Это команда gmx-convert-tpr, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-convert-tpr - Создает измененный файл запуска и ввода
СИНТАКСИС
gmx конвертировать-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-продлевать ]
[-до ] [-шаги ] [-время ]
[- [нет] zeroq] [-[Роман] [- [нет] продолжение]
[-init_fep_state ]
ОПИСАНИЕ
GMX конвертировать-tpr может редактировать входные файлы запуска четырьмя способами.
1. путем изменения количества шагов во входном файле запуска с параметрами -продлевать, -до or
-шаги (nsteps = -1 означает неограниченное количество шагов)
2. (УСТАРЕЛО), создав входной файл запуска для продолжения, когда в моделировании
произошел сбой, например, из-за переполнения диска или из-за создания входного файла продолжения. Этот вариант
устарело, так как mdrun теперь записывает и читает файлы контрольных точек. Внимание что кадр с
координаты и скорости не требуется. Когда давление и / или температура Носа-Гувера
используется связь, может быть поставлен энергетический файл, чтобы получить точное продолжение
оригинальный пробег.
3. путем создания файла .tpx для подмножества исходного файла tpx, что полезно, когда
вы хотите удалить растворитель из вашего файла .tpx, или если вы хотите сделать, например, чистый
Файл Calpha .tpx. Обратите внимание, что вам может потребоваться использовать -шаги -1 (или аналогичный), чтобы получить это
Работа. ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ: этой .tpx файл is не полностью функциональная.
4. путем обнуления сборов указанной группы. Это полезно, когда вы делаете бесплатные
оценки энергии с использованием метода LIE (энергии линейного взаимодействия).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
-f [<.trr / .cpt / ...>] (традж.трр) (Опционально)
Полная точность траектории: TRR CPT тнг
-e [<.edr>] (энерг.эдр) (Опционально)
Энергетический файл
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.tpr>] (тпроут.тпр)
Входной файл Portable xdr run
Другие варианты:
-продлевать (0)
Продлить время работы на эту величину (пс)
-до (0)
Продлить время выполнения до этого конечного времени (пс)
-шаги (0)
Измените количество шагов
-время (-1)
Продолжить с кадра в это время (пс) вместо последнего кадра
- [нет] zeroq (Нет)
Установить нулевые сборы группы (из индекса)
-[Роман (да)
Требовать скорости от траектории
- [нет] продолжение (да)
Для точного продолжения ограничения не должны применяться до первого шага.
-init_fep_state (0)
состояние fep для инициализации из
Используйте gmx-convert-tpr онлайн с помощью сервисов onworks.net
