idfetch - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

idfetch - получить биологические данные с сервера NCBI ID1

СИНТАКСИС

идфетч [-] [-F ул] [-G имя файла] [-Q имя файла] [-c N] [-d ул] [-e N] [-f ул] [-g N]
[-i N] [-l имя файла] [-n] [-o имя файла] [-q ул] [-s ул] [-t N]

ОПИСАНИЕ

идфетч является клиентом для сервера ID1 NCBI, который содержит большую базу данных аннотированных
биологические последовательности.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Сводка опций приведена ниже.

- Распечатать сообщение об использовании

-F ул Добавьте указанные типы функций (через запятую); допустимые значения: CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, тРНК и микроРНК.

-G имя файла
Файл со списком GI, (версионными) подключениями, FASTA SeqID для сброса

-Q имя файла
Сгенерировать список GI по запросу Entrez в имя файла; требует -дн or -дп.

-c N Максимальная сложность:
0 получить весь blob (по умолчанию)
1 получить интересующий биосек
2 получите минимальный набор биосек, содержащий интересующий биосек.
3 получить минимальный nuc-prot, содержащий интересующий биосек.
4 получите минимальный набор пабов, содержащий интересующий биосек.

-d ул База данных для использования (с -q, может быть n для нуклеотидов или p для белков).

-e N Номер объекта (номер извлечения) для сброса

-f ул Сглаженный SeqId. Возможные форматы:
напишите([имя] [, [вступление] [, [освободить] [,версия]]]) как "5 (HUMHBB)"
напишите=вступление
напишите:номер
(напишите - число, указывающее подтип ASN.1 Seq-id.)

-g N Идентификатор GI для одной сущности для сброса

-i N Тип поиска:
0 получить Seq-запись (по умолчанию)
1 получить состояние GI (вывод в stderr)
2 получить SeqIds
3 получить историю GI (только изменение последовательности)
4 получить историю изменений (любые изменения в ASN.1)

-l имя файла
Журнальный файл

-n Вывести только список GI (с -q и -Q).

-o имя файла
Имя файла для вывода (по умолчанию = стандартный вывод)

-q ул Сгенерируйте список gi по запросу Entrez. Требует -дн or -дп.

-s ул SeqId в стиле FASTA ЗАКРЫТ ЦИТАТАМИ. Форматы:
lcl |Int or ул
bbs |Int
BBM |Int
gb |акк|LOC
набережная |акк|LOC
пир |акк|имя
зр |акк|имя
погладить |страна|патент|далее
gi |Int
dbj |акк|LOC
прф |акк|имя
pdb |запись|цепь

-t N Тип выхода:
1 текст ASN.1 (по умолчанию)
2 двоичных ASN.1
3 GenBank (только Seq-запись)
4 GenPept (только Seq-запись)
5 ФАСТА (таблица для истории)
6 оценок качества (только Seq-запись)
7 сводных документов Энтреза
8 FASTA обратное дополнение

Используйте idfetch в Интернете с помощью сервисов onworks.net