gmap - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmap - Программа геномного картирования и выравнивания

СИНТАКСИС

gmap [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ...] <ФАСТА файлов...>, or Кот | gmap [ОПЦИИ ...]

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

вход кредита (должен включают -d or -g)
-D, --дир=каталог
Каталог генома. По умолчанию (как указано в --with-gmapdb в программу настройки)
is / var / cache / gmap

-d, --дб=STRING
База данных генома. Если аргумент - "?" (в кавычках) эта команда выводит
доступные базы данных.

-k, --кмер=INT
размер kmer для использования в базе данных генома (допустимые значения: 16 или меньше). Если не
указано, программа найдет наибольший доступный размер kmer в геноме
база данных

- выборка=INT
Выборка для использования в базе данных генома. Если не указано, программа найдет
наименьшее доступное значение выборки в базе данных генома в пределах выбранного размера k-mer

-G, --полный геном
Использовать полный геном (разрешены все символы ASCII; создается явно во время настройки), а не
сжатая версия

-g, --gseg=имя файла
Геномный сегмент, предоставляемый пользователем

-1, --selfalign
Совместите одну последовательность с собой в формате FASTA через стандартный ввод (полезно для получения
белковая трансляция нуклеотидной последовательности)

-2, --pairalign
Выровняйте две последовательности в формате FASTA через стандартный ввод, первая из которых является геномной, а вторая
одна кДНК

--cmdline=STRING,НИТЬ
Совместите эти две последовательности, указанные в командной строке, первая из которых является геномной, а
второй - кДНК

-q, --часть=INT/ INT
Обрабатывать только i-ю из каждых n последовательностей, например, 0/100 или 99/100 (полезно для
распределение заданий на компьютерную ферму).

- размер входного буфера=INT
Размер входного буфера (программа читает столько последовательностей за раз для повышения эффективности)
(по умолчанию 1000)

Варианты расчета

-B, --партия=INT
Пакетный режим (по умолчанию = 2)

Режим смещения позиций генома
0 см. Примечание mmap mmap
1 см. Примечание mmap и предзагрузка mmap
(по умолчанию) 2 см. примечание mmap и предварительная загрузка mmap и предварительная загрузка
3 см. Примечание о распределении mmap и предварительной загрузки
4 см. Примечание выделить выделить
5 развернуть выделить выделить

Примечание. Для одной последовательности все структуры данных используют mmap.
Если mmap недоступен и выделение не выбрано, будет использоваться fileio (очень медленно)

Примечание о --партия и смещения: расширение смещений можно контролировать
независимо от --expand-смещения флаг. В --партия=5 вариант эквивалентен
--партия=4 плюс --expand-смещения=1

--expand-смещения=INT
Следует ли расширять индекс геномных смещений. Значения: 0 (нет, по умолчанию) или 1 (да).
Расширение обеспечивает более быстрое выравнивание, но требует больше памяти

- несращивание
Отключает сплайсинг (полезно для выравнивания геномных последовательностей на геноме)

--мин-длина интрона=INT
Минимальная длина одного внутреннего интрона (по умолчанию 9). Ниже этого размера геномный разрыв
будет считаться делецией, а не интроном.

-K, - длина интрона=INT
Максимальная длина одного внутреннего интрона (по умолчанию 200000)

-w, - местный медик=INT
Максимальная длина для известных сайтов монтажа на концах последовательности (по умолчанию 2000000)

-L, --Общая длина=INT
Максимальная общая длина интрона (по умолчанию 2400000)

-x, --химера-маржа=INT
Количество невыровненной последовательности, запускающее поиск оставшейся последовательности
(по умолчанию 30). Обеспечивает выравнивание химерных чтений и может помочь с некоторыми
нехимерные чтения. Чтобы выключить, установите на ноль.

- не химеры
Отключает поиск химер. Тот же эффект, что и --химера-маржа=0

-t, --nhreads=INT
Количество рабочих потоков

-c, --chrsubset=string
Ограничить поиск заданной хромосомой

-z, --направление=STRING
направление кДНК (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter или
авто (по умолчанию))

-H, --тримендексоны=INT
Обрезать концевые экзоны с меньшим, чем заданное количество совпадений (в nt, по умолчанию 9)

--канонический режим=INT
Награда за канонические и полуканонические интроны 0 = низкое вознаграждение, 1 = высокое вознаграждение
(по умолчанию), 2 = низкое вознаграждение за последовательности с высокой идентичностью и высокое вознаграждение в противном случае

- кросс-виды
Используйте более точный поиск для канонического сращивания, что особенно помогает
межвидовые сопоставления и другие сложные случаи

--allow-close-indels=INT
Разрешить вставку и удаление близко друг к другу (0 = нет, 1 = да (по умолчанию), 2 = только
для качественных совмещений)

--microexon-spliceprob=FLOAT
Разрешить микроэксоны, только если одна из вероятностей сайта сплайсинга больше, чем это
значение (по умолчанию 0.95)

--cmetdir=STRING
Каталог для файлов индекса метилцитозина (созданный с помощью cmetindex) (по умолчанию
расположение файлов индекса генома, указанное с помощью -D, -Vкачества -d)

--atoidir=STRING
Каталог для файлов индекса редактирования РНК A-to-I (создается с помощью atoiindex) (по умолчанию
расположение файлов индекса генома, указанное с помощью -D, -Vкачества -d)

--Режим=STRING
Режим выравнивания: стандартный (по умолчанию), cmet-stranded, cmet-non-stranded, atoi-stranded,
atoi-non-straded, ttoc-straded или ttoc-non-straded. Нестандартные режимы требуют
вы должны ранее запускать программы cmetindex или atoiindex (которые также охватывают
режимы ttoc) в геноме

-p, --prunelevel
Уровень обрезки: 0 = без обрезки (по умолчанию), 1 = плохие последовательности, 2 = повторяющиеся последовательности, 3 = плохие и
повторяющийся

Типы вывода

-S, --резюме
Показать только сводку трасс

-A, --выровнять
Показать выравнивания

-3, - непрерывный
Показать выравнивание тремя непрерывными линиями

-4, - непрерывно по экзону
Показать выравнивание в трех строках на экзон

-Z, --компресс
Вывод на печать в сжатом формате

-E, --эксоны=STRING
Печатные экзоны («cdna» или «геномный»)

-P, --protein_dna
Печать белковой последовательности (кДНК)

-Q, --protein_gen
Печать белковой последовательности (геномная)

-f, --формат=INT
Другой формат вывода (также обратите внимание на -A и -S параметры и другие перечисленные параметры
в разделе Типы вывода):
psl (или 1) = формат PSL (BLAT),
gff3_gene (или 2) = формат гена GFF3,
gff3_match_cdna (или 3) = формат GFF3 cDNA_match,
gff3_match_est (или 4) = формат GFF3 EST_match,
splicesites (или 6) = выход splicesites (для файла сращивания GSNAP),
интроны = выход интронов (для файла склейки GSNAP),
map_exons (или 7) = формат карты экзонов IIT FASTA,
map_ranges (или 8) = формат карты диапазона IIT FASTA,
coords (или 9) = координаты в формате таблицы,
sampe = формат SAM (установка бита paired_read во флаге),
samse = формат SAM (без установки бита paired_read)

Варианты вывода

-n, --nпути=INT
Максимальное количество отображаемых путей (по умолчанию 5). Если установлено значение 1, GMAP не будет сообщать
химерные выравнивания, поскольку они подразумевают два пути. Если вы хотите единого выравнивания
плюс химерные выравнивания, затем установите значение 0.

--suboptimal-оценка=INT
Сообщать только о тех путях, оценка которых находится в пределах этого значения наилучшего пути. По умолчанию,
если эта опция не предусмотрена,
программа распечатает все найденные пути.

-O, --заказал
Вывод на печать в том же порядке, что и ввод (актуально, только если рабочих больше одного.
нить)

-5, --md5
Вывести контрольную сумму MD5 для каждой последовательности запросов

-o, --химера-перекрытие
Перекрытие, чтобы показать, если есть, в точке останова химеры

--failsonly
Печатать только неудачные выравнивания, безрезультатные

--nofails
Исключить печать неудачных центровок

-V, --snpsdir=STRING
Каталог для файлов индекса SNP (созданный с помощью snpindex) (по умолчанию расположение
файлы индекса генома, указанные с помощью -D и -d)

-v, --use-снпс=STRING
Использовать базу данных, содержащую известные SNP (в .iit, созданный ранее с использованием
snpindex) для толерантности к SNP

--split-выход=STRING
Базовое имя для вывода нескольких файлов, отдельно для отображения,
uniq, mult, (и химера, если --химера-маржа выбрано)

--failed-input=STRING
Распечатать полностью неудачные выравнивания как входной формат FASTA или FASTQ для данного
файл. Если --split-выход также указывается флаг, этот файл создается дополнительно
к выходу в файле .nomapping.

--append-выход
После появления --split-выход or --faileinput задан, этот флаг добавит вывод в
существующие файлы. В противном случае по умолчанию создаются новые файлы.

--output-buffer-size=INT
Размер буфера в запросах для выходного потока (по умолчанию 1000). Когда количество
результаты для печати превышают этот размер, рабочие потоки останавливаются до тех пор, пока
отставание очищено

-F, --полная длина
Предположим, что белок полной длины, начиная с Met

-a, --cdsstart=INT
Перевести кодоны из данного нуклеотида (на основе 1)

-T, --truncate
Выравнивание с усечением вокруг полноразмерного белка, Met to Stop подразумевает -F флаг.

-Y, - терпимый
Переводит кДНК с поправками на сдвиг рамки.

Варианты вывода GFF3

--gff3-добавить-разделители=INT
Добавлять ли разделитель ### после каждой последовательности запроса. Значения: 0 (нет), 1 (да,
дефолт)

Варианты вывода SAM

--no-sam-заголовки
Не печатайте заголовки, начинающиеся с '@'

--sam-use-0M
Вставьте 0M в CIGAR между соседними вставками и удалениями Требуется Picard,
но может вызвать ошибки в других инструментах

--force-xs-дир
Для выравнивания RNA-Seq запрещает XS: A :? когда направление чувств неясно, и
произвольно заменяет это значение на XS: A: +. Может быть полезно для некоторых программ, например
как запонки, которые не подходят для XS: A:?. Однако, если вы используете этот флаг,
сообщаемое значение XS: A: + в этих случаях не имеет смысла.

--md-нижний регистр-snp
В строке MD, когда известные SNP задаются -v флаг,
выводит разностные нуклеотиды в нижнем регистре, когда они,
отличается от эталона, но соответствует известному альтернативному аллелю

- действие-если-сигара-ошибка
Действия, которые необходимо предпринять, если есть несоответствие между длиной СИГАР и длиной последовательности
Допустимые значения: игнорировать, предупреждение (по умолчанию), прервать

--read-идентификатор-группы=STRING
Значение для ввода в поле идентификатора группы чтения (RG-ID)

--read-имя-группы=STRING
Значение для ввода в поле имени группы чтения (RG-SM)

--read-group-библиотека=STRING
Значение для ввода в поле библиотеки группы чтения (RG-LB)

--read-group-платформа=STRING
Значение для ввода в поле библиотеки группы чтения (RG-PL)

Варианты оценки качества

- качество-протокол=STRING
Протокол оценки качества ввода. Допустимые значения: illumina (ASCII 64-126)
(эквивалентно -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (эквивалент -J 33 -j 0)

По умолчанию - sanger (нет сдвига качества печати)
Выходные файлы SAM должны иметь показатели качества в протоколе Sanger.

Или вы можете указать сдвиг печати с помощью этого флага:

-j, - качество-печать-сдвиг=INT
Измените оценки качества FASTQ на эту величину в выводе (по умолчанию 0 для sanger
протокол; чтобы изменить вход Illumina на выход Sanger, выберите -31)

Параметры файла внешней карты

-M, --mapdir=каталог
Каталог карт

-m, --карта=iitfile
Файл карты. Если аргумент - "?" (в кавычках),
это список доступных файлов карты.

-e, --мапексоны
Сопоставьте каждый экзон отдельно

-b, --mapboth
Сообщайте о совпадениях из обеих цепей генома

-u, - фланговый=INT
Показать попадания с фланга (по умолчанию 0)

--print-комментарий
Показывать строку комментария для каждого обращения

Параметры вывода выравнивания

-N, - длина
Нет длины интрона в выравнивании

-I, --invertmode=INT
Режим выравнивания геномной (-) цепи: 0 = не инвертировать кДНК (по умолчанию)
1 = инвертировать кДНК и вывести геномную (-) цепь 2 = инвертировать кДНК и вывести геномную (+)
прядь

-i, --introngap=INT
Нуклеотиды для отображения на каждом конце интрона (по умолчанию 3)

-l, --wraplength=INT
Длина витка для выравнивания (по умолчанию 50)

Параметры вывода с фильтрацией

--мин-обрезанное-покрытие=FLOAT
Не печатать трассы с обрезанным покрытием меньше этого значения (по умолчанию = 0.0, что
означает отсутствие фильтрации) Обратите внимание, что химерные выравнивания будут выводиться независимо от этого
фильтр

--min-идентификация=FLOAT
Не печатать выравнивания с идентификатором меньше этого значения (по умолчанию = 0.0, что означает, что нет).
фильтрация) Обратите внимание, что химерные выравнивания будут выводиться независимо от этого фильтра
Параметры помощи

--проверить
Проверить предположения компилятора

--версия
Показать версию

--Помогите Показать это справочное сообщение

Другие инструменты пакета GMAP находятся в / usr / lib / gmap.

Используйте gmap онлайн с помощью сервисов onworks.net