hmmemit - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

hmmemit - примеры последовательностей из профиля HMM

СИНТАКСИС

хммм [опции] хммфайл

ОПИСАНИЕ

Ассоциация хммм программные образцы (испускают) последовательности из профиля (ов) HMM в хммфайлкачества
записывает их на вывод. Последовательности отбора проб могут быть полезны для различных целей,
включая создание синтетических истинных положительных результатов для тестов или тестов.

По умолчанию выбирается одна невыровненная последовательность из основной вероятностной модели, которая
означает, что каждая последовательность состоит из одного полноразмерного домена. В качестве альтернативы с помощью -c
вариант, вы можете создать простую консенсусную последовательность, основанную на правилах большинства; или с -a вариант, вы
может испускать выравнивание (в этом случае вы, вероятно, также захотите установить -N к чему-то другому
чем по умолчанию 1 последовательность на модель).

В качестве другого варианта с -p вариант, вы можете выбрать последовательность из полностью настроенного
Профиль поиска HMMER. Это означает выборку "гомологичной последовательности" по определению HMMER,
включая негомологичные фланкирующие последовательности, локальные выравнивания и несколько доменов на
последовательность, в зависимости от длины модели и режима выравнивания, выбранного для профиля.

Ассоциация хммфайл может содержать библиотеку HMM, и в этом случае каждый HMM будет использоваться по очереди.

может быть '-' (тире), что означает чтение этого ввода из STDIN а не файл.

ОБЩИЙ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и всех доступных параметрах.

-o Направьте выходные последовательности в файл вместо того, чтобы стандартный вывод.

-N Образец последовательности на модель, а не только на одну.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ЧТО К ИСПУСКАЮТ

По умолчанию используется выборка N последовательности из основной модели. В качестве альтернативы вы можете выбрать
одна (и только одна) из следующих альтернатив.

-a Выпустить выравнивание для каждого HMM в хммфайл вместо выборки невыровненной
последовательности по одной.

-c Выпустить согласованную последовательность множественных правил вместо выборки последовательности из
профиль распределения вероятностей HMM. Консенсусная последовательность формируется
выбор максимального остатка вероятности в каждом состоянии совпадения.

-C Создать более причудливую консенсусную последовательность правил множественности, чем -c вариант. Если максимум
вероятностный остаток имеет p минл покажите это как «любой» остаток в нижнем регистре (n или x); если
р> = минл и MINU показать это как остаток в нижнем регистре; и если p> = MINU покажи это как
остаток в верхнем регистре. Настройки по умолчанию MINU и минл оба равны 0.0, что
означает -C дает тот же результат, что и -c если вы также не установили MINU и минл к чему ты
хотеть.

-p Образец невыровненных последовательностей из неявного профиля поиска, а не из ядра
модель. Базовая модель состоит только из гомологичных состояний (между началом
и конечные состояния модели HMMER Plan7). В профиль входят негомологичные N,
Состояния C и J, конфигурация алгоритмов local / glocal и uni / multihit, а также
модель целевой длины. Следовательно, последовательности, взятые из профиля, могут включать
негомологичные, а также гомологичные последовательности и могут содержать более одного
сегмент гомологичной последовательности. По умолчанию профиль находится в локальном режиме multihit, и
длина целевой последовательности настроена на L = 400.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ EMISSION / ЭМИССИЯ от ПРОФИЛИ

Эти параметры требуют, чтобы вы установили -p опцию.

-L Настройте модель длины целевой последовательности профиля, чтобы сгенерировать среднюю длину
примерно вместо значения по умолчанию 400.

--местный
Настройте профиль для локального выравнивания с несколькими ударами.

--унилокальный
Настройте профиль для локального выравнивания unihit (Smith / Waterman).

--glocal
Сконфигурируйте профиль для глокального выравнивания multihit.

--униглокальный
Настройте профиль для глокального выравнивания unihit.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ FANCY КОНСЕНСУС EMISSION / ЭМИССИЯ

Эти параметры требуют, чтобы вы установили -C вариант.

--мин
Устанавливает минл порог для отображения слабо консервативных остатков в нижнем регистре. (0 <=
х <= 1)

--мину
Устанавливает MINU порог для отображения сильно консервативных остатков в верхнем регистре. (0
<= х <= 1)

ДРУГИЕ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

--семя
Заполните генератор случайных чисел , целое число> = 0. Если ненулевое, любое
стохастическое моделирование будет воспроизводимым; та же команда даст то же самое
полученные результаты. Если равен 0, генератор случайных чисел заполняется произвольно, и
стохастическое моделирование будет варьироваться от запуска к запуску одной и той же команды. По умолчанию
равно 0: используйте произвольное семя, поэтому разные хммм пробежки будут генерировать разные
образцы.

Используйте hmmemit онлайн с помощью сервисов onworks.net