Это команда domainaligne, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
domainalign - генерирует выравнивания (файл DAF) для узлов в файле DCF.
СИНТАКСИС
выравнивание домена -dcfinfile вводить -pdbdir каталог -узел список -Режим список -запчасти тумблер
-дафутдир превзойти -singletsoutdir превзойти -супераутдир превзойти -лог-файл Outfile
выравнивание домена -Помощь
ОПИСАНИЕ
выравнивание домена это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Белок: 3D-структура».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
вход .
-dcfinfile вводить
Этот параметр указывает имя файла DCF (файл классификации домена) (ввод). А
"файл классификации доменов" содержит классификацию и другие данные для доменов из
SCOP или CATH в формате DCF (подобном EMBL). Файлы создаются с помощью SCOPPARSE.
и CATHPARSE. Информация о последовательности домена может быть добавлена в файл с помощью
ДОМЕННЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ.
-pdbdir каталог
Этот параметр указывает расположение файлов PDB домена (входных). "PDB-файл домена"
содержит данные координат для одного домена из SCOP или CATH в формате PDB. В
файлы создаются с помощью DOMAINER. Значение по умолчанию: ./
необходимые .
-узел список
Эта опция указывает узел для удаления избыточности. Избыточность может быть удалена на
любой указанный узел в иерархиях SCOP или CATH. Например, выбрав "Класс"
записи, принадлежащие к одному и тому же классу, не будут избыточными. Значение по умолчанию: 1
-Режим список
Эта опция определяет используемый алгоритм выравнивания. Значение по умолчанию: 1
-запчасти тумблер
Этот параметр указывает, следует ли записывать в файл последовательности семейств синглетов. если ты
укажите эту опцию, последовательность для каждого синглетного семейства записывается в файл
(выход). Значение по умолчанию: Y
Результат .
-дафутдир превзойти
Этот параметр указывает расположение файлов DAF (файлов выравнивания домена) (вывод). А
"файл выравнивания доменов" содержит выравнивание последовательностей доменов, принадлежащих одному и тому же
Семья SCOP или CATH. Файлы имеют формат clustal и аннотированы доменом
информация о семейной классификации. Файлы, созданные с помощью SCOPALIGN, будут содержать
выравнивание последовательностей на основе структуры только доменов известной структуры. Такой
выравнивания могут быть расширены родственниками последовательностей (неизвестной структуры) с помощью
SEQALIGN. Значение по умолчанию: ./
-singletsoutdir превзойти
Этот параметр указывает расположение файлов DHF (файлов совпадений домена) для синглета.
последовательности (вывод). Синглеты записываются как «файл совпадений домена», который
содержит совпадения (последовательности) базы данных с информацией о классификации домена, в FASTA
формат. Значение по умолчанию: ./
-супераутдир превзойти
Эта опция определяет расположение файлов структурного наложения (вывода). А
файл в формате PDB структурного наложения создается для каждого семейства, если
используется алгоритм ШТАМП. Значение по умолчанию: ./
-лог-файл Outfile
Эта опция указывает имя файла журнала (вывода). Файл журнала содержит сообщения
о любых ошибках, возникающих во время работы domainalign. Значение по умолчанию: domainalign.log
Используйте domainaligne онлайн с помощью сервисов onworks.net
