в руководстве пользователя.

Используйте --devhelp чтобы увидеть дополнительные, иначе недокументированные, варианты построения модели.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ОТНОСИТЕЛЬНЫЙ ВЕС

cmbuild использует алгоритм взвешивания специальной последовательности для уменьшения веса тесно связанных
последовательности и более отдаленно связанные. Это приводит к тому, что модели становятся меньше
предвзято из-за неравномерного филогенетического представления. Например, две идентичные последовательности будут
обычно каждая из них получает половину веса, чем одна последовательность. Эти параметры управляют
какой алгоритм используется.

--wpb Используйте схему взвешивания последовательности, основанную на позициях Хеникова [Henikoff and Henikoff,
J. Mol. Биол. 243: 574, 1994]. Это значение по умолчанию.

--wgsc Используйте алгоритм взвешивания Gerstein / Sonnhammer / Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
Биол. 235: 1067, 1994].

--wnone
Отключите взвешивание последовательности; например, явно установить все веса последовательности равными 1.0.

--wgiven
Используйте веса последовательности, как указано в аннотации во входном файле выравнивания. Если нет
веса были даны, предположим, что все они равны 1.0. По умолчанию определяется новый
веса последовательности по алгоритму Герштейна / Зоннхаммера / Чотиа, игнорируя любые
аннотированные веса.

--wblosum
Используйте алгоритм фильтрации BLOSUM для взвешивания последовательностей вместо стандартного
Взвешивание GSC. Сгруппируйте последовательности с заданной процентной идентичностью (см. --ширина);
присвоить каждому кластеру общий вес 1.0, распределенный поровну между участниками
этого кластера.

--вид
Управляет поведением --wblosum вариант взвешивания путем установки процента
идентичность для кластеризации выравнивания по .

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ЭФФЕКТИВНОЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ НОМЕР

После определения относительных весов они нормализуются, чтобы получить общую эффективную
Последовательность чисел, eff_nseq. Это число может быть фактическим числом последовательностей в
выравнивание, но оно почти всегда меньше этого. Взвешивание энтропии по умолчанию
метод (--ент) уменьшает эффективный порядковый номер, чтобы уменьшить информационное содержание
(относительная энтропия или средняя ожидаемая оценка истинных гомологов) на согласованную позицию. В
целевая относительная энтропия контролируется двухпараметрической функцией, где два
параметры настраиваются с помощью -- здесь и --эзигма.

--ent Используйте стратегию взвешивания энтропии, чтобы определить эффективный порядковый номер, который
дает целевую относительную энтропию состояния совпадения. Эта опция используется по умолчанию, и
можно выключить с помощью --эноне. Относительное состояние целевого среднего совпадения по умолчанию
энтропия составляет 0.59 бита для моделей с как минимум 1 базовой парой и 0.38 бита для моделей.
с нулевыми парами оснований, но изменено с помощью --эр. По умолчанию 0.59 или 0.38 бит.
автоматически изменяется, если общая относительная энтропия модели (суммарное совпадение
относительная энтропия состояния) меньше порогового значения, которое по умолчанию составляет 6.0 бит, но
может быть изменен специалистом, недокументированный --бывший вариант. Если ты действительно хочешь
поиграйте с этой опцией, обратитесь к исходному коду.

--енон
Отключите стратегию взвешивания энтропии. Эффективный порядковый номер - это просто
количество последовательностей в выравнивании.

-- здесь
Задайте относительную энтропию целевого среднего состояния совпадения как . По умолчанию цель
относительная энтропия на позицию совпадения составляет 0.59 бит для моделей с как минимум 1
basepair и 0.38 для моделей с нулевыми парами оснований.

--eminseq
Определите минимально допустимый эффективный порядковый номер как .

--эммре
Задайте относительную энтропию целевого состояния среднего совпадения HMM как . Энтропия для
Состояния совпадения пары оснований рассчитываются с использованием маргинализованной эмиссии пары оснований
вероятности.

--eset
Установите эффективный порядковый номер для энтропийного взвешивания как .

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ФИЛЬТР P7 HMM СТРОИТЕЛЬСТВО

Для каждого CM, который cmbuild конструкций, из входных данных строится сопутствующий фильтр p7 HMM.
выравнивание тоже. Эти параметры управляют построением фильтра HMM:

--p7ere
Задайте относительную энтропию целевого среднего состояния совпадения для фильтра p7 HMM как . By
по умолчанию целевая относительная энтропия на позицию совпадения составляет 0.38 бита.

--p7ml Используйте HMM p7 максимального правдоподобия, построенный на основе CM, в качестве фильтра HMM. Это HMM будет
быть как можно более похожим на CM (при этом обязательно игнорируя вторичные
структура).

Используйте --devhelp чтобы увидеть дополнительные, иначе недокументированные, варианты построения фильтра HMM.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ФИЛЬТР P7 HMM КАЛИБРОВКА

После построения каждого фильтра HMM, cmbuild определяет соответствующие параметры E-value для использования
во время фильтрации в cmsearch и cmscan путем выборки набора последовательностей и поиска в них
с каждой конфигурацией и алгоритмом фильтра HMM.

--ЭмН Установите количество выбранных последовательностей для локальной калибровки HMM фильтра MSV равным .
200 по умолчанию.

--ЭвН Установите количество выбранных последовательностей для локальной калибровки HMM фильтра Витерби на
. 200 по умолчанию.

--ЭльфН Установите количество выбранных последовательностей для локальной калибровки HMM прямого фильтра равным
. 200 по умолчанию.

--EgfN Установите количество выбранных последовательностей для калибровки HMM глокального прямого фильтра
в . 200 по умолчанию.

Используйте --devhelp чтобы увидеть дополнительные, иначе недокументированные, параметры калибровки фильтра HMM.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ Для ПЕРЕРАБОТКА ВХОД ВЫРАВНИВАНИЕ

- уточнение
Попытайтесь уточнить выравнивание перед построением CM, используя ожидание -
максимизация (EM). CM сначала строится из первоначального выравнивания, как обычно. Потом,
последовательности в выравнивании оптимально перестроены (с полосой HMM CYK
алгоритм, оптимальные средства оптимальные с учетом диапазонов) в CM, и создается новый CM
от получившегося выравнивания. Затем последовательности перестраиваются под новый CM, и
новый CM построен из этого выравнивания. Это продолжается до схождения,
особенно, когда выравнивания для двух последовательных итераций не
существенно различаются (суммарные битовые оценки всех последовательностей в
выравнивание изменяется менее чем на 1% между двумя последовательными итерациями). Финал
выравнивание (выравнивание, используемое для построения CM, который записывается в ) is
записываются в .

-l Доступно - уточнение, включить алгоритм локального выравнивания, который позволяет выравнивать
при необходимости охватить две или более подпоследовательностей (например, если структуры запроса
модель и целевая последовательность разделяются лишь частично), что позволяет
вставки и удаления в структуре наказываются иначе, чем обычно
индели. По умолчанию модель запроса согласована с целевыми последовательностями в глобальном масштабе.

--gibbs
Изменяет поведение - уточнение поэтому вместо EM используется выборка Гиббса. В
разница в том, что на этапе выравнивания выравнивание не обязательно
оптимально, вместо этого выравнивание (дерево разбора) для каждой последовательности выбирается из
апостериорное распределение выравниваний, определяемое алгоритмом Inside. Из-за
этот шаг выборки --gibbs недетерминирован, поэтому разные прогоны с одним и тем же
выравнивание может дать разные результаты. Это неправда, когда - уточнение используется
без --gibbs вариант, и в этом случае окончательное выравнивание и CM всегда будут
такой же. Когда --gibbs включен, --семя вариант можно использовать для посева
генератор случайных чисел предсказуемо, что делает результаты воспроизводимыми. Цель
домен --gibbs вариант - помочь опытным кураторам выравнивания РНК уточнить структурные
выравнивания, позволяя им наблюдать альтернативные выравнивания с высокими баллами.

--семя
Заполните генератор случайных чисел , целое число> = 0. Этот параметр может только
использоваться в сочетании с - гиббс. If отличен от нуля, стохастическая выборка
выравнивания будут воспроизводимы; та же команда даст те же результаты. Если
равен 0, генератор случайных чисел заполняется произвольно, а стохастический
выборки могут отличаться от запуска к запуску одной и той же команды. Начальное число по умолчанию - 0.

--cyk Доступно - уточнение, согласовать с алгоритмом CYK. По умолчанию оптимальная точность
используется алгоритм. Подробнее об этом можно узнать в cmalign справочная страница.

--notrunc
Доступно - уточнение, отключить алгоритм усеченного выравнивания. Есть еще
информация об этом в cmalign справочная страница.

Используйте --devhelp чтобы увидеть дополнительные, иначе недокументированные, параметры уточнения выравнивания как
а также другие параметры выходного файла и параметры для создания нескольких моделей для одного
выравнивание.

Используйте cmbuild онлайн с помощью сервисов onworks.net