Это команда fa2dna, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fa2dna - форматирование базы данных fasta для использования с ANFO
СИНТАКСИС
фа2дна [ вариант | файл ... ]
ОПИСАНИЕ
фа2дна читает один или несколько файлов в формате fasta и переформатирует их в подходящую базу данных
для анфо(1). Входной файл (ы) может содержать более одной последовательности, и каждая последовательность может
быть разбитым на несколько контигов отрезком Ns. Все коды неоднозначности IUPAC
полностью поддерживается.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-V, --версия
Распечатать номер версии и выйти.
-o файл, --output файл
Записать вывод в файл.файл должен заканчиваться .ДНК, потому как анфо и некоторые вниз по течению
инструменты могут наткнуться на другое расширение. По умолчанию это имя генома с
домен .ДНК расширение.
-m Н, --maxn Н
Устанавливает максимальное количество Ns следует интерпретировать как коды неоднозначности ИЮПАК для N; Любые
более длинное растяжение интерпретируется как разделение контигов. По умолчанию 2.
-g имя, --genome имя
Устанавливает имя генома на имя. Это имя сохраняется в выходном файле и будет
используется анфо для идентификации совпадающего генома в его выходных данных. Геном должен быть
префикс имени выходного файла, позволяющий нижестоящим инструментам найти его. Имя
должно быть коротким, но уникальным, что-то вроде "hg18" или "pt2" для человека или шимпанзе.
геномы будут работать нормально.
-d текст, - текст описания
Добавляет текст как описание к метаданным. Это чисто информационное.
-v, --подробный
Вызывает печать индикатора выполнения.
Используйте fa2dna онлайн с помощью сервисов onworks.net
