Это команда extensionCount, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
охват - подсчет покрытия сопоставленных чтений в каждом месте на всем
эталонный геном
ОПИСАНИЕ
coverCount Версия 1.5.0-p1
Эта программа вычисляет покрытие отображенных чтений в каждом месте на
эталонный геном. Он создает двоичный файл для каждой хромосомы путем объединения
уровни покрытия в виде 4-байтовых целых чисел.
Применение
покрытиеCount [параметры] -i -o
Обязательные аргументы:
-i
Имя входного файла в формате SAM или BAM.
-o
Префикс выходных файлов. Каждый выходной файл содержит четырехбайтовые целые числа.
Дополнительные аргументы:
--maxMOp Максимальное количество операций 'M', разрешенных в строке CIGAR.
10 по умолчанию. И 'X', и '=' обрабатываются как 'M', а смежные операции 'M' считаются
объединены в строку CIGAR.
coverCount Версия 1.5.0-p1
Эта программа вычисляет покрытие отображенных чтений в каждом месте на
эталонный геном. Он создает двоичный файл для каждой хромосомы путем объединения
уровни покрытия в виде 4-байтовых целых чисел.
Применение
покрытиеCount [параметры] -i -o
Обязательные аргументы:
-i
Имя входного файла в формате SAM или BAM.
-o
Префикс выходных файлов. Каждый выходной файл содержит четырехбайтовые целые числа.
Дополнительные аргументы:
--maxMOp Максимальное количество операций 'M', разрешенных в строке CIGAR.
10 по умолчанию. И 'X', и '=' обрабатываются как 'M', а смежные операции 'M' считаются
объединены в строку CIGAR.
Воспользуйтесь услугами coverCount онлайн с помощью сервисов onworks.net
