Это команда gmx-mdmat, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-mdmat - Расчет карт контактов остатков
СИНТАКСИС
гмх мдмат [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-жадный [<.xpm>]] [-рамки [<.xpm>]] [-нет [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-дт ] [-xvg ]
[-t ] [-уровни ]
ОПИСАНИЕ
GMX мдмат составляет матрицы расстояний, состоящие из наименьшего расстояния между остатками
пары. С участием -рамки, эти матрицы расстояний можно сохранить, чтобы увидеть различия в
третичная структура как функция времени. Если вы выберете варианты неразумно, это может
создать большой выходной файл. По умолчанию только усредненная матрица по всей
траектория выводится. Также подсчет количества различных атомных контактов между
остатки по всей траектории могут быть сделаны. Вывод может быть обработан с помощью GMX
xpm2ps чтобы сделать график PostScript (tm).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-жадный [<.xpm>] (дм.xpm)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
-рамки [<.xpm>] (дмф.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
-нет [<.xvg>] (число.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
-t (1.5)
расстояние усечения
-уровни (40)
Дискретное расстояние в этом количестве уровней
Используйте gmx-mdmat онлайн с помощью сервисов onworks.net
