Это команда gmx-confrms, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-confrms - Подбирает две структуры и вычисляет RMSD
СИНТАКСИС
GMX подтверждает [-f1 [<.tpr / .gro / ...>]] [-f2 [<.gro / .g96 / ...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]]
[-нет [<.ndx>]] [-[Теперь] [-[никто] [- [нет] мв] [- [нет] pbc]
[- [нет] подходит] [-[без имени] [-[без метки] [- [нет] bfac]
ОПИСАНИЕ
GMX подтверждает вычисляет среднеквадратичное отклонение (RMSD) двух структур после
метод наименьших квадратов соответствует второй структуре первой. Эти две структуры НЕ
должно иметь одинаковое количество атомов, только две индексные группы, используемые для подгонки, должны
быть идентичным. С участием -имя будут использоваться только совпадающие имена атомов из выбранных групп
для подгонки и расчета среднеквадратичного отклонения. Это может быть полезно при сравнении мутантов белка.
Наложенные структуры записываются в файл. В .pdb файл две структуры будут
написаны как отдельные модели (используйте расмол -нмрпдб). Также в .pdb файл, рассчитаны B-факторы
из атомарных значений MSD можно записать с помощью -bfac.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f1 [<.tpr / .gro / ...>] (conf1.gro)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-f2 [<.gro / .g96 / ...>] (conf2.gro)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Опционально)
Индексный файл
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.gro / .g96 / ...>] (фит.pdb)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно
-нет [<.ndx>] (матч.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Другие варианты:
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-[никто (Нет)
Записывать в файл только подобранную структуру
- [нет] мв (да)
Весовой фитинг и среднеквадратичное отклонение
- [нет] pbc (Нет)
Попробуйте снова сделать молекулы целыми
- [нет] подходит (да)
Выполните наложение методом наименьших квадратов целевой структуры на эталонную.
-[без имени (Нет)
Сравнивайте только совпадающие имена атомов
-[без метки (Нет)
Добавлены цепочки меток A для первой и B для второй структуры.
- [нет] bfac (Нет)
Выходные B-факторы из атомарных значений МСД
Используйте gmx-confrms онлайн с помощью сервисов onworks.net
