Это команда gmx-Space, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-Space - вычислить функцию пространственного распределения.
СИНТАКСИС
gmx пространственный [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-дт ] [-[Теперь] [- [нет] pbc]
[- [нет] div] [-знак ] [-бин ] [-наб ]
ОПИСАНИЕ
GMX пространственный вычисляет функцию пространственного распределения и выводит ее в форме, которая может
может быть прочитан VMD как формат куба Gaussian98. Для системы из 32,000 атомов и 50 нс
траектории, SDF может быть сгенерирован примерно за 30 минут, при этом большую часть времени
к двум пробегает трджконв которые необходимы для правильного центрирования всего. Этот
также занимает много места (3 копии файла траектории). Тем не менее, картинки
красивы и очень информативны, если правильно сделать подобранный выбор. 3-4 атома в
широко мобильная группа (например, свободная аминокислота в растворе) работает хорошо, или выберите
белковый каркас в стабильной складчатой структуре, чтобы получить SDF растворителя и посмотреть на
усредненная по времени сольватационная оболочка. Также можно использовать эту программу для генерации SDF
на основе произвольной декартовой координаты. Для этого просто опустите предварительный GMX
трджконв шаги.
Применение:
1. Использовать GMX make_ndx чтобы создать группу, содержащую атомы, вокруг которых вы хотите, чтобы SDF
2. GMX трджконв -s а.тпр -f а.tng -o б.тнг -боксцентр Tric -ур компактный -пбк никто
3. GMX трджконв -s а.тпр -f б.тнг -o c.tng -соответствовать гниль + транс
4. запустить GMX пространственный на c.tng вывод шага №3.
5. Загрузить сетка.куб в VMD и рассматривать как изоповерхность.
Внимание что такие системы, как мицеллы, потребуют GMX трджконв -пбк кластер между шагами 1
и 2.
Предупреждения
SDF будет сгенерирован для куба, который содержит все ячейки, которые имеют ненулевые
заполняемость. Однако подготовительный -соответствовать гниль + транс вариант GMX трджконв подразумевает, что
ваша система будет вращаться и перемещаться в пространстве (чтобы выбранная группа
не). Следовательно, возвращаемые значения будут действительны только для некоторого региона.
вокруг вашей центральной группы / координаты, которая полностью перекрывается с системным объемом повсюду
вся смещенная / повернутая система на протяжении траектории. Это зависит от
пользователь, чтобы убедиться, что это так.
рискованный кредита
Чтобы сократить занимаемое пространство и время, вы можете выводить только те координаты, которые
будет использоваться в первом и последующих прогонах GMX трджконв. Однако обязательно
установите -наб вариант на достаточно высокое значение, так как память выделена для ячеек куба
исходя из начальных координат и -наб значение опциона.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
- [нет] pbc (Нет)
Используйте периодические граничные условия для вычисления расстояний
- [нет] div (да)
Рассчитайте и примените делитель для заполнения бункеров на основе атомов / минимального куба
размер. Установите как ИСТИНА для визуализации и как ЛОЖЬ (-нодив), чтобы получить точный подсчет
за кадр
-знак (-1)
Не отображать такое количество внешних кубов (положительные значения могут уменьшить границу
крапинки; -1 гарантирует, что внешняя поверхность видна)
-бин (0.05)
Ширина бункеров (нм)
-наб (4)
Количество дополнительных бункеров для обеспечения правильного распределения памяти
KNOWN ВОПРОСЫ
· Когда выделенной памяти недостаточно, может произойти ошибка сегментации. Это
обычно обнаруживается, и программа останавливается до появления неисправности при отображении предупреждения
сообщение, предлагающее использовать -наб (Количество дополнительных ящиков) вариант. Однако
программа не обнаруживает все подобные события. Если вы столкнулись с ошибкой сегментации, запустите его
снова с увеличенным -наб значения.
Используйте gmx-Space в Интернете с помощью сервисов onworks.net
