cmtk - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

cmtk - Набор инструментов для вычислительной морфометрии

СИНТАКСИС

cmtk [параметры]

ОПИСАНИЕ

Этот вспомогательный сценарий обеспечивает унифицированный доступ ко всем инструментам командной строки, предоставляемым CMTK.
Укажите команду CMTK для запуска и ее параметры. Видеть cmtk- (1) manpage или
выход cmtk --Помогите для конкретные варианты

КОМАНДЫ

сегмент
Зарегистрируйте целевое изображение в атласе, используя аффинный, за которым следует нежесткий B-сплайн
регистрации, затем переформатируйте карту меток атласа в целевое изображение.

asegment_sri24
Зарегистрируйте целевое изображение в выбранном канале атласа человеческого мозга SRI24, затем
переформатируйте одну из карт меток атласа в целевое изображение. Примечание: предполагается, что
целевое изображение без черепа, т. е. содержит только мозг.

среднее_аффинное
Этот инструмент вычисляет среднее значение последовательности предоставленных пользователем аффинных координат.
преобразования.

средние_изображения
Этот инструмент вычисляет среднее значение пикселей, дисперсию, стандартное отклонение, z-оценку или
энтропийные изображения из списка предоставленных пользователем изображений интенсивности.

средние_метки
Средние совместно зарегистрированные изображения этикеток с использованием частичных объемов

avg_adm
Вычисление изображений средней интенсивности и карт деформации средней формы с использованием активного
деформационная модель.

concat_affine
Этот инструмент вычисляет явную конкатенацию нескольких аффинных координат
преобразования, каждое из которых при желании может быть инвертировано.

Convert_Warp
Этот инструмент преобразует нежесткие B-сплайны в координаты деформации произвольного формата.
преобразования между различными представлениями (например, абсолютное или относительное
векторы). Также создает дробные преобразования.

конвертироватьx
Этот инструмент выполняет преобразование между форматами файлов изображений и типами данных пикселей. Также может применяться
простые универсальные операции с изображениями в процессе. Произвольное количество
операции можно указать в командной строке, которые будут применены именно в
заказ отдан.

инструмент базы данных
Этот инструмент изменяет и запрашивает базу данных изображений и преобразований между
их.

dcm2image
Объединение наборов фрагментов DICOM в стопки трехмерных изображений

описывать
Этот инструмент печатает подробное описание входных файлов в виде изображений или изображений.
преобразование (я).

лишаться спелости
Эта программа исправляет полосовые артефакты в стопках полученных изображений, которые могут возникнуть в результате
различия шкалы интенсивности между срезами.

обнаружить_адни_фантом
Этот инструмент определяет расположение всех сферических ориентиров на трехмерном изображении
Фантом структурной визуализации Magphan EMR051 (он же ADNI Phantom).

обнаружить_сферы_соответствующий_фильтр
Этот инструмент обнаруживает сферические объекты на трехмерных изображениях.

dof2mat
Преобразование аффинного преобразования из представления степеней свободы в матричную форму

dwi_mask_bad_slices
Этот инструмент считывает набор трехмерных МРТ-изображений, взвешенных по диффузии, и находит плохие срезы. Плохой
срез диффузионного изображения определяется как тот, средняя интенсивность которого находится за пределами
заданный интервал вокруг среднего значения всех соответствующих срезов из
оставшиеся диффузные изображения.

эпиунварп
Исправьте искажения, вызванные неоднородностью поля B0 в плоских эхо-изображениях (например,
диффузно-взвешенные изображения) с использованием двух изображений, полученных с противофазным кодированием
направления.

fib2image
Результаты отслеживания оптоволокна с помощью инструмента отслеживания оптоволокна UNC считываются из стандартного ввода.
и все точки волокна нарисованы в трехмерном изображении. Результат записан в одном из
поддерживаемые форматы файлов изображений.

фибксформ
Файл с результатами отслеживания волокна с помощью инструмента отслеживания волокна UNC считывается из
Применяются стандартный ввод и одно или несколько (конкатенированных) преобразований координат.
ко всем координатам точки волокна. Результат записывается в стандартный вывод, снова в
Формат файла волокна UNC.

фильм Этот инструмент разбивает чередующиеся входные изображения на проходные изображения, совместно регистрирует их,
и восстанавливает изображение с коррекцией движения

фильтр
Этот инструмент применяет операторы пространственной фильтрации, в том числе чувствительные к cnotent
операторы, основанные на селективных гауссовских ядрах.

fit_affine_dfield
Подгоните линейное аффинное преобразование к нежесткому преобразованию, будь то B-сплайн
деформация произвольной формы или непараметрическое поле деформации.

fit_affine_xform
Подобрать линейное аффинное преобразование к списку конкатенированных, необязательно инвертированных,
преобразования.

fit_affine_xform_landmarks
Подгоните линейное аффинное преобразование к набору совпадающих ориентиров.

fit_spline_dfield
Подгоните параметрическое нежесткое преобразование (деформация произвольной формы B-сплайном) к
поле деформации

fit_spline_xform
Подобрать параметрическое нежесткое преобразование (деформация произвольной формы B-сплайном) в список
конкатенированных, необязательно инвертированных преобразований.

вид

геомеханика
Этот инструмент считывает два или более изображений и проверяет, соответствуют ли их размеры сетки, пиксели
размеры и преобразования изображения в пространство совпадают. По желанию все изображения
перед выполнением теста переориентировали в стандартную ориентацию. Если все изображения совпадают,
инструмент возвращается с кодом выхода 0, в противном случае он возвращается с кодом выхода 2. В случае
ошибка (например, одно из изображений не читается), код выхода 1.

GLM Статистическое моделирование интенсивности пикселей в нескольких изображениях с использованием общей линейной
Модель.

гмм Сегментируйте изображение на классы c, используя алгоритм EM для гауссовых смесей с
необязательные приоры.

Грегксформа
ДАННЫЙ ИНСТРУМЕНТ УСТАРЕЛ. ПОЖАЛУЙСТА, ИСПОЛЬЗУЙТЕ streamxform ВМЕСТО.

groupwise_affine
Этот инструмент одновременно регистрирует совокупность входных изображений без шаблона,
используя либо алгоритм «застывания», либо меру группового сходства, основанную на
непрерывное приближение взаимной информации («RMI»).

groupwise_init
Вычислить начальное аффинное выравнивание для группы входных изображений, которое можно использовать в качестве
ввод для групповой регистрации

groupwise_warp
Этот инструмент нежестко регистрирует совокупность входных изображений одновременно, без
шаблон, используя либо алгоритм «затвердевания», либо меру группового сходства
на основе непрерывного приближения взаимной информации («RMI»).

Хаусдорф
Этот инструмент вычисляет расстояние Хаусдорфа между двумя изображениями этикеток.

Гистограмма
Создайте гистограмму яркости изображения и напишите в виде текстового файла с разделителями табуляции в
стандартный вывод

имиджмат
Выполняйте операции с изображениями, используя постфиксную нотацию на основе стека.

interleaved_bad_slices
Этот инструмент считывает временные ряды 3D-изображений и обнаруживает выбросы.

iterative_shape_averaging

джидб Этот инструмент разбивает чередующиеся входные изображения на проходные изображения, совместно регистрирует их,
и восстанавливает изображение с коррекцией движения

набор уровней
Сегментация переднего и заднего плана по типу уровней с использованием минимальной региональной дисперсии
энергетика

лмсба
Этот инструмент объединяет несколько мультиклассовых сегментов от совместно зарегистрированных и
переформатированные атласы с использованием локально взвешенного усреднения на основе формы.

лсба Этот инструмент объединяет несколько двоичных сегментов из совместно зарегистрированных и переформатированных
атласов с использованием локально-взвешенного усреднения на основе формы.

голосовать
Этот инструмент объединяет несколько сегментов для совместно зарегистрированных и переформатированных атласов.
с использованием локально взвешенного голосования.

make_initial_affine
Вычислить начальное аффинное преобразование путем совмещения центров масс или главных осей

мат2доф
Преобразование матрицы преобразования в степени свободы

маккаффин
Многоканальная регистрация аффинных изображений с использованием гистограмм или ковариаций
совместные энтропийные меры

McWarp
Регистрация многоканального нежесткого B-сплайна изображения с использованием гистограммы или
ковариационные совместные энтропийные меры

mk_adni_phantom
Создание изображения калибровочного фантома структурной визуализации ADNI (также известного как Magphan
ЭМР051).

mk_analyze_hdr
Сделайте заголовочный файл в формате Analzye 7.5 на основе параметров, заданных пользователем для
геометрия, тип данных, ориентация и т. д.

mk_nifti_hdr
Создайте файл заголовка в соответствии с форматом файла NIFTI на основе параметров, заданных пользователем для
геометрия, тип данных, ориентация и т. д.

mk_phantom_3d
Создание трехмерных цифровых фантомных изображений с помощью набора команд рисования

ошибка
Эта программа исправляет артефакты неоднородности интенсивности на МР-изображениях с помощью смещения.
поле оценивается минимизацией энтропии.

перекрытие
Вычислить меры перекрытия между двумя или более изображениями

зонд
Этот инструмент печатает значения пикселей или символические метки в списке предоставленных пользователем изображений.
координаты.

pxsearch
Этот инструмент считывает файл изображения, а также список координат пикселей из стандартных
Вход. Для каждого пикселя ищется локальная окрестность изображения.
максимальное значение. Местоположение максимума затем записывается в стандартный вывод.

переформатировать
Расширенный инструмент переформатирования объема для вычисления переформатированных изображений и карт Якоби из
произвольные последовательности конкатенированных преобразований

постановка на учет
Эта программа выполняет жесткую и аффинную регистрацию изображений с использованием нескольких разрешений.
оптимизация показателей сходства изображений на основе вокселей.

регистрацияx
Эта программа выполняет жесткую и аффинную регистрацию изображений с использованием нескольких разрешений.
оптимизация показателей сходства изображений на основе вокселей.

регрессировать
Линейная (и полиномиальная) регрессия деформационных полей и изображений.

переориентировать
Преобразование между ориентациями изображения, т. Е. Физическое изменение порядка массива пикселей и адаптация
сохраненная информация об анатомической ориентации

спа Среднее сегментирование (поля меток) с использованием преобразования евклидова расстояния. Все
входные изображения должны быть в одном пространстве. EDT также вычисляется в этом пространстве. Видеть
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 для получения подробной информации о базовом алгоритме.

СБАИ Среднее сегментирование (поля меток) с использованием преобразования евклидова расстояния. Этот
Инструмент выполняет совместную интерполяцию и усреднение путем интерполяции из EDT. Этот
требует, чтобы входные данные были преобразованиями из одного и того же фиксированного в (не обязательно)
разные движущиеся изображения. Расчет EDT выполняется в пространстве каждого движущегося изображения.
Читать http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 для получения подробной информации о лежащих в основе
алгоритм.

последовательность
Анализировать последовательность числовых значений, считываемую со стандартного ввода

сходство
Вычислить меры сходства, такие как разница в интенсивности или перекрытия меток между
два изображения.

раскол
Разделить объемное изображение на субизображения, т. Е. Разделить чередующиеся изображения на проходы

статистике
Статистические вычисления интенсивности пикселей изображения, т. Е. Средних и стандартных значений.
отклонениями

поток_пикселей
Этот инструмент считывает одно или несколько изображений и записывает все их пиксели в стандартный вывод в
двоичная форма. При желании каждое изображение может быть переориентировано на определенный анатомический
ориентации и / или преобразованы в другой тип данных. Это полезно для трубопровода
данные изображения через конвейер, например, набор инструментов Camino DTI.

Streamxform
Список координат точек в формате ASCII считывается из стандартного ввода и пользовательского ввода.
применяется заданная последовательность преобразований координат (каждая может быть инвертирована)
им. Затем преобразованные точки выводятся на стандартный вывод.

симпл
Вычислить приблизительную плоскость симметрии изображения, чтобы определить, например,
срединно-сагиттальная плоскость на изображениях человеческого мозга. Поддерживаются различные формы вывода,
например, запись входного изображения с нарисованной в нем плоскостью симметрии или входного
изображение перестроено по плоскости симметрии.

симптом
Вычислить приблизительную плоскость симметрии изображения, чтобы определить, например,
срединно-сагиттальная плоскость на изображениях человеческого мозга. Поддерживаются различные формы вывода,
например, запись входного изображения с нарисованной в нем плоскостью симметрии или входного
изображение перестроено по плоскости симметрии.

тест
Пиксельные тесты статистической значимости. Также вычислите корреляции и z-оценки

неразделенный
Объедините отдельные стопки изображений в единый том с чередующимися изображениями

unwarp_image_phantom
Этот инструмент вычисляет либо полиномиальное преобразование, либо B-сплайн произвольной формы.
деформация, чтобы не искажать изображение. Преобразование основано на ожидаемых и обнаруженных
ориентиры на изображении структурного фантома, полученном на том же сканере. Использовать
Инструмент 'detect_adni_phantom' для обнаружения ориентиров ADNI Phantom на изображении и
создать фантомный файл описания, пригодный для использования с этим инструментом.

vol2csv
Этот инструмент вычисляет объемы областей на изображении этикетки. Опционально принимает
карты плотности (например, для разных тканей) и вычисляет и распечатывает для каждой области
контент для каждого. Кроме того, инструмент может принимать в учетную запись дополнительную карту «пиксельного объема».
для локальных вариаций объема пикселя, например, из-за пространственного искажения.

объем_впрыска
Реконструкция тома высокого разрешения из нескольких совместно зарегистрированных (низкое разрешение)
изображения с использованием прямого объемного впрыска

объем_реконструкция
Итеративная реконструкция объема из совместно зарегистрированных изображений с использованием обратной интерполяции
или совместное удаление заусенцев

vtkxform
Файл VTK в формате ASCII считывается из стандартного ввода и координат, предоставленных пользователем.
преобразование (необязательно инвертированное) применяется к координатам вершины. ВТК
файл с преобразованными точками затем записывается в стандартный вывод.

деформироваться Эта программа выполняет нежесткую регистрацию изображений с использованием оптимизации с несколькими разрешениями.
измерения сходства изображений на основе вокселей и B-сплайна с несколькими разрешениями
модель трансформации.

варп2пс
Запишите поле деформации в виде деформированной сетки в формате PostScript для визуализации и
иллюстрация

варкс
Эта программа выполняет нежесткую регистрацию изображений с использованием оптимизации с несколькими разрешениями.
измерения сходства изображений на основе вокселей и B-сплайна с несколькими разрешениями
модель трансформации.

поле xform2d
Преобразуйте параметрическое жесткое или нежесткое преобразование в поле деформации, выбранное при
расположение пикселей данного эталонного изображения

xform2itk
Этот инструмент преобразует преобразования координат из формата CMTK в формат ITK, а в
процесс, также с учетом различий в условных обозначениях координат изображения

xform2скаляр
Этот инструмент извлекает скалярные меры из полей преобразований и деформаций,
отбирается в точках сетки и записывает результаты в изображение. Примеры поддерживаемых
скалярными мерами являются: x, y, z компонент преобразования, величина
преобразование и определители Якоби.

АВТОРЫ

Торстен Рольфинг, при участии Майкла П. Хасака, Грега Джеффериса, Кэлвина Р.
Маурер, Даниэль Б. Русаков и Ярослав Гальченко

Используйте cmtk онлайн с помощью сервисов onworks.net