Это команда diffseqe, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
diffseq - Сравнить и сообщить о характеристиках двух похожих последовательностей
СИНТАКСИС
diffseq -последовательность последовательность -последовательность последовательность -слово целое
[-глобальные различия логический] -выходной файл отчету -аутфит подвиг поединок подвиг
diffseq -Помощь
ОПИСАНИЕ
diffseq это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Выравнивание: Различия».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательность последовательность
-последовательность последовательность
необходимые .
-слово целое
Подобные области между двумя последовательностями обнаруживаются путем создания хэш-таблицы
'wordsize'd подпоследовательности. 10 - разумное значение по умолчанию. Увеличение этого значения (20?)
может немного ускорить работу программы, но будет означать, что любые два различия в пределах
«словесность» друг друга будут сгруппированы как единая область различия. Это значение
может быть уменьшен (4?), чтобы улучшить разрешение ближайших различий, но
программа будет идти намного медленнее. Значение по умолчанию: 10
дополнительный .
-глобальные различия логический
Обычно эта программа находит регионы идентичности, равные длине
указанного размера слова или больше, а затем сообщит области различия между
эти совпадающие регионы. Это хорошо работает, и это то, чего хочет большинство людей, если они
работа с длинными перекрывающимися последовательностями нуклеиновых кислот. Вы обычно не интересуетесь
в неперекрывающихся концах этих последовательностей. Если у вас есть белковые последовательности или короткие
Последовательности РНК, однако, вас будут интересовать различия на самых концах. Это
эта опция установлена в значение true, тогда также будут сообщены различия на концах.
Значение по умолчанию: N
Результат .
-выходной файл отчету
-аутфит подвиг
Файл для вывода характеристик первой последовательности Значение по умолчанию: $ (asequence.name) .diffgff
поединок подвиг
Файл для вывода характеристик второй последовательности Значение по умолчанию: $ (bsequence.name) .diffgff
Используйте diffseqe онлайн с помощью сервисов onworks.net
