Это команда gmod_gff3_preprocessor.plp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks с помощью одной из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
$ 0 - подготавливает файл GFF3 для массовой загрузки в базу данных chado.
СИНТАКСИС
% gmod_gff_preprocessor [параметры] --gfffile
КОМАНДНАЯ СТРОКА ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
--gfffile Файл, содержащий GFF3 (необязательно, может читать
из стандартного ввода)
--outfile Имя ядра, которое будет использоваться для именования файлов результатов
--splitfile Разделить файлы на более управляемые части, обеспечивая
аргумент для управления разбиением
--onlysplit Разделить файлы, а затем выйти (т. е. не сортировать)
--nosplit Не разделять файлы (т. е. только сортировать)
--hasrefseq Установите это, если файл содержит строку ссылочной последовательности
(Требуется только в том случае, если файлы не разбиваются)
--dbprofile Укажите имя профиля gmod.conf (в противном случае используйте значение по умолчанию)
--inheritance_tiers Сколько уровней наследования вы ожидаете в этом файле
иметь (по умолчанию: 3)
ОПИСАНИЕ
splitfile - установка этого флага на 1 приведет к разделению файла по ссылке.
последовательность. Если вы укажете необязательный аргумент, он будет разделен в соответствии с
эти правила:
source = 1 Разделяет файлы в соответствии со значением в исходном столбце
source = a, b, c Помещает строки с совпадающими источниками (через регулярное выражение)
'a', 'b' или 'c' в отдельном файле
type = a, b, c Помещает строки с типами, соответствующими 'a', 'b' или 'c' в a
отдельный файл
Например, если вы хотите, чтобы все результаты вашего анализа помещались в отдельный файл, вы
может указывать '--splitfile type = match' и все cDNA_match, EST_match и
Функции cross_genome_match будут помещены в отдельные файлы (отдельные по ссылочной последовательности).
inheritence_tiers - количество уровней наследования этого файла. Например, если
в файле есть гены "центральной догмы" (ген / мРНК / экзон, полипептид), то в нем 3. Вверх
до 4 поддерживается, но чем выше число, тем медленнее он работает. Если вы этого не сделаете
знаете, 3 - разумное предположение.
ФАСТА последовательность
Если файл GFF3 содержит последовательность FASTA в конце, последовательность будет помещена в
отдельный файл с расширением .fasta. Этот файл fasta можно загрузить отдельно после
разделенные и / или отсортированные файлы GFF3 загружаются с помощью команды:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Используйте gmod_gff3_preprocessor.plp в Интернете с помощью сервисов onworks.net
