Это команда gmx-rotacf, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-rotacf - Рассчитать вращательную корреляционную функцию для молекул.
СИНТАКСИС
гмх ротакф [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-дт ]
[-[Теперь] [-xvg ] [-[кивок] [- [нет] средн.]
[-acflen ] [- [нет] нормализовать] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-эндфит ]
ОПИСАНИЕ
GMX Rotacf вычисляет вращательную корреляционную функцию для молекул. Тройняшки атома
(i, j, k) должны быть указаны в индексном файле, определяя два вектора ij и jk. Вращательный
АКФ рассчитывается как автокорреляционная функция вектора n = ij x jk, т.е.
перекрестное произведение двух векторов. Поскольку три атома охватывают плоскость, порядок трех атомов
атомы не имеет значения. При желании, вызвав -d переключатель, вы можете рассчитать
вращательная корреляционная функция для линейных молекул путем задания пар атомов (i, j) в
индексный файл.
ПРИМЕРЫ
GMX Rotacf -P 1 -нпарм 2 -ффт -n индекс -o ротакф-х-P1 -fa expfit-x-P1 -beginfit 2.5
-эндфит 20.0
Это позволит вычислить вращательную корреляционную функцию с использованием метода Лежандра первого порядка.
полином угла вектора, определенного индексным файлом. Корреляционная функция
будет подгоняться от 2.5 до 20.0 пс до двухпараметрической экспоненты.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
-n [<.ndx>] (индекс.ndx)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr / xmgr файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
-[кивок (Нет)
Используйте дублеты индексов (векторы) для корреляционной функции вместо троек (плоскостей)
- [нет] средн. (да)
Среднее по молекулам
-acflen (-1)
Длина ACF, по умолчанию - половина количества кадров
- [нет] нормализовать (да)
Нормализовать ACF
-P (0)
Порядок полинома Лежандра для ACF (0 означает отсутствие): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Нет)
Функция подгонки: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-beginfit (0)
Время, с которого начинается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции
-эндфит (-1)
Время, когда заканчивается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции, -1 - до тех пор, пока
конец
Используйте gmx-rotacf онлайн с помощью сервисов onworks.net
