Это команда gt-readjoiner-assembly, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-readjoiner-assembly - строит строковый граф и выводит контиги.
СИНТАКСИС
gt повторный участник сборка [вариант ...]
ОПИСАНИЕ
-readset [string]
укажите имя набора чтения (по умолчанию: undefined)
-spmfiles [ценностное ]
количество файлов SPM для чтения должно быть равно значению -j для перекрытия
фаза (по умолчанию: 1)
-l [ценностное ]
указать минимальную длину SPM (по умолчанию: 0)
-глубина отсечки [ценностное ]
укажите минимальное количество узлов в контиге (по умолчанию: 3)
-длина отсечения [ценностное ]
указать минимальную длину контига (по умолчанию: 100)
-ошибки [да | нет]
функции графа поиска, которые могут возникать из-за ошибок секвенирования, и их устранение
(по умолчанию: нет)
-пузырь [ценностное ]
количество раундов удаления p-пузырьков (по умолчанию: 3)
-тупик [ценностное ]
количество раундов удаления тупика для выполнения тупика (по умолчанию: 10)
глубина тупика [ценностное ]
указать максимальную глубину пути до конечной вершины, по которой путь должен быть
считается тупиком (по умолчанию: 10)
-v [да | нет]
быть подробным (по умолчанию: нет)
-q [да | нет]
подавлять стандартные выходные сообщения (по умолчанию: нет)
-Помощь
отобразить справку по основным параметрам и выйти
-help +
отобразить справку по всем параметрам и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-readjoiner-assembly онлайн с помощью сервисов onworks.net
