Это команда gmx-pme_error, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-pme_error - Оценивает ошибку использования PME с заданным входным файлом
СИНТАКСИС
gmx pme_error [-s [<.tpr>]] [-o [<.out>]] [-так [<.tpr>]] [-бета ]
[- [нет] мелодия] [сам ] [-семена ] [- [нет] v]
ОПИСАНИЕ
GMX pme_error оценивает погрешность электростатических сил при использовании алгоритма sPME.
Флаг -настройка определит параметр разделения таким образом, чтобы ошибка была равной
распределены по реальной и обратной пространственной части. Часть ошибки, которая возникает
от самовзаимодействия частиц требует вычислений. Однако хороший
приближение состоит в том, чтобы просто использовать часть частиц для этого члена, который может быть
обозначенный флагом сам.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.out>] (выход ошибки)
Общий выходной файл
-так [<.tpr>] (настроен.тпр) (Опционально)
Входной файл Portable xdr run
Другие варианты:
-бета (-1)
Если положительный, перезаписать ewald_beta из .tpr файл с этим значением
- [нет] мелодия (Нет)
Настройте параметр разделения так, чтобы ошибка равномерно распределялась между
реальное и взаимное пространство
сам (1)
Если между 0.0 и 1.0, определите ошибку самовзаимодействия только из этой доли
заряженные частицы
-семена (0)
Начальное число случайных чисел, используемое для алгоритма Монте-Карло, когда сам установлено значение
между 0.0 и 1.0
- [нет] v (Нет)
Будь громким и шумным
Используйте gmx-pme_error онлайн с помощью сервисов onworks.net
