Это команда gmx-densmap, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-densmap - Расчет двухмерных плоских или аксиально-радиальных карт плотности
СИНТАКСИС
gmx денсмап [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-од [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-[Теперь] [-бин ] [-берег ]
[-xмин ] [-хмакс ] [-n1 ] [-n2 ]
[-амакс ] [-rмакс ] [- [нет] зеркало] [- [нет] сумм]
[-единица измерения ] [-дмин ] [-дмакс ]
ОПИСАНИЕ
GMX денсмап вычисляет двумерные карты плотности числа. Может делать плоскую и аксиально-радиальную плотность.
карты. Выход .xpm файл может быть визуализирован, например, xv и может быть преобразован в
постскриптум с xpm2ps. При желании вывод может быть в текстовой форме на .dat файл с -од,
вместо обычного .xpm файл с -o.
Анализ по умолчанию представляет собой двумерную карту числовой плотности для выбранной группы атомов в xy.
самолет. Направление усреднения можно изменить с помощью опции -берег. Когда -xмин и / или
-хмакс устанавливаются только атомы, которые находятся в пределах (ах) в направлении усреднения.
в учетную запись. Шаг сетки устанавливается опцией -бин. Когда -n1 or -n2 ненулевой,
размер сетки устанавливается этой опцией. Колебания размеров коробки должным образом учтены.
счет.
Когда варианты -амакс и -rмакс заданы, составлена аксиально-радиальная карта числовой плотности. Три
группы должны быть поставлены, центры масс первых двух групп определяют оси,
третий определяет группу анализа. Осевое направление изменяется от -amax до + amax, где
центр определяется как середина между центрами масс и положительным
направление идет от первого центра масс ко второму. Радиальное направление идет
от 0 до rmax или от -rmax до + rmax, когда -зеркало опция была установлена.
Нормализация вывода устанавливается с помощью -единица измерения вариант. По умолчанию получается истинное
числовая плотность. Ед. изм нм-2 не учитывает нормировку для усреднения или углового
направление. Вариант считать производит подсчет для каждой ячейки сетки. Когда ты не хочешь
масштабировать вывод от нуля до максимальной плотности, вы можете установить максимум с помощью
опция -дмакс.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр) (Опционально)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-од [<.dat>] (densmap.dat) (Опционально)
Файл общих данных
-o [<.xpm>] (денсмап.xpm)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-бин (0.02)
Размер сетки (нм)
-берег (Г)
Направление для усреднения: z, y, x
-xмин (-1)
Минимальная координата для усреднения
-хмакс (-1)
Максимальная координата для усреднения
-n1 (0)
Количество ячеек сетки в первом направлении
-n2 (0)
Количество ячеек сетки во втором направлении
-амакс (0)
Максимальное осевое расстояние от центра
-rмакс (0)
Максимальное радиальное расстояние
- [нет] зеркало (Нет)
Добавьте зеркальное изображение ниже осевой оси
- [нет] сумм (Нет)
Суммы плотности печати (одномерная карта) в стандартный вывод
-единица измерения (нм-3)
Единица вывода: нм-3, нм-2, отсчет
-дмин (0)
Минимальная плотность на выходе
-дмакс (0)
Максимальная плотность на выходе (0 означает вычислить)
Воспользуйтесь gmx-densmap онлайн с помощью сервисов onworks.net
