Это команда fuzztrane, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fuzztran - поиск закономерностей в белковых последовательностях (переведено)
СИНТАКСИС
фаззтран -последовательность Seqall -шаблон описания [-Рамка список] [-Таблица список] -выходной файл отчету
фаззтран -Помощь
ОПИСАНИЕ
фаззтран это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд "Nucleic: Motifs, Protein: Motifs".
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательность Seqall
-шаблон описания
Используются стандартные однобуквенные коды ИЮПАК для аминокислот. Символ 'x' - это
используется для положения, в котором допустима любая аминокислота. Неоднозначности обозначены
перечисление допустимых аминокислот для данной позиции в квадратных скобках '[
] '. Например: [ALT] означает Ala, Leu или Thr. На двусмысленность также указывает
перечисление между парой фигурных скобок '{}' аминокислот, которые не принимаются
в позиции gven. Например: {AM} обозначает любую аминокислоту, кроме Ala и Met.
Каждый элемент в шаблоне отделяется от своего соседа знаком «-». (Необязательно в
fuzztran) Повторение элемента шаблона может быть обозначено следующим образом
элемент с числовым значением или числовым диапазоном в скобках. Примеры:
x(3) соответствует xxx, x (2,4) соответствует xx или xxx или xxxx. Когда
шаблон ограничен либо N-, либо C-концом последовательности, этот шаблон
либо начинается с символа «<», либо, соответственно, заканчивается символом «>». Период заканчивается
шаблон. (Необязательно в fuzztran). Например, [DE] (2) HS {P}X(2) PX (2,4) C
дополнительный .
-Рамка список
Значение по умолчанию: 1
-Таблица список
Результат .
-выходной файл отчету
Используйте fuzztrane онлайн с помощью сервисов onworks.net
