Это команда disulfinder, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
дисульфиндер - состояние дисульфидной связи цистеинов и предиктор связности
СИНТАКСИС
дисульфиндер [ВАРИАНТЫ]
ОПИСАНИЕ
«Дисульфиндер» предназначен для прогнозирования состояния дисульфидной связи цистеинов и их
дисульфидная связь, начиная только с последовательности. Дисульфидные мостики играют важную роль.
в стабилизации процесса сворачивания ряда белков. Прогнозирование дисульфида
Таким образом, мосты только на основе последовательностей полезны для изучения структурных и функциональных
свойства конкретных белков. Кроме того, знания о состоянии дисульфидной связи
цистеинов может помочь в процессе определения экспериментальной структуры и может быть полезным
в других задачах геномной аннотации. «дисульфид» предсказывает дисульфидные структуры в двух
вычислительные этапы: (1) состояние дисульфидной связи каждого цистеина прогнозируется с помощью
бинарный классификатор БРНН-СВМ; (2) цистеины, которые, как известно, участвуют в формировании
мостов соединяются рекурсивной нейронной сетью для получения шаблона подключения.
Ссылки
А. Черони, А. Пассерини, А. Вулло и П. Фраскони. ДИСУЛЬФИД: состояние дисульфидной связи.
и сервер прогнозирования связности цистеина, Nucleic Acids Research, 34 (веб-сервер
выпуск):W177-W181, 2006 г.
Для прогнозирования дисульфидной связи см.:
А. Вулло и П. Фраскони. Прогнозирование дисульфидной связности с использованием рекурсивного нейронного метода
Сети и эволюционная информация, Биоинформатика, 20, 653–659, 2004.
Информацию о предикторе состояния связи с цистеином см.:
П. Фраскони, А. Пассерини и А. Вулло. Двухэтапная архитектура SVM для прогнозирования
Состояние дисульфидной связи цистеинов. Семинар IEEE по нейронным сетям для сигналов
Обработка, стр. 25-34, 2002 г.
А.Черони, П.Фраскони, А.Пассерини и А.Вулло. Прогнозирование состояния дисульфидной связи
Цистеины с комбинациями машин ядра, Журнал обработки сигналов СБИС, 35,
287-295, 2003.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-а, --альтернативы=НОМЕР
альтернативные шаблоны подключения (по умолчанию = 3)
-o, --output =DIR
выходной каталог, в котором будут сохраняться прогнозы (по умолчанию = $PWD)
-p, --psi2=ФАЙЛ|КАТАЛОГ
ввод в формате psi2 (матрица PSI-BLAST в ASCII), либо отдельный файл, либо
каталог(?). Сгенерируйте это с помощью «blastpgp -j -Q ФАЙЛ», где N >= 2.
-r, --rootdir=DIR
рабочий каталог (по умолчанию =~/дисульфиндер)
-k, --pkgdatadir=DIR
каталог данных пакета, содержащий модели (по умолчанию =/usr/доля/дисульфиндер)
-F, --format={html|ascii}
тип выходного формата (по умолчанию = ascii)
-d --blastdb=DIR
опция blastpgp -d (по умолчанию =/data/sp+trembl)
-c, --cleanpred
очистка файлов промежуточного прогнозирования (по умолчанию = false)
-P, --usepssm
используйте pssm вместо счетчиков для профилей (по умолчанию = false)
-C, --knownbondingstate
предположим, что состояние связи известно (по одному файлу для каждой цепочки в каталоге
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (по умолчанию = false)
-v, --версия
версия с дисульфидом
-?, --помощь
экран помощи
ПРИМЕРЫ
"дисульфиндер -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
Используйте дисульфиндер онлайн с помощью сервисов onworks.net
