cmtk-convertx - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

convertx - Преобразование между форматами файлов изображений и типами данных.

СИНТАКСИС

convertx [параметры] файл выходного файла

ОПИСАНИЕ

Этот инструмент выполняет преобразование между форматами файлов изображений и типами данных пикселей. Также может применяться
простые универсальные операции с изображениями в процессе. Произвольное количество операций
можно указать в командной строке, которая будет применяться точно в указанном порядке.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Глобальный Инструментарий Опции (эти Он общие by Найти СМТК инструменты)
--Помогите
Записать список основных параметров командной строки в стандартный вывод.

--help-all
Записать полный список основных и расширенных параметров командной строки в стандартный вывод.

--вики
Записать список параметров командной строки в стандартный вывод в разметке MediaWiki.

--человек
Напишите исходный код страницы руководства в разметке nroff для стандартного вывода.

--версия
Напишите версию инструментария для стандартного вывода.

- эхо
Записать текущую командную строку в стандартный вывод.

--verbose-уровень
Установите уровень детализации.

--подробный, -v
Увеличить уровень детализации на 1 (не рекомендуется; поддерживается для обратной совместимости).

--потоки
Установите максимальное количество параллельных потоков (для потоков POSIX и OpenMP).

Изображение / Трансформация База данных
--дб
Путь к базе данных изображений / преобразований, которую следует обновить с учетом вновь созданных
изображения. [Дефолт: НИКТО]

вход Фото товара Настройки
--set-padding
Установить значение заполнения: все пиксели входного изображения, которые имеют это значение, будут проигнорированы
во всех последующих операциях.

--unset-padding
Неустановленное значение заполнения: для всех последующих операций будут обрабатываться все пиксели.
согласно их стоимости.

- метки
Укажите, что значения изображения должны обрабатываться как дискретные метки. Это приведет к
в соответствующем коде намерения, который будет установлен в выходных файлах в формате NIfTI.

--серый
Укажите, что значения изображения должны обрабатываться как непрерывные уровни серого. Это будет
сбросить код намерения в файлах, считанных из формата NIfTI.

Данные Тип Конверсия
- char
8 бит, целое число со знаком

--байт
8 бит, целое число без знака

--короткая
16 бит, целое число со знаком

--ушорт
16 бит, целое число без знака

--int
32-битное целое число со знаком

--uint
32-битное целое число без знака

--плавать
32 бита с плавающей запятой

--двойной
64 бита с плавающей запятой

Значение Отображения
--map-значения
Примените функцию сопоставления к значениям пикселей. Отображение определяется как
'VAL0 [, VAL1, ...] [: NEWVAL]' для отображения значений VAL0, VAL1 и т. Д. На новое значение NEWVAL. Если
NEWVAL не указывается, значения устанавливаются на заполнение.

--map-значения-только
Примените функцию сопоставления к значениям пикселей и замените неотображенные пиксели заполнением.
Несколько таких правил отображения могут быть объединены как RULE0 + RULE1 [+ ...]; все
объединенные правила будут применяться одновременно. Отображение определяется как
'VAL0 [, VAL1, ...] [: NEWVAL]' для отображения значений VAL0, VAL1 и т. Д. На новое значение NEWVAL. Если
NEWVAL не указывается, значения устанавливаются на заполнение. Несколько таких правил сопоставления могут быть
объединены как ПРАВИЛО0 + ПРАВИЛО1 [+ ...]; будут применяться все составные правила
одновременно.

--replace-padding
Замените заполненные пиксельные данные заданным значением.

--replace-inf-нан
Замените все бесконечные и нечисловые пиксели заданным значением.

Фото товара Подавать
--флип-х
Отразить (отразить) по оси x

--флип-у
Отразить (отразить) по оси Y

--flip-z
Отразить (отразить) по оси Z

Фото товара Маскировка и Порог
- маска
Имя файла двоичной маски: удалить все пиксели изображения, где маска равна 0. Скрытые пиксели
НЕ будет установлен в ноль, но вместо этого будет заменен текущим установленным заполнением
ценить. Используйте '--set-padding 0' перед '--mask', чтобы установить нулевое значение.

--маска-обратная
Имя файла обратной двоичной маски удаляет все пиксели изображения, где маска НЕ ​​равна 0. См.
также примечания относительно заполнения под '--mask' выше.

--thresh-ниже
Установите все значения ниже порогового значения на пороговое значение.

--thresh-выше
Установите все значения выше порога на пороговое значение.

--thresh-ниже-до-дополнения
Установите для всех значений ниже порогового значения значение заполнения.

--thresh-выше-до-заполнения
Установите для всех значений выше порога значение заполнения.

--binarize-thresh
Установите все значения ниже порога на 0, все значения равны или выше 1.

--оцу-треш
Преобразуйте изображение в двоичную форму до 0/1, используя порог, вычисленный методом Оцу. Аргумент - это число
ячеек гистограммы для вычисления порога.

--otsu-thresh-nbins
Бинаризация с использованием метода Оцу с определяемым пользователем количеством бинов гистограммы для
пороговое вычисление.

--prune-гистограмма
Пороговое изображение путем «обрезки гистограммы интенсивности», т. Е. Для данного аргумента n
[ячейки гистограммы] определяют такие пороговые значения, что 1 / n-я часть наивысшего и
самые низкие воксели имеют пороговое значение.

--prune-высокая гистограмма
Как '--prune-histograms', но удаляет только высокие интенсивности.

--prune-гистограмма-низкий
Как '--prune-histograms', но удаляет только низкие интенсивности.

Интенсивность Преобразования
- масштабировать по диапазону
Масштабируйте интенсивность изображения в диапазоне от: до, например, 0: 255 перед преобразованием в байт.
поле.

- выравнивание гистограммы
Примените выравнивание гистограммы.

--гистограмма-выравнивание-nbins
Примените выравнивание гистограммы с помощью количество бункеров.

- гистограммы совпадений
Преобразуйте интенсивности, чтобы они соответствовали распределению на изображении, указанном в качестве аргумента.
для этой команды.

--match-mean-sdev
Масштабируйте интенсивности, чтобы соответствовать среднему и стандартному распределению интенсивностей в
изображение, предоставленное в качестве аргумента для этой команды.

морфологический Операционный отдел
--возвращаться
Отменить бинарную маску, т. Е. Поменять местами передний и задний план.

--разрушать
Оператор морфологической эрозии (по пикселям)

- расширять
Оператор морфологического расширения (по пикселям)

--erode-расстояние
Оператор морфологической эрозии (дистанционно). Часто предпочтительнее для анизотропных данных.

--erode-distance-multipleabel
Оператор морфологической эрозии (по расстоянию) для карт с несколькими метками. Результат будет
данные типа byte, unsigned short или unsigned int, в зависимости от индекса
самая большая используемая метка на входе.

--dilate-расстояние
Оператор морфологического расширения (по расстоянию). Часто предпочтительнее для анизотропных
поле.

--connected-компоненты
Создание карты связанных компонентов с пронумерованными регионами путем уменьшения размера компонентов

- граничная карта
Создать карту границ

--мульти-граничная карта
Создать многозначную карту границ

--distance-карта
Вычислить беззнаковую евклидову карту расстояний. Входное изображение интерпретируется как двоичная маска.

--signed-Distance-map
Вычислить подписанную (внутреннюю = отрицательную, внешнюю = положительную) карту евклидовых расстояний

ФИЛЬТР Операционный отдел
- средний-фильтр
Медианный фильтр. Эта операция принимает в качестве параметра радиус фильтра в пикселях. А
единственное целое число определяет радиус ядра во всех трех измерениях. Три запятые-
разделенные целые числа определяют отдельные радиусы для трех измерений.

--средний-фильтр
Региональный средний фильтр. Эта операция принимает радиус фильтра в пикселях как
параметр. Одно целое число определяет радиус ядра во всех трех измерениях. Три
Целые числа, разделенные запятыми, определяют отдельные радиусы для трех измерений.

--fast-средний-фильтр
Фильтр среднего регионального (быстрая реализация с линейным временем). Эта операция занимает
радиус фильтра в пикселях в качестве параметра. Одно целое число определяет радиус ядра
во всех трех измерениях. Три целых числа, разделенных запятыми, определяют отдельные радиусы для
три измерения.

--дисперсионный фильтр
Фильтр региональной дисперсии. Эта операция принимает радиус фильтра в пикселях как
параметр. Одно целое число определяет радиус ядра во всех трех измерениях. Три
Целые числа, разделенные запятыми, определяют отдельные радиусы для трех измерений.

--fast-дисперсионный фильтр
Быстрый (линейный) фильтр региональной дисперсии. Эта операция принимает радиус фильтра
в пикселях в качестве параметра. Одно целое число определяет радиус ядра во всех трех
Габаритные размеры. Три целых числа, разделенных запятыми, определяют отдельные радиусы для трех
Габаритные размеры.

- фильтр третьего момента
Региональный фильтр третьего момента. Эта операция принимает радиус фильтра в пикселях как
параметр. Одно целое число определяет радиус ядра во всех трех измерениях. Три
Целые числа, разделенные запятыми, определяют отдельные радиусы для трех измерений.

- фильтр стандартных отклонений
Фильтр регионального стандартного отклонения. Эта операция принимает радиус фильтра в пикселях.
в качестве параметра. Одно целое число определяет радиус ядра во всех трех измерениях.
Три целых числа, разделенных запятыми, определяют отдельные радиусы для трех измерений.

- гладкость-фильтр
Региональный фильтр «гладкости». Эта операция принимает радиус фильтра в пикселях как
параметр. Одно целое число определяет радиус ядра во всех трех измерениях. Три
Целые числа, разделенные запятыми, определяют отдельные радиусы для трех измерений.

--гауссов-фильтр-сигма
Фильтр изображения с гауссовым ядром. Эта операция требует единственного действительного значения
параметр, который определяет сигму коэффициента ядра в мировых единицах [например, мм] как
параметр.

--gaussian-фильтр-fwhm
Фильтр изображения с гауссовым ядром. Эта операция требует единственного действительного значения
параметр, который указывает полную ширину ядра на половине максимума в мировых единицах
[например, мм].

--laplace-фильтр
Отфильтруйте изображение с помощью ядра Лапласа, подчеркивающего границы.

сетка Операционный отдел
--downsample-выбрать
Уменьшить разрешение изображения путем выбора пикселей с использованием коэффициентов по оси 'Fx, Fy, Fz' или с использованием одиночных
фактор 'Fxyz'

--downsample-среднее
Уменьшите разрешение изображения путем усреднения с использованием коэффициентов Fx, Fy, Fz для каждой оси или с помощью одного
фактор 'Fxyz'

--resample
Передискретизируйте изображение до почти изотропных пикселей, сохранив поле обзора изображения.
Принимает один аргумент, целевое разрешение в мировых единицах [например, мм].

--resample-точный
Передискретизируйте изображение до точно изотропных пикселей заданного разрешения при сопоставлении
изображение как можно точнее. Принимает один аргумент, целевое разрешение
в мировых единицах [например, мм]

--обрезка по индексу
Обрезать изображение до области, указанной набором из шести координат индекса сетки, заданных как
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

- урожай за порогом
Обрезать изображение до области, определенной с помощью заданного порогового значения. Полученное изображение будет
содержат все пиксели, размер которых превышает заданный параметр.

--crop-by-threshold-write-region
Обрезать изображение до области, определенной с помощью заданного порога, и записать область обрезки в
стандартный вывод.

--crop-by-threshold-write-xform
Обрезать изображение до области, определенной с помощью заданного порога, и записать кадрирование
преобразование в стандартный вывод.

АВТОРЫ

Торстен Рольфинг, при участии Майкла П. Хасака, Грега Джеффериса, Кэлвина Р.
Маурер, Даниэль Б. Русаков и Ярослав Гальченко

Используйте cmtk-convertx онлайн с помощью сервисов onworks.net