Это команда gt-chseqids, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-chseqids - изменяет идентификаторы последовательностей с помощью сопоставления, указанного в файле сопоставления.
СИНТАКСИС
gt Chseqids [вариант ...] файл_выпуска [GFF3_file]
ОПИСАНИЕ
-Сортировать [да | нет]
сортировать функции GFF3 после изменения идентификаторов последовательностей (потребление памяти
пропорционально размеру входного файла) (по умолчанию: нет)
-v [да | нет]
быть подробным (по умолчанию: нет)
-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)
-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)
-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)
-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
Формат файла для mapping_file:
Поставляемый файл сопоставления определяет таблицу сопоставления с именем «chseqids». Он отображает
записи области последовательности, указанные в файле GFF3_file, для других имен. Его можно определить как
следующим образом:
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
При использовании этого примера все идентификаторы последовательностей «chr1» будут изменены на «seq1» и все
Идентификаторы последовательностей от «chr2» до «seq2».
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-chseqids онлайн с помощью сервисов onworks.net
