Это команда gmx-rms, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-rms - вычисление RMSD с использованием справочной структуры и матриц RMSD
СИНТАКСИС
gmx среднеквадратичное значение [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-f2 [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-мир [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [-расстояние [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-бин [<.dat>]] [-бм [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-ту ] [-[Теперь] [-xvg ]
[-какие ] [- [нет] pbc] [-соответствовать ] [-пред ]
[- [нет] раскол] [-пропускать ] [-скип2 ] [-Максимум ]
[-мин ] [-бмакс ] [-bмин ] [- [нет] мв]
[-уровни ] [-ng ]
ОПИСАНИЕ
GMX RMS сравнивает две структуры, вычисляя среднеквадратичное отклонение (RMSD),
не зависящий от размера параметр сходства rho (ро) или чешуйчатый ро (роск), см. Майоров и
Криппен, Белки 22, 273 (1995). Это выбрано -какие.
Каждая конструкция с траектории (-f) сравнивается с эталонной структурой. Ссылка
структура берется из файла структуры (-s).
С опцией -мир также сравнение с зеркальным отображением эталонной структуры
рассчитано. Это полезно в качестве справочника для «значимых» ценностей, см. Maiorov &
Криппен, Белки 22, 273 (1995).
Опция -пред производит сравнение с предыдущим кадром указанное количество кадров
назад.
Опция -m производит матрицу в .xpm формат сравнения значений каждой структуры в
траектории по отношению друг к другу конструкции. Этот файл можно визуализировать с помощью
пример xv и может быть преобразован в постскриптум с помощью GMX xpm2ps.
Опция -соответствовать контролирует подгонку структур по методу наименьших квадратов друг на друга:
полная подгонка (вращение и смещение), только смещение или без подгонки.
Опция -мв контролирует, выполняется ли массовое взвешивание или нет. Если вы выберете опцию
(по умолчанию) и укажите действительный .tpr массы файлов будут взяты оттуда, иначе
массы будут выведены из атомная масса.dat файл в ГМXLIB. Это нормально для белков,
но не обязательно для других молекул. По умолчанию назначена масса 12.011 а.е.м. (углерод).
неизвестным атомам. Вы можете проверить, произошло ли это, включив -отлаживать флаг и
проверка файла журнала.
Для пользователя -f2, «другие структуры» взяты со второй траектории, это порождает
матрица сравнения одной траектории с другой.
Опция -бин делает двоичный дамп матрицы сравнения.
Опция -бм дает матрицу отклонений средних валентных углов аналогично матрице -m
вариант. Учитываются только связи между атомами в группе сравнения.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-f2 [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
xvgr / xmgr файл
-мир [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-a [<.xvg>] (среднее.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-расстояние [<.xvg>] (rmsd-расст.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
-бин [<.dat>] (rmsd.dat) (Опционально)
Файл общих данных
-бм [<.xpm>] (бонд.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
-какие (среднеквадратичное значение)
Измерение структурных различий: rmsd, rho, rhosc
- [нет] pbc (да)
Проверка КПБ
-соответствовать (гниль + транс)
Подходит к справочной структуре: rot + trans, перевод, нет
-пред (0)
Сравнить с предыдущим кадром
- [нет] раскол (Нет)
Разделенный график, где время равно нулю
-пропускать (1)
Записывать в матрицу только каждый nr-й кадр
-скип2 (1)
Записывать в матрицу только каждый nr-й кадр
-Максимум (-1)
Максимальный уровень в сравнительной матрице
-мин (-1)
Минимальный уровень в матрице сравнения
-бмакс (-1)
Максимальный уровень в матрице связующего угла
-bмин (-1)
Минимальный уровень в матрице связующих углов
- [нет] мв (да)
Используйте массовое взвешивание для суперпозиции
-уровни (80)
Количество уровней в матрицах
-ng (1)
Количество групп для вычисления RMS между
Используйте gmx-rms онлайн с помощью сервисов onworks.net
