Это команда edialigne, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
edialign - Локальное множественное выравнивание последовательностей
СИНТАКСИС
выровнять -последовательности набор последовательностей -nucmode список -revcomp логический [-перекрытие выбор]
[-связь список] [-maxfragl целое] -фрагмат логический -фрагсим целое
[-итскор логический] [-порог плавать] -маска логический -достарс логический
-старнум целое -выходной файл Outfile -outseq последовательность
выровнять -Помощь
ОПИСАНИЕ
выровнять это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Выравнивание: несколько».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательности набор последовательностей
дополнительный .
-nucmode список
Режим выравнивания последовательности нуклеиновых кислот (простой, транслируемый или смешанный) Значение по умолчанию: n
-revcomp логический
Значение по умолчанию: N
-перекрытие выбор
По умолчанию, когда Nseq = <35, используются веса перекрытия, но вы можете установить для него значение «да» или
'no' Значение по умолчанию: по умолчанию (когда Nseq = <35)
-связь список
Метод кластеризации для построения дерева последовательностей (UPGMA, минимальное связывание или максимальное
linkage) Значение по умолчанию: UPGMA
-maxfragl целое
Значение по умолчанию: 40
-фрагмат логический
Значение по умолчанию: N
-фрагсим целое
Значение по умолчанию: 4
-итскор логический
Значение по умолчанию: N
-порог плавать
Значение по умолчанию: 0.0
Результат .
-маска логический
Значение по умолчанию: N
-достарс логический
Значение по умолчанию: N
-старнум целое
Значение по умолчанию: 4
-выходной файл Outfile
-outseq последовательность
Используйте edialigne онлайн с помощью сервисов onworks.net