fox - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

fox - определение структуры ab-initio по дифракционным данным

СИНТАКСИС

лиса [кредита] [файл.xml]

ОПИСАНИЕ

Ассоциация лиса Программа (Free Objects for Crystallography) создана для кристалла ab initio.
структурное решение по дифракционным данным. Его самые интересные особенности для ab initio
определение структуры:

* разностороннее описание кристаллического содержимого;

* автоматическая коррекция особых положений и общих атомов между многогранниками;

* возможность одновременного использования нескольких порошковых рисунков;

* умные алгоритмы глобальной оптимизации;

* графический интерфейс с трехмерным представлением кристаллической структуры и обновлениями в реальном времени во время
процесс оптимизации.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Эта программа может быть выполнена с параметрами командной строки или без входного файла (file.xml) или без них.
Он следует обычному синтаксису командной строки GNU с длинными параметрами, начинающимися с двух дефисов.
(`- '). Сводка опций приведена ниже. Полное описание см. В разделе «Лисица».
Вики http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--Помогите Показать сводку опций.

--loadfourierrd карта.grd
Загрузить и отобразить карту Фурье map.grd с (первой) кристаллической структурой

--loadfourierdsn6 карта.DN6
Загрузите и отобразите карту Фурье DSN6 с (первой) кристаллической структурой

- ногуи
Запускать без GUI, автоматически запускает оптимизацию --nogui может сопровождаться
следующие варианты:

-n 10000
Выполнить не более 10000 испытаний (по умолчанию: 1000000)

--nbrun 5
Сделайте 5 запусков, рандомизируя перед каждым запуском (по умолчанию: 1), используйте -1, чтобы запускать бесконечно

-o out.xml
Вывод в 'out.xml'

- рандомизировать
Произвести случайную первоначальную конфигурацию

--тихий
Не выводить (почти) текст

- конечная стоимость 0.15
Запускайте оптимизацию до тех пор, пока стоимость не станет <0.15

--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
Имитация шаблона для входного кристалла, длина волны = 1.5406 до 170 ° с 500 точками
и ширина пика 0.1 °

ПРИМЕРЫ

лисица Silicon.xml
Загрузите файл «кремний.xml» и запустите графический интерфейс.

лисица Циметидин-порошок.xml - ногуи - рандомизировать -n 1000000 -o лучший.xml
Загрузите файл ktartrate.xml, выполните рандомизацию, затем выполните 1 оптимизацию из 1 миллиона попыток,
и сохраните лучшую структуру в файле best.xml.

лисица Циметидин-порошок.xml - ногуи - рандомизировать -n 10000000 --nbrun 10 -o лучший.xml
Загрузите файл Cimetidine-Powder.xml, затем выполните 10 запусков (начиная со случайного
структура) 10 миллионов испытаний (каждый запуск сохраняет один XML-файл) и сохраняет лучшие
структура в "best.xml".

лисица Циметидин-порошок.xml - ногуи --тихий - рандомизировать -n 10000000 --nbrun 10 - конечная стоимость
200000 -o лучший.xml
Загрузите файл Cimetidine-Powder.xml, затем выполните 10 тихих прогонов по 10 миллионов попыток.
(при каждом запуске сохраняется один файл xml) и сохраните лучшую структуру в файле best.xml. Для каждого
запуск, оптимизация останавливается, если стоимость упадет ниже 200000.

Используйте fox онлайн с помощью сервисов onworks.net