formatdb - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

formatdb - форматирование баз данных белков или нуклеотидов для BLAST

СИНТАКСИС

формат БД [-] [-B имя файла] [-F имя файла] [-L имя файла] [-T имя файла] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i имя файла] [-l имя файла] [-n ул] [-o] [-p F] [-s] [-t ул] [-v N]

ОПИСАНИЕ

формат БД должны использоваться для форматирования баз данных источников белков или нуклеотидов перед
в этих базах данных можно искать с помощью blastall, blastpgp или MegaBLAST. Исходная база данных
может быть в формате FASTA или ASN.1. Хотя формат FASTA чаще всего используется как
вход в формат БД, использование ASN.1 выгодно для тех, кто использует ASN.1 в качестве
общий источник для других форматов, таких как отчет GenBank. Один раз исходный файл базы данных
был отформатирован формат БД он не нужен BLAST. Обратите внимание, что если вы
собираетесь применять периодические обновления к вашим базам данных BLAST, используя Fmerge(1) вам потребуется
сохранить исходный файл базы данных.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Сводка опций приведена ниже.

- Распечатать сообщение об использовании

-B имя файла
Двоичный Gifile, созданный из Gifile, указанного -F. Эта опция определяет
имя файла двоичного списка GI. Этот параметр следует использовать с -F вариант. А
текстовый список GI может быть указан с помощью -F вариант и -B вариант произведет
этот список GI в двоичном формате. Бинарный файл меньше, и BLAST не требует
чтобы преобразовать его, чтобы его можно было читать быстрее.

-F имя файла
Gifile (файл со списком gi) для использования с -B or -L

-L имя файла
Создайте файл псевдонима с именем имя файла, ограничивая искомые последовательности
указано -F.

-T имя файла
Установите идентификаторы таксономии в определениях ASN.1 в соответствии с таблицей в имя файла.

-V Подробно: проверьте наличие неуникальных идентификаторов строк в базе данных

-a Входной файл - база данных в формате ASN.1 (в противном случае ожидается FASTA)

-b База данных ASN.1 является двоичной (в отличие от текста ASCII)

-e Вход - это Seq-запись. Исходная база данных ASN.1 (текстовая ascii или двоичная) может
содержат набор Bioseq или только один Bioseq. В последнем случае -e должна быть обеспечена.

-i имя файла
Входной файл (ы) для форматирования

-l имя файла
Имя файла журнала (по умолчанию = formatdb.log)

-n ул Базовое имя для файлов BLAST (по умолчанию имя исходного файла FASTA)

-o Разберите SeqID и создайте индексы. Если исходная база данных имеет формат FASTA,
идентификаторы базы данных в строке определения FASTA должны соответствовать соглашениям
формат FASTA Defline.

-p F Входной сигнал - это нуклеотид, а не белок.

-s Индексируйте только по присоединению, а не по локусу. Это особенно полезно для наборов последовательностей.
как в EST, где имена присоединения и локуса идентичны. Formatdb запускается
быстрее и создает временные файлы меньшего размера, если используется эта опция. Это сильно
рекомендуется для EST, STS, GSS и HTGS.

-t ул Заголовок файла базы данных [Строка]

-v N Разбивайте большие файлы FASTA на «тома» размера N миллионов писем (4000 по
дефолт). В рамках создания тома формат БД пишет новый тип BLAST
файл базы данных, называемый файлом псевдонима, с расширением nal или pal.

Используйте formatdb в Интернете с помощью сервисов onworks.net