Это команда hhconsensus, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
hhconsensus - вычислить согласованную последовательность для входного файла A3M / FASTA
СИНТАКСИС
ччконсенсус -i [кредита]
ОПИСАНИЕ
HHconsensus версия 2.0.16 (январь 2013 г.) Рассчитайте согласованную последовательность для
Входной файл A3M / FASTA. (C) Йоханнес Сёдинг, Майкл Реммерт, Андреас Бигерт, Андреас
Хаузер Реммерт М., Бигерт А., Хаузер А. и Содинг Дж. HHblits: молниеносная итерация
поиск белковой последовательности путем выравнивания HMM-HMM. Nat. Методы 9: 173-175 (2011).
-i
выравнивание запроса (A2M, A3M или FASTA) или запрос HMM
Результат опции:
-s
добавить согласованную последовательность в FASTA (по умолчанию = )
-o
записать выравнивание с консенсусной последовательностью в A3M
-oa3м
то же
-oa2м
записать выравнивание с консенсусной последовательностью в A2M
-фас
записать выравнивание с консенсусной последовательностью в FASTA
-v
подробный режим: 0: без вывода на экран 1: только предупреждения 2: подробный
ФИЛЬТР вход выравнивание (параметры может be в сочетании):
-Я бы [0,100] максимальная идентичность парных последовательностей (%) (по умолчанию = 100)
-различие [0, inf [фильтровать самый разнообразный набор последовательностей, сохраняя хотя бы этот
много последовательностей в каждом блоке из> 50 столбцов (по умолчанию = 0)
-ков [0,100] минимальное покрытие с запросом (%) (по умолчанию = 0)
-кид [0,100] минимальная идентичность последовательности с запросом (%) (по умолчанию = 0)
-qsc [0,100] минимальный балл за столбец с запросом (по умолчанию = -20.0)
вход выравнивание Формат:
-M a2m использовать A2M / A3M (по умолчанию): верхний регистр = соответствие; нижний регистр = Вставить; '-' = Удалить; '.' знак равно
зазоры выровнены со вставками (могут быть опущены)
-M первый
используйте FASTA: столбцы с остатком в 1-й последовательности являются состояниями совпадения
-M [0,100]
используйте FASTA: столбцы с менее чем X% пробелов являются состояниями совпадения
Другие контрактные услуги опции:
-добавить добавить информацию о предполагаемой вторичной структуре из PSIPRED
Пример: hhconsensus -i STDIN -s стандартный вывод
Используйте hhconsensus в Интернете с помощью сервисов onworks.net
