go2obop - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - инструмент преобразования и его оболочки

СИНТАКСИС

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml онтология / *. онтология
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml онтология / gene_ontology.obo

ОПИСАНИЕ

анализирует любой файл онтологии в стиле GO / OBO и записывает его в другом формате

АРГУМЕНТЫ
-e ОШИБКА

записывает ошибки синтаксического анализа в XML - по умолчанию используется STDERR (ошибок синтаксического анализа не должно быть в хорошо
сформированные файлы)

-p ФОРМАТ

определяет, какой парсер использовать; если не указано, сделает предположение на основе файла
суффикс. См. Ниже форматы

-w | писатель ФОРМАТ

формат для вывода - см. список ниже

- | xslt XSLT

Имя или имя файла XSLT-преобразования.

Это может быть либо абсолютный путь к файлу в любом месте файловой системы, либо просто
быть именем xslt; например

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Если имя указано, то в первую очередь будет выполняться поиск $ GO_ROOT / xml / xsl / *. Xsl; если
GO_ROOT не установлен, тогда будет выполняться поиск каталога модулей perl, в котором установлен GO (
xslts будет установлен здесь автоматически, если вы будете следовать обычному процессу установки)

-use_cache
Если этот переключатель указан, то включен режим кэширования.

В режиме кэширования при первом синтаксическом анализе файла будет создан дополнительный файл.
экспортируется в специальный формат, который быстро анализируется. Этот файл будет иметь то же имя файла
как исходный файл, за исключением того, что он будет иметь суффикс «.cache».

В следующий раз, когда вы проанализируете файл, эта программа автоматически проверит наличие
файла ".cache". Если он существует и является более свежим, чем указанный вами файл, этот
вместо этого анализируется. Если его нет, его перестраивают.

Это принесет улучшение скорости для b форматов вывода ниже (например,
список путей). Большинство выходных форматов работают с анализом на основе событий, поэтому кэширование объекта приносит
никакой пользы и на самом деле будет медленнее, чем обход кеша

ФОРМАТЫ
записываемые форматы

идти_онт
Файлы с расширением ".ontology"

Они хранят DAG онтологии

go_def
Файлы с расширением ".defs"

go_xref
Ссылки на внешние базы данных для терминов GO

Файлы с суффиксом «2go» (например, ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Аннотации генов или генных продуктов с использованием GO

Файлы с префиксом «ген-ассоциация».

обо_текст
Файлы с суффиксом ".obo"

Это новый формат файла, заменяющий существующие форматы плоских файлов GO. Это
обрабатывает онтологии, определения и внешние ссылки (но не ассоциации)

obo_xml
Файлы с суффиксом ".obo.xml" или ".obo-xml"

Это XML-версия формата плоских файлов OBO, указанного выше.

пролог
Факты о прологе - для их использования вам понадобится компилятор / интерпретатор пролога. Вы можете
рассуждать над этими фактами, используя Оболь или грядущий проект Bio-LP

tbl простое (с потерями) табличное представление

резюме
может использоваться как в файлах онтологии, так и в файлах ассоциаций

список путей
показывает все пути к корню

owl Формат OWL (по умолчанию: OWL-DL)

OWL - это стандартный формат W3C для онтологий.

Для запуска вам потребуются файлы XSL из полного дистрибутива go-dev; см. XML
раздел вhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
представление YAML объекта GO :: Model :: Graph

obj_storable
Дамп объекта perl GO :: Model :: Graph. Для этого вам понадобится Storable от CPAN
Работа. Это предназначено для кэширования объектов в файловой системе для быстрого доступа. В
представление obj_storable не может быть переносимым

text_html
HTML-формат вывода OBO

godb_prestore
XML, который отображается непосредственно в реляционную схему GODB (затем может быть загружен с помощью
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML, который отображается непосредственно в реляционную схему Чадо (затем может быть загружен с помощью
stag-storenode.pl)

ДОКУМЕНТАЦИЯ
<http://www.godatabase.org/dev>

Используйте go2obop онлайн с помощью сервисов onworks.net