hmmpgmd - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

hmmpgmd - демон для поиска запроса белка в базе данных белков

СИНТАКСИС

хммпгмд [опции]

ОПИСАНИЕ

Ассоциация хммпгмд программа - это демон, который мы используем внутри веб-сервера hmmer.org, и
по сути стоит перед программами поиска белка фммер, хммпоиски хммскан.

Использовать хммпгмд, сначала экземпляр должен быть запущен как мастер сервер, и снабженный
по крайней мере один из последовательность база данных (с использованием --seqdb флаг) и / или HMM база данных (с помощью
домен --хммдб флаг). База данных последовательностей должна быть в формате hmmpgmd, который может быть
производится с использованием esl-форматировать. База данных HMM имеет форму, созданную хммбилд,
входные базы данных будут загружены в память мастером. Когда мастер закончил
загружая базу данных, он печатает строку: «Данные загружены в память. Мастер готов».

Только после того, как мастер будет готов, один или несколько экземпляров hmmpgmd могут быть запущены как рабочие.
Эти рабочие могут быть (и обычно находятся) на разных машинах от главного, но должны
иметь доступ к тому же файлу (ам) базы данных, предоставленному мастеру, с тем же путем. В качестве
с мастером каждый рабочий загружает базу данных в память и указывает завершение
печатью: «Данные загружены в память. Рабочий готов».

Ожидается, что главный сервер и рабочие будут продолжать работать. Тогда один или несколько клиентов
подключитесь к мастеру и отправьте, возможно, много запросов. Мастер распределяет работы
запрос среди рабочих, собирает результаты и объединяет их, прежде чем отвечать на
клиент. В каталог src HMMER3.1 включены два примера клиентских программ - C
программа хммм2 и скрипт perl hmmpgmd_client_example.pl. Они предназначены как
только примеры и должны быть расширены по мере необходимости в соответствии с вашими потребностями.

Запрос передается мастеру от клиента в виде символьной строки. Запросы могут быть
сортировка, которая обычно обрабатывается фммер (последовательность белков против базы данных белков),
хммпоиск (запрос белка HMM против базы данных белков), или хммскан (запрос белка против белка
База данных HMM).

Обычно клиентский запрос начинается с одной строки в форме @[параметры],
за которыми следуют несколько строк текста, представляющих запрос HMM или в формате fasta
последовательность. Последняя строка каждого запроса - разделитель //.

Например, чтобы выполнить фммер поиск типа последовательности по базе данных последовательностей
файла, первая строка имеет вид @ - seqdb 1, затем последовательность запросов в формате fasta
начиная со строки заголовка > имя-последовательности, за которым следует одна или несколько строк последовательности,
и, наконец, закрытие //.

Для выполнения хммпоиск поиск типа, последовательность запроса заменяется полным текстом
Запрос в формате HMMER HMM.

Для выполнения хммскан введите поиск, текст соответствует тексту фммер введите поиск, кроме
что первая строка изменится на @ - hmmdb 1.

В файле базы данных последовательностей в формате hmmpgmd каждая последовательность может быть связана с одним
или более суббаз. В --seqdb флаг указывает, какая из этих суббаз будет
запрошен. Формат базы данных HMM не поддерживает под-базы данных.

Результатом каждого запроса является недокументированная структура данных в двоичном формате. В будущем
данные будут возвращены в правильной сериализованной структуре, но на данный момент для этого требуется
кропотливая распаковка внутри клиента. Примеры клиентов показывают, как это делается.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и всех доступных параметрах.

ЭКСПЕРТ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

--мастер
Запускать как главный сервер.

- рабочий
Запускаем как рабочий, подключаемся к главному серверу, работающему на IP-адресе. .

- демон
Запускать как демон, используя файл конфигурации: /etc/hmmpgmd.conf

--cport
Порт, используемый для связи между клиентами и главным сервером. По умолчанию
это 51371.

--wport
Порт, используемый для связи между рабочими и главным сервером. По умолчанию
это 51372.

--ccncts
Максимальное количество принимаемых клиентских подключений. По умолчанию - 16.

--wcncts
Максимальное количество принимаемых рабочих подключений. По умолчанию 32.

--пид
Имя файла, в который будет записан идентификатор процесса.

--seqdb
Имя файла (в формате hmmpgmd), содержащего последовательности белков. Содержание
этот файл будет кэширован для поиска.

--хммдб
Имя файла, содержащего белковые HMM. Содержимое этого файла будет кэшировано
для поисков.

--Процессор
Количество используемых параллельных потоков (для - рабочий ).

Используйте hmmpgmd онлайн с помощью сервисов onworks.net