Это команда create_matrix, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
create_matrix - вычислить матрицу сходства обилия генома
СИНТАКСИС
create_matrix [кредита] ИМЕНА
ОПИСАНИЕ
Рассчитайте матрицу подобия.
Сначала моделируется набор считываний для каждого эталонного генома с помощью симулятора чтения из
core / tools.py указанный через -s. Во-вторых, нанесены на карту смоделированные чтения каждого вида.
против всех эталонных геномов с использованием картографа, указанного с помощью -m. В-третьих, в результате
SAM-файлы анализируются для расчета матрицы сходства. Матрица подобия хранится
как файл numpy (-o).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
ИМЕНА Имя файла с именами; файл имен в виде простого текста должен содержать по одному имени на каждый
линия. Имя используется как идентификатор во всем алгоритме.
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
-s СИМУЛЯТОР, - симулятор=Имитатор
Идентификатор симулятора чтения, определенный в core / tools.py [по умолчанию: нет]
-r РЕФ, --ссылка=REF
Шаблон файла эталонной последовательности для симулятора чтения. Заполнитель для имени
"% s". [по умолчанию: ./ref/%s.fasta]
-m КАРТА, - картограф=КАРТА
Идентификатор сопоставителя, определенный в core / tools.py [по умолчанию: нет]
-i ПОКАЗАТЕЛЬ, --показатель=ИНДЕКС
Ссылочные индексные файлы для чтения карт. Заполнитель для имени - «% s».
[по умолчанию: ./ref/%s.fasta]
-t ТЕМП, - темп=TEMP
Каталог для хранения временных смоделированных наборов данных и файлов SAM. [по умолчанию: ./temp]
-o ВНЕ, --выход=ВНЕ
Выходной файл матрицы сходства. [по умолчанию: ./similarity_matrix.npy]
Используйте create_matrix онлайн с помощью сервисов onworks.net
