АнглийскийФранцузскийИспанский

Ad


Значок OnWorks

frendp — онлайн в облаке

Запустите frendp в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда frendp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


frend.pl - Визуализация файла функций Bio :: Graphics в Интернете

СИНТАКСИС


http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

ОПИСАНИЕ


Скрипт frend.pl представляет собой тонкий интерфейс модуля Bio :: Graphics. Он принимает
список файлов, содержащих координаты признаков последовательности (белка, нуклеотида) из
файл (ы), перечисленные в командной строке или на стандартном вводе, отображает их и создает PNG
файл на стандартный вывод.

МОНТАЖ


Скопируйте этот сценарий в каталог cgi-bin вашего веб-сайта. Назовите это как хотите.

Особенность Файлы Формат


Этот скрипт принимает и обрабатывает аннотации последовательностей в простом формате с разделителями табуляции или
в формате GFF.

Формат файла функций имеет раздел конфигурации и раздел данных. Конфигурация
раздел устанавливает размер и общие свойства изображения, а раздел данных дает
сами данные функции.

Конфигурация Раздел
Если не указан, эти сценарии генерируют разумный раздел конфигурации по умолчанию для
вам, поэтому вам не нужно предоставлять раздел конфигурации, чтобы получить разумное изображение.
Однако, чтобы настроить внешний вид изображения, вы, вероятно, захотите настроить
конфигурация. Вот выдержка из раздела конфигурации:

# пример файла
[Генеральная]
баз = -1000..21000
высота = 12

[СТАНДАРТНОЕ ВОСТОЧНОЕ ВРЕМЯ]
глиф = сегменты
bgcolor = желтый
разъем = твердый
высота = 5

[ФГЕНЫ]
глиф = транскрипт2
bgcolor = зеленый
описание = 1

Раздел конфигурации разделен на набор разделов, каждый из которых помечен значком
[заголовок раздела]. Раздел [general] определяет глобальные параметры для всего изображения.
Другие разделы относятся к определенным типам функций. В приведенном выше примере конфигурация
в разделе [EST] применяется к функциям, помеченным как EST, а конфигурация в
Раздел [FGENES] относится к функциям, помеченным как предсказания гена FGENES.
программа прогнозирования.

Внутри каждого раздела находится серия пар имя = значение, где имя - это имя
возможность установить. Вы можете поместить пробел вокруг знака =, чтобы сделать его более читаемым, или даже
используйте двоеточие (:), если хотите. Распознаются следующие названия опций:

Пример значения параметра
------ ----- -------

баз Мин. и макс. диапазона последовательности (бит) 1200..60000
ширина ширина изображения (пикселей) 600
height Высота каждого графического элемента (в пикселях) 10
глиф Стиль каждого графического элемента (см. ниже) расшифровка стенограммы
fgcolor Цвет переднего плана каждого элемента желтый
bgcolor Цвет фона каждого элемента синий
linewidth Ширина линий 3
label Распечатать название функции 1
description Следует ли печатать описание функции 0
bump Элементы не могут сталкиваться 1
ticks Печатать отметки на стрелках 1
коннектор Тип группового коннектора (штриховая, шляпная или сплошная) пунктирная

Параметры «базы» и «ширина» актуальны только в разделе [общие]. Они есть
переопределено одноименными параметрами командной строки.

Остальные параметры могут быть расположены в любом разделе, но если они присутствуют в
В разделе [general] будут установлены значения по умолчанию для остальных.

Цвета - это названия цветов на английском языке или цвета в веб-стиле #RRGGBB (см. Книгу по HTML
для объяснения). Значения истина / ложь: 1 для истины и 0 для ложи. Числовые диапазоны могут
может быть выражено в виде начала… конца с двумя точками или в виде начала с дефисом.

Параметр «глиф» управляет тем, как визуализируются объекты. Следующие глифы
реализовано:

Имя Описание
---- -----------

box Заполненный прямоугольник, ненаправленный.
эллипс Овал.
стрелка Стрелка; может быть однонаправленным или
двунаправленный. Он также может отображать
шкала с крупными и второстепенными делениями, и может
быть ориентированным горизонтально или вертикально.
сегменты Набор закрашенных прямоугольников, соединенных сплошной
линий. Используется для прерванных функций, таких как
выравнивания с разрывом и группы экзонов.
расшифровка стенограммы Подобна сегментам, но соединительная линия
форма "шляпы" и направление
транскрипция обозначена маленькой стрелкой.
transcript2 Аналогично расшифровке, но направление
транскрипция обозначается концевым сегментом
в форме стрелки.
праймеры Две направленные внутрь стрелки, соединенные линией. Используется для СТС.

Параметр рельефа является наиболее важным параметром для управления внешним видом изображения. Если установлено
значение false (число 0), тогда функции могут перекрываться. Если установлено значение true (
номер 1), то объекты будут перемещаться вертикально, чтобы избежать столкновения. Если не указано,
bump включается, если количество элементов последовательности любого заданного типа больше 50.

Данные Раздел
Раздел данных может следовать за разделом конфигурации или продолжить его. Две секции могут
также смешиваться. Раздел данных представляет собой файл с разделителями табуляции или пробелами, который вы можете
экспорт из приложения для работы с электронными таблицами или файла текстового редактора (обязательно сохраните как текст
Только!)

Вот пример раздела данных:

Космида B0511. 516-619 Космида B0511. 3185-3294 Космид
B0511. 10946-11208 Космида B0511. 13126-13511 Космид
B0511. 66-208 Космида B0511. 6354-6499 Космид B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 ЭСТ yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Шведская рыба ФГЕНЕШ "Ген"
1 "- 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Трансмембранный домен
ФГЕНЕШ "Ген 2" - 16626-17396,17451-17597 Киназные и суши-домены

Каждая строка файла содержит пять столбцов. Столбцы:

Столбец № Описание
-------- -----------

1 тип функции
2 название функции
Нить 3
4 координаты
5 описание

Тип функции
Тип объекта должен соответствовать одному из заголовков [тип объекта] в
раздел конфигурации. В противном случае к
особенность при рендеринге. Имя функции - это имя функции. Использовать "." или
«-», если это не актуально. Если имя содержит пробелы, укажите одинарный или двойной
кавычки ("") вокруг имени.

Прядь
Нить указывает, на какой нити находится функция. Это один из плюсов нападающего.
strand, "-" для обратной пряди или "." для функций, которые не застряли.

Координаты
Столбец координат представляет собой набор из одного или нескольких диапазонов, которые занимает объект.
Диапазоны записываются с помощью «..», как в start..stop, или с дефисами, как в start-stop.
Для функций, состоящих из нескольких диапазонов & em; например стенограммы, которые
иметь несколько экзонов & em; вы можете поместить диапазоны в одну строку, разделив их
запятые или пробелы, или поместите диапазоны в отдельные строки и просто используйте ту же функцию
назовите и введите, чтобы сгруппировать их. В приведенном выше примере функции Cosmid B0511 используют
индивидуальный стиль линии, в то время как функции FGENESH используют все диапазоны-на-одной линии
стилю.

Описание
Последний столбец содержит описательный текст. Если опция описания установлена ​​на
true, этот текст будет напечатан под элементом при рендеринге.

Наконец, можно сгруппировать связанные объекты вместе. Примером являются EST
yk53c10.5 и yk53c10.3, которые связаны чтением с двух концов клона
yk53c10. Чтобы указать эту взаимосвязь, создайте раздел, который выглядит следующим образом:

ЭСТ yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Группа обозначается строкой, содержащей всего два столбца, в которых содержится функция.
тип и уникальное имя для группы. Следуйте этой строке со всеми функциями, которые образуют
группы, но оставьте первый столбец (тип объекта) пустым. Группа будет отображаться
проведя пунктирную линию между всеми членами группы. Вы можете изменить это
указание другого варианта соединителя в разделе конфигурации для этой функции
тип.

Используйте frendp в Интернете с помощью сервисов onworks.net


Бесплатные серверы и рабочие станции

Скачать приложения для Windows и Linux

Команды Linux

Ad