convert_project - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

convert_project - преобразование типов файлов сборки и секвенирования

ОПИСАНИЕ

Эта программа является частью пакета ассемблера MIRA. Используется для конвертации файла проекта
типы в другие типы. Пожалуйста, ознакомьтесь с документацией ниже для более подробной информации.
информация о convert_project.

СИНТАКСИС

конвертировать_проект
[-f ] [-t [-t ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {infile} {outfile} [ ...]

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-f
загрузить этот тип файлов проекта, где fromtype:

caf полная сборка или отдельные последовательности от CAF

maf полная сборка или отдельные последовательности из CAF

последовательности fasta из файла FASTA

последовательности fastq из файла FASTQ

последовательности gbf из файла GBF

phd из файла PHD

фофнэксп
последовательности в файлах EXP из файла имен файлов

-t
записать последовательности / сборку в этот тип (многократное упоминание -t разрешается):

последовательности ace или полная сборка в ACE

Последовательности caf или полная сборка в CAF

последовательности maf или полная сборка в MAF

Сам полная сборка в SAM

samnbb, как указано выше, но без ссылки (магистрали) в сборках отображения

последовательности gbf или консенсус к GBF

консенсус gff3 к GFF3

информация о покрытии сборки парика для файла покачивания

сборка gcwig информация о содержимом gc для покачивания файла

fasta или консенсус к файлу FASTA (качества для

.качество)

последовательности fastq или консенсус для файла FASTQ

exp последовательностей или полную сборку в файлы EXP в

каталоги. Полные сборки подходят для импорта gap4 как направленную сборку.
Примечание: рекомендуется использовать caf2gap для импорта в gap4.

текст полной сборки для выравнивания текста (только когда -f is

caf, maf или gbf)

html полная сборка в HTML (только когда -f Кафе, маф или

гбф)

полная сборка tcs в tcs

hsnp окружение тегов SNP (SROc, SAOc, SIOc) в HTML (только когда -f Кафе, маф или
гбф)

asnp-анализ тегов SNP (только когда -f это caf, maf или gbf)

cstats файл статистики контигов как из MIRA (только если исходный код содержит контиги)

crlist файл списка чтения контигов как из MIRA (только если исходный код содержит контиги)

Maskedfasta
читает, где вектор секвенирования замаскирован (с X) в файл FASTA (качества для
.качество)

последовательности scaf или полная сборка в отдельные последовательности CAF

-a Добавить в целевые файлы вместо перезаписи

-A
Строка с параметрами MIRA для анализа. Полезно при настройке параметров, влияющих на
консенсус называя лайком -СО: mrpg и т. д. Например: -a "454_SETTINGS -СО: mrpg = 3 "

-b Слепые данные Заменяет все базы в чтениях / контигах на 'c'

-C Выполнить жесткий клип для чтения При чтении форматов, определяющих точки отсечения, будет

сохраните в файл результатов только не обрезанную часть.

Применяется только к файлам / форматам, не содержащим

контиги.

-d Удалить столбцы, содержащие только пробелы.

полностью пропуски (например, после удаления чтений во время редактирования в gap4 или аналогичном)

Когда вывод читается: удалить пробелы в чтениях

-F Фильтр для чтения групп Особый вариант использования, пока не использовать.

-m Сделать контиги (только для -t = caf или maf) Encase single читает как контиг-синглеты в
файл CAF / MAF.

-n
если задан, выбирает только чтения или контиги, заданные по имени в этом файле.

-i когда -n используется, инвертирует выделение

-o Смещение качества fastq (только для -f = 'fastq') Смещение значений качества в FASTQ
файл. По умолчанию 0 пытается распознать автоматически.

-Q
Установите качество по умолчанию для баз в типах файлов без значений качества.
не останавливаться, если отсутствуют файлы ожидаемого качества (например, '.fasta')

-R
Переименуйте контиги / синглеты / чтения с заданной строкой имени, к которой привязан счетчик.
добавлено. Известная ошибка: будет создавать повторяющиеся имена при вводе

содержит контиги / синглеты, а также свободные чтения, т. е. не читает ни в контигах, ни
майки.

-S
(имя) Схема переименования чтений, важна для парных концов Только 'solexa'
в настоящее время поддерживается.

The после переключатели работает Важно когда вход (КАФ or МАФ) содержит контиги.
Осторожно: CAF и MAf также могут содержать только чтение.

-M Не извлекать контиги (или их консенсус), а последовательность считываний, которые они
состоит из.

-N
" У аборигенов -n, но сортирует вывод в соответствии с порядком, указанным в файле.

-r [cCqf]
Пересчитайте согласованные и / или согласованные значения качества и / или теги характеристик SNP.
Пересчет "c" минусов и недостатков (с IUPAC) Пересчет "C" минусов и недостатков
(принудительное использование не-IUPAC) 'q' пересчитать только согласованные качества 'f' пересчитать характеристики SNP
Примечание: актуальна только последняя из cCq, f работает как

переключатель и может быть объединен с cQq (например, "-r C -r f ")

Примечание: если CAF / MAF содержит несколько штаммов, пересчет минусов и минусов
качества вынуждены, вы

может просто повлиять на то, используются ли ИЮПАК или нет.

-s разделить вывод на несколько файлов вместо создания одного файла

-u 'fillUp штамм геномов' Заполните дыры в геноме одного штамма (N или @) с помощью
последовательность из консенсуса других штаммов. Действует только с -r и -t gbf или
fasta / q в FASTA / Q: базы заполнены строчными буквами в GBF: базы заполнены
в верхнем регистре

-q
Определяет минимальное качество, которое должна иметь консенсусная база для штамма, консенсусные основы
ниже будет 'N'. По умолчанию: 0 Используется только с -r и -f это кафе / маф и -t is
(фаста

или gbf)

-v Распечатать номер версии и выйти

-x
Минимальная длина контига или чтения При загрузке отбросьте все контиги / чтения с
длина меньше этого значения. По умолчанию: 0 (= выключено) Примечание: не применяется к чтениям.
в контигах!

-X
Похожий на что -x но применяется только к чтению, а затем к отрезанной длине.

-y
Минимальное среднее покрытие контигов При загрузке отбросить все контиги со средним
покрытие меньше этого значения. По умолчанию: 1

-z
Минимальное количество чтений в контиге При загрузке отбросить все контиги с номером
чтений меньше этого значения. По умолчанию: 0 (= выключено)

-l
при выводе в виде текста или HTML: количество оснований, отображаемых в одной строке выравнивания. Дефолт:
60. Воспользуйтесь функционалом

-c
при выводе в виде текста или HTML: символ, используемый для заполнения концевых зазоров. По умолчанию: '' (пусто)

Псевдонимы: caf2html, exp2fasta и т. Д. Любая комбинация " 2 "
можно использовать в качестве имени программы (также используя ссылки), так что convert_project автоматически
Наборы -f и -t соответственно.

ПРИМЕРЫ

Convert_project source.maf dest.sam

convert_project source.caf dest.fasta парик ace

Convert_project -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

caf2html -l 100 -c. source.caf dest

Используйте convert_project в Интернете с помощью сервисов onworks.net