gmx-hbond — онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-hbond — Расчет и анализ водородных связей

СИНТАКСИС

gmx hbond [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-число [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-ac [<.xvg>]]
[-расстояние [<.xvg>]] [-анг [<.xvg>]] [-хх [<.xvg>]]
[-hbn [<.ndx>]] [-хмм [<.xpm>]] [-дон [<.xvg>]]
[-дан [<.xvg>]] [-Жизнь [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-дт ] [-ту ]
[-xvg ] [-a ] [-r ] [-[нет]да]
[-R2 ] [-корзина ] [-рбин ] [-[нет]нитакк]
[-[нет связи] [-оболочка ] [-фитстарт ]
[-фитенд ] [-темп ] [-дамп ]
[-max_hb ] [-[нет]слияние] [-acflen ]
[- [нет] нормализовать] [-P ] [-fitfn ]
[-beginfit ] [-эндфит ]

ОПИСАНИЕ

GMX облигация вычисляет и анализирует водородные связи. Водородные связи определяются на основе
отсечки для угла Водород – Донор – Акцептор (ноль удлинён) и расстояния
Донор-акцептор (или водород-акцептор с использованием -нода). Группы OH и NH рассматриваются как
доноры, O всегда является акцептором, N является акцептором по умолчанию, но это можно переключить
через -nitacc. Предполагается, что фиктивные атомы водорода связаны с первым предыдущим
неводородный атом.

Вам необходимо указать две группы для анализа, которые должны быть либо идентичными, либо
непересекающиеся. Анализируются все водородные связи между двумя группами.

Если вы установите -оболочка, вам будет предложено ввести дополнительную индексную группу, которая должна содержать
ровно один атом. В этом случае между атомами внутри оболочки образуются только водородные связи.
расстояния от одного атома.

С опцией -ac константы скорости водородной связи можно получить с помощью модели
Лузар и Чандлер (Nature 394, 1996; J. Chem. Phys. 113:23, 2000) или Марковица.
и Агмон (J. Chem. Phys. 129, 2008). Если кинетику контакта анализировать с помощью
-contact, тогда n(t) можно определить как все пары, не находящиеся в контакте
расстояние r во время t (что соответствует оставлению опции -r2 со значением по умолчанию 0) или
все пары, находящиеся на расстоянии r2 (что соответствует установке второго порогового значения)
с опцией -r2). Более подробную информацию и определения см. в упомянутой литературе.

Вывод:

· -число: количество водородных связей как функция времени.

· -ac: среднее значение по всем автокорреляциям функций существования (либо 0, либо 1)
всех водородных связей.

· -расстояние: распределение всех водородных связей по расстоянию.

· -анг: угловое распределение всех водородных связей.

· -хх: количество водородных связей n-n+i как функция времени, где n и n+i стоят
для чисел остатков, а i находится в диапазоне от 0 до 6. Сюда входят n-n+3, n-n+4 и
Водородные связи n-n+5 связаны со спиралями в белках.

· -hbn: все выбранные группы, доноры, водороды и акцепторы для выбранных групп, все
атомы с водородными связями всех групп и все атомы растворителя, участвующие во внедрении.

· -хмм: матрица существования для всех водородных связей во всех системах отсчета, она также содержит
сведения о внедрении растворителя в водородные связи. Заказ идентичен этому
in -hbn индексный файл.

· -дан: укажите количество проанализированных доноров и акцепторов для каждого периода времени. Этот
особенно полезен при использовании -оболочка.

· -nhbdist: вычислить количество HBonds на водород, чтобы сравнить результаты с
Рамановская спектроскопия.

Примечание: варианты -ac, -Жизнь, -hbn и -хмм требуется объем памяти, пропорциональный
общее количество доноров, умноженное на общее количество акцепторов в выбранной группе(ах).

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

Параметры для указания выходных файлов:

-число [<.xvg>] (hbnum.xvg)
xvgr / xmgr файл

-g [<.log>] (hbond.log) (Опционально)
Журнальный файл

-ac [<.xvg>] (hbac.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-расстояние [<.xvg>] (hbdist.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-анг [<.xvg>] (hbang.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-хх [<.xvg>] (hbhelix.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-хмм [<.xpm>] (hbmap.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-дон [<.xvg>] (донор.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-дан [<.xvg>] (данум.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-Жизнь [<.xvg>] (hblife.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)

-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-a (30)
Угол отсечки (градусы, Водород – Донор – Акцептор)

-r (0.35)
Радиус отсечки (нм, X – Акцептор, см. следующую опцию)

-[нет]да (да)
Используйте расстояние «Донор-Акцептор» (если ИСТИНА) или «Акцептор водорода» (ЛОЖЬ).

-R2 (0)
Второй радиус среза. В основном полезен с -контактных и -ac

-корзина (1)
Распределение углов ширины бина (градусы)

-рбин (0.005)
Распределение расстояний по ширине (нм)

-[нет]нитакк (да)
Считайте атомы азота акцепторами.

-[нет связи (Нет)
Не ищите водородные связи, а просто контакты на расстоянии отсечки.

-оболочка (-1)
когда > 0, рассчитывайте только водородные связи в пределах # нм оболочки вокруг одной частицы

-фитстарт (1)
Время (пс), с которого нужно начинать подгонку корреляционных функций, чтобы получить
прямые и обратные константы скорости разрушения и образования ГБ. С -gemfit
мы предлагаем -фитстарт 0

-фитенд (60)
Время (пс), до которого следует прекратить аппроксимацию корреляционных функций, чтобы получить
прямые и обратные константы скорости разрушения и образования ГВ (только при
-gemfit)

-темп (298.15)
Температура (K) для расчета энергии Гиббса, соответствующей разрыву HB и
реформа

-дамп (0)
Сбросьте первые ACF N-водородных связей в одном .xvg файл для отладки

-max_hb (0)
Теоретическое максимальное количество водородных связей, используемое для нормализации HB
автокорреляционная функция. Может быть полезно, если программа неправильно оценивает его.

-[нет]слияние (да)
Н-связи между одним и тем же донором и акцептором, но с разным водородом
рассматривается как одинарная Н-связь. В основном это важно для АКФ.

-acflen (-1)
Длина ACF, по умолчанию - половина количества кадров

- [нет] нормализовать (да)
Нормализовать ACF

-P (0)
Порядок полинома Лежандра для ACF (0 означает отсутствие): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Нет)
Функция подгонки: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit (0)
Время, с которого начинается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции

-эндфит (-1)
Время, когда заканчивается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции, -1 - до тех пор, пока
конец

KNOWN ВОПРОСЫ

· Опция -сель который раньше работал на выбранных hbonds, вышел из строя и, следовательно, не
доступен на данный момент.

Используйте gmx-hbond онлайн с помощью сервисов onworks.net.