Это команда hmmalign, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
hmmalign - выравнивает последовательности по профилю HMM
СИНТАКСИС
хм, выровняйте [опции]
ОПИСАНИЕ
Выполните множественное выравнивание последовательностей всех последовательностей в совмещая их
индивидуально к профилю HMM в . Новое выравнивание выводится в стандартный вывод in
Стокгольмский формат.
Ассоциация должен содержать только один профиль. Если он содержит больше, только первый
профиль в файле будет использоваться.
Или or (но не оба) могут быть '-' (тире), что означает чтение этого
ввод от STDIN а не файл.
Последовательности в выравниваются в режиме локального выравнивания unihit. Поэтому они
уже должно быть известно, что он содержит только один домен (или его фрагмент). В
оптимальное выравнивание может определять некоторые остатки как негомологичные (состояния N и C), в которых
в случае, если эти остатки все еще включены в результирующее выравнивание, но вытеснены во внешнее
края. Чтобы отсечь эти невыровненные негомологичные остатки из результата, см. --отделка
опцию.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и всех доступных параметрах.
-o Направить выравнивание вывода в файл , а не стандартный вывод.
--мапали
Объединить существующее выравнивание в файл в результат, где это точно
такое же выравнивание, которое использовалось для построения модели в . Это делается с помощью
карта выравнивания столбцов с позициями согласованного профиля, которая хранится в
. Множественное выравнивание в будет точно воспроизведен в его
столбцы консенсуса (как определено профилем), но отображаемое выравнивание в
столбцы вставки могут быть изменены, потому что вставки относительно профиля
считается по соглашению невыровненными данными.
--отделка Обрезать негомологичные остатки (присвоенные состояниям N и C в оптимальном выравнивании)
из результирующего вывода множественного выравнивания.
--амино
Укажите, что все последовательности в белки. По умолчанию тип алфавита
определяется автоматически по составу остатков.
--ДНК Укажите, что все последовательности в ДНК.
--РНК Укажите, что все последовательности в являются РНК.
--информировать
Объявите, что ввод находится в формате . Допустимые форматы файлов последовательностей
включают FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm и SELEX. По умолчанию
автоматически определять формат файла.
- форматировать
Укажите, что выходное множественное выравнивание имеет формат . В настоящее время
принятые форматы файлов с множественными последовательностями выравнивания включают только Stockholm и SELEX.
Используйте hmmalign онлайн с помощью сервисов onworks.net
