Это команда gmx-nmtraj, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-nmtraj - генерирует виртуальную колеблющуюся траекторию из собственного вектора
СИНТАКСИС
gmx nmtraj [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-eignr ]
[-фазы ] [-темп ] [-амплитуда ]
[-nframes ]
ОПИСАНИЕ
GMX Нмтрадж генерирует виртуальную траекторию из собственного вектора, соответствующего
гармоническое декартово колебание вокруг средней структуры. Собственные векторы должны
обычно взвешиваются по массе, но вы можете использовать невзвешенные собственные векторы для генерации
ортогональные движения. Выходные кадры записываются в виде файла траектории, охватывающего весь
период, а первый кадр - это средняя структура. Если вы запишете траекторию в (или
преобразовать в) формат PDB, вы можете просматривать его прямо в PyMol, а также визуализировать фотореалистичный
кино. Амплитуды движения рассчитываются по собственным значениям и заданной температуре,
предполагая равнораспределение энергии по всем модам. Чтобы движение было четко видно в
PyMol, возможно, вы захотите усилить его, установив нереально высокую температуру.
Однако имейте в виду, что как линейные декартовы смещения, так и массовое взвешивание будут
привести к серьезной деформации конструкции при больших амплитудах - это просто ограничение
декартовой модели нормального режима. По умолчанию для выбранного собственного вектора установлено значение 7, поскольку
первые шесть нормальных режимов - это поступательные и вращательные степени свободы.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Полная точность траектории: TRR CPT тнг
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (nmtraj.xtc)
Траектория: экстаз TRR Гру g96 PDB тнг
Другие варианты:
-eignr (7)
Строка собственных векторов для использования (сначала 1)
-фазы (0.0)
Строка фаз (по умолчанию 0.0)
-темп (300)
Температура (К)
-амплитуда (0.25)
Амплитуда для мод с собственным значением <= 0
-nframes (30)
Количество кадров для генерации
Используйте gmx-nmtraj онлайн с помощью сервисов onworks.net
