gmx-make_edi - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-make_edi - генерирует входные файлы для существенной динамической выборки

СИНТАКСИС

gmx make_edi [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-eig [<.xvg>]]
[-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-смола [<.gro / .g96 / ...>]] [-ори [<.gro / .g96 / ...>]]
[-o [<.edi>]] [-xvg ] [-мон ]
[-линфикс ] [-линакк ] [-радфикс ]
[-радакк ] [-радкон ] [-воднение ]
[-outfrq ] [-склон ] [-линстеп ]
[-акдир ] [-рейдстеп ] [-максимальные шаги ]
[-eqsteps ] [-дельтаF0 ] [-дельтаF ]
[-тау ] [-Эфлнулл ] [-T ]
[-альфа ] [- [нет] сдерживать] [- [нет] гессиан]
[- [нет] гармоника] [-constF ]

ОПИСАНИЕ

GMX make_edi генерирует входной файл сэмплирования существенной динамики (ED), который будет использоваться с
мдрун на основе собственных векторов ковариационной матрицы (GMX ковар) или из нормальных режимов
анализ (GMX Nmeig). Выборка ED может использоваться для управления положением по коллективному
координаты (собственные векторы) (биологических) макромолекул во время моделирования.
В частности, его можно использовать для повышения эффективности выборки при моделировании МД за счет
стимулирование системы к исследованию новых регионов по этим коллективным координатам. Число
реализованы различные алгоритмы для управления системой по собственным векторам
(-линфикс, -линакк, -радфикс, -радакк, -радкон), чтобы удерживать позицию на определенном (заданном
из) координата (ы) фиксированная (-линфикс), или только следить за проекциями позиций
на эти координаты (-мон).

Ссылки:

A. Amadei, ABM Linssen, BL de Groot, DMF van Aalten и HJC Berendsen; An
эффективный метод отбора проб основного подпространства белков. J. Biomol. Struct. Дин.
13: 615-626 (1996)

Б.Л. де Гроот, А. Амадей, ДМФ ван Аалтен и Х. К. Берендсен; К исчерпывающему
отбор проб конфигурационных пространств двух форм пептидного гормона гуанилина,
J. Biomol. Struct. Дин. 13: 741-751 (1996)

Б.Л. де Гроот, А.Амадей, Р.М. Шик, NAJ van Nuland и HJC Berendsen; Расширенный
выборка конфигурационного пространства HPr из белков E. coli: Struct. Функц. Gen.
26: 314-322 (1996).

Вам будет предложено ввести одну или несколько групп индексов, соответствующих собственным векторам,
справочная структура, целевые позиции и т. д.

-мон: контролировать проекции координат на выбранные собственные векторы.

-линфикс: выполнить линейное расширение с фиксированным шагом по выбранным собственным векторам.

-линакк: выполнить приемочное линейное расширение по выбранным собственным векторам. (шаги в
желаемые направления будут приняты, другие будут отклонены).

-радфикс: выполнить расширение радиуса с фиксированным шагом по выбранным собственным векторам.

-радакк: выполнить расширение приемочного радиуса по выбранным собственным векторам. (шаги в
желаемое направление будет принято, другие будут отклонены). Примечание: по умолчанию
начальная структура MD будет принята за начало первого цикла расширения для радиуса
расширение. Если -ори указан, вы сможете читать в файле структуры, который определяет
внешнее происхождение.

-радкон: выполнить сокращение радиуса допуска по выбранным собственным векторам в сторону
целевая структура указана с помощью -смола.

ПРИМЕЧАНИЕ: каждый собственный вектор можно выбрать только один раз.

-outfrq: частота (по шагам) выписывания прогнозов и т. д. на .xvg файл

-склон: минимальный уклон при увеличении приемочного радиуса. Новый цикл расширения будет
начинается, если самопроизвольное увеличение радиуса (в нм / шаг) меньше значения
указано.

-максимальные шаги: максимальное количество шагов за цикл в расширении радиуса перед новым циклом
началась.

Обратите внимание на параллельную реализацию: поскольку выборка ED - это `` глобальная '' вещь (собирательная
координаты и т. д.), по крайней мере, с «белковой» стороны, отбор образцов ED
параллельны с точки зрения реализации. Поскольку параллельный ED требует некоторых
дополнительная связь, ожидайте, что производительность будет ниже, как в бесплатном моделировании MD,
особенно на большом количестве рангов и / или когда группа ED содержит много атомов.

Также обратите внимание, что если ваша группа ED содержит более одного белка, то .tpr
файл должен содержать правильное PBC-представление группы ED. Взгляните на
начальное среднеквадратичное значение из эталонной структуры, которое распечатывается в начале
симуляция; если это намного больше, чем ожидалось, одна из молекул ED может сместиться
коробчатым вектором.

Вся продукция, относящаяся к ЭД мдрун (указать с помощью -эо) записывается в .xvg файл как функция
времени в интервалах OUTFRQ шагов.

Внимание что вы можете наложить несколько ограничений ED и потенциалов затопления в одном
моделирование (на разных молекулах), если несколько .edi файлы были объединены первыми. В
ограничения применяются в том порядке, в котором они появляются в .edi файл. В зависимости от того, что было
указано в .edi входной файл, выходной файл содержит для каждого набора данных ED

· RMSD подобранной молекулы к эталонной структуре (для атомов, участвующих в
подгонка до расчета ограничений ED)

· Проекции позиций на выбранные собственные векторы

НАВОДНЕНИЕ:

-воднение, вы можете указать, какие собственные векторы используются для вычисления потенциала затопления,
что приведет к дополнительным силам, выталкивающим структуру из области, описываемой
ковариационная матрица. Если вы переключаете-сдерживать, потенциал инвертируется, и структура
хранится в этом регионе.

Источник обычно представляет собой среднюю структуру, хранящуюся в eigvec.trr файл. Может быть
изменено с -ори в произвольное положение в конфигурационном пространстве. С участием -тау, -дельтаF0,
и -Эфлнулл вы управляете поведением наводнения. Efl - сила затопления, это
обновился по правилу адаптивного флудинга. Тау - постоянная времени адаптивного
наводнение, высокий тау означает медленную адаптацию (то есть рост). DeltaF0 - сила наводнения
вы хотите достичь после tau ps моделирования. Чтобы использовать постоянный Efl, установите -тау в ноль.

-альфа является параметром выдумки для управления шириной потенциала затопления. Значение 2
было обнаружено, что он дает хорошие результаты в большинстве стандартных случаев при затоплении белков.
альфа в основном учитывает неполную выборку, если вы продолжите выборку ширины
ансамбль будет увеличиваться, это имитируется альфа> 1. Для ограничения альфа <1 может
даст вам меньшую ширину сдерживающего потенциала.

ПЕРЕЗАГРУЗИТЬ и НАВОДНЕНИЕ: если вы хотите перезапустить имитацию аварийного затопления, найдите
значения deltaF и Efl в выходном файле и вручную поместите их в .edi файл под
DELTA_F0 и EFL_NULL.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Полная точность траектории: TRR CPT тнг

-eig [<.xvg>] (собственный вал.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-смола [<.gro / .g96 / ...>] (target.gro) (Опционально)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR

-ори [<.gro / .g96 / ...>] (происхождение.gro) (Опционально)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.edi>] (сам.еди)
Вход для отбора проб ED

Другие варианты:

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-мон
Индексы собственных векторов для проекций x (например, 1,2-5,9) или 1-100: 10 означает 1 11
21 31...91

-линфикс
Индексы собственных векторов для линейной выборки с фиксированным шагом

-линакк
Индексы собственных векторов приемочной линейной выборки

-радфикс
Индексы собственных векторов для фиксированного приращения радиуса расширения

-радакк
Индексы собственных векторов для разложения приемного радиуса

-радкон
Индексы собственных векторов сокращения приемочного радиуса

-воднение
Индексы собственных векторов для затопления

-outfrq (100)
Частота (в шагах) записи вывода в .xvg файл

-склон (0)
Минимальный уклон в расширении приемочного радиуса

-линстеп
Шаги (нм / шаг) для линейной выборки с фиксированным шагом (заключите в кавычки! "1.0 2.3
5.1 -3.1 дюйма)

-акдир
Указания по приемке линейной выборки - в счет только знак! (заключите в кавычки! "-1
+1 -1.1 ")

-рейдстеп (0)
Размер шага (нм / шаг) для фиксированного увеличения радиуса приращения

-максимальные шаги (0)
Максимальное количество шагов за цикл

-eqsteps (0)
Количество шагов, которые нужно пройти без каких-либо возмущений

-дельтаF0 (150)
Энергия дестабилизации цели для затопления

-дельтаF (0)
Начните deltaF с этим параметром - по умолчанию 0, ненулевые значения необходимы только для
перезапуск

-тау (0.1)
Константа связи для адаптации силы затопления в соответствии с deltaF0, 0 =
бесконечность, т.е. постоянная сила затопления

-Эфлнулл (0)
Начальное значение силы наводнения. Сила наводнения обновлена
по адаптивной схеме флуда. Для постоянной силы затопления используйте
-тау 0.

-T (300)
T - температура, значение нужно, если вы хотите сделать затопление.

-альфа (1)
Ширина шкалы гауссовского потенциала затопления с альфа ^ 2

- [нет] сдерживать (Нет)
Используйте потенциал затопления с перевернутым знаком -> эффекты как квазигармонические
сдерживающий потенциал

- [нет] гессиан (Нет)
Собственные векторы и собственные значения взяты из матрицы Гессе

- [нет] гармоника (Нет)
Собственные значения интерпретируются как жесткость пружины.

-constF
Затопление постоянной силы: вручную установите силы для собственных векторов, выбранных с помощью
-flood (заключить в кавычки! "1.0 2.3 5.1 -3.1"). Никаких других параметров флуда не требуется
при указании сил напрямую.

Используйте gmx-make_edi онлайн с помощью сервисов onworks.net