img2dcm - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

img2dcm - Преобразование стандартных форматов изображений в формат DICOM

СИНТАКСИС

img2dcm [параметры] imgfile-in dcmfile-out

ОПИСАНИЕ

Ассоциация img2dcm инструмент служит инструментом преобразования из стандартного формата изображения, такого как JPEG или BMP
в DICOM. Могут быть выбраны различные классы выходных СОП. Дополнительная информация
(относительно пациентов, серий и т. д.), хранящиеся в выходном файле DICOM, могут быть извлечены из
другие файлы DICOM, которые служат «шаблоном» для результирующего объекта DICOM. img2dcm может
также можно настроить на создание отсутствующих атрибутов DICOM типа 1 и типа 2 для работы даже
без какого-либо набора данных шаблона.

ПАРАМЕТРЫ

imgfile-in файл изображения для импорта

dcmfile-out выходной файл DICOM

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Генеральная кредита
-ч --помощь
распечатайте этот текст справки и выйдите

--версия
распечатать информацию о версии и выйти

- аргументы
распечатать развернутые аргументы командной строки

-q --тихий
тихий режим, печать без предупреждений и ошибок

-v --подробный
подробный режим, детали обработки печати

-d --отладка
режим отладки, печать отладочной информации

-ll --log-level [l] evel: строковая константа
(фатальный, ошибка, предупреждение, информация, отладка, трассировка)
использовать уровень l для регистратора

-lc --log-config [f] имя_файла: строка
используйте файл конфигурации f для регистратора

вход кредита
Генеральная:

-i --input-format [i] nput формат файла: строка
поддерживаемые форматы: JPEG (по умолчанию), BMP

-df --dataset-from [f] имя_файла: строка
использовать набор данных из файла DICOM f

-stf --study-from [f] имя_файла: строка
читать пациента / исследование из файла DICOM f

-sef --series-from [f] имя_файла: строка
читать пациента / исследование / серию из файла DICOM f

-ii --instance-inc
увеличить номер экземпляра, прочитанный из файла DICOM

Формат JPEG:

-dp --отключить-прогр
отключить поддержку прогрессивного JPEG

-de --отключить-расширение
отключить поддержку расширенного последовательного JPEG

-jf --настаивать-на-jfif
настаивать на существовании заголовка JFIF

-ка --keep-appn
сохранить разделы APPn (кроме JFIF)

обработка кредита
проверка атрибутов:

- делать проверки
включить проверку достоверности атрибутов (по умолчанию)

--нет проверок
отключить проверку достоверности атрибутов

+ i2 --insert-type2
вставить отсутствующие атрибуты типа 2 (по умолчанию)
(только с --do-check)

-i2 --нет-вставки-типа2
не вставлять отсутствующие атрибуты типа 2
(только с --do-check)

+ i1 --invent-type1
изобретать недостающие атрибуты типа 1
(только с --do-check)

-i1 - нет-тип1-изобретать
не изобретайте недостающие атрибуты типа 1
(только с --do-check)

набор символов:

+ l1 --latin1
установить latin-1 как стандартный набор символов (по умолчанию)

-l1 --не-латиница1
сохранить 7-битный ASCII в качестве стандартного набора символов

другие варианты обработки:

-k --key [k] ey: gggg, eeee = "str", путь или имя словаря = "str"
добавить дополнительный атрибут

выходной кредита
целевой класс СОП:

-sc --sec-захват
написать Secondary Capture SOP class

-nsc --новый-sc
написать новые классы СОП вторичного захвата

-vlp --vl-фото
написать класс Visible Light Photographic SOP (по умолчанию)

формат выходного файла:

+ F - записать файл
записать формат файла (по умолчанию)

-F --запись-набор данных
записывать набор данных без метаинформации файла

кодирование длины группы:

+ g = --group-length-recalc
пересчитать длину группы, если она есть (по умолчанию)

+ g --group-length-create
всегда пишите с элементами длины группы

-g --группа-длина-удалить
всегда писать без элементов длины группы

кодирование длины в последовательностях и элементах:

+ e - длина-явный
писать с явной длиной (по умолчанию)

-e - длина-undefined
писать с неопределенной длиной

Завершающее заполнение набора данных (кроме --write-dataset):

-p --отступ от заполнения
без заполнения (неявно, если --write-dataset)

+ p --padding-create [f] ile-pad [i] tem-pad: целое число
выровнять файл по нескольким байтам
и элементы, кратные i байтам

ПРИМЕЧАНИЯ

Атрибут Источники
Для преобразования общего формата изображения в формат DICOM, img2dcm приложение может быть
подается с некоторыми дополнительными данными для заполнения обязательных (и необязательных) атрибутов в новом
Файл DICOM, содержащий информацию о пациентах, исследованиях и сериях. Эта информация может быть собрана
используя разные подходы, которые можно комбинировать и применять к файлу результатов в
в следующем порядке:

· С помощью --dataset-от вариант img2dcm вынужден импортировать атрибуты из существующего
DICOM файл. Данный файл DICOM полностью импортирован и служит основой для всех
дальнейшие экспортные операции. В качестве исключения UID экземпляра SOP не копируется этим
вариант. Также во время преобразования происходит обмен данными, связанными с изображениями, такими как строки, столбцы и т. Д.
Обратите внимание, что img2dcm не проверяет достоверность других значений атрибутов, например, делает
не смотреть в последовательности, чтобы адаптировать какие-либо атрибуты к новому объекту (ссылочные изображения
так далее.). Поэтому рекомендуется использовать шаблоны в каталоге данных для (старых)
Объекты SC и VLP. См. Также раздел «Шаблоны ввода».
· The - исследование из и --series-от параметры (взаимоисключающие) могут использоваться для импорта
информация о пациенте, исследовании и серии из существующего файла DICOM. Если --series-от is
указан, то данный файл DICOM открывается img2dcm и вся обязательная информация
до уровня серии импортируется. Обратите внимание, что это включает пациента, исследование и серию
Информация. В случае - исследование из, информация о серии исключается. Следующий
берутся атрибуты:
Уровень пациента:
Имя пациента
ID пациента
Пол пациента
Дата рождения пациента
Конкретный набор символов

Уровень обучения:
UID экземпляра исследования
Дата исследования
Учебное время
Ссылающийся на имя врача
ID исследования
Номер доступа

Уровень серии (только в случае опции --series-from):
UID экземпляра серии
Номер серии
ПРОИЗВОДИТЕЛЬ
· С --insert-type2 и --invent-type1 параметры (оба включены по умолчанию), отсутствуют
атрибуты (атрибуты типа 2) и / или отсутствующие значения атрибутов (для атрибутов типа 1)
автоматически добавляются и изобретаются img2dcm. Обратите внимание, что это только
оценивается, если вариант - делать проверки включен (по умолчанию). Если --нет проверок варианты
включено, автоматическая вставка атрибутов не выполняется.
· The --ключ можно использовать для добавления дополнительных атрибутов в выходной файл DICOM. Этот
опция применяется в самом конце, непосредственно перед сохранением файла DICOM. Это также
можно указать последовательности, элементы и вложенные атрибуты с помощью --ключ вариант. В
В этих случаях необходимо использовать специальное обозначение «пути». Подробная информация об этом обозначении пути может
можно найти в документации dcmodify.
UID
Созданы новые UID экземпляра исследования и серии. if необходимо после применения --учиться-
от и --серии параметры. Если UID экземпляра исследования или UID экземпляра серии отсутствуют
после этих шагов они создаются заново независимо друг от друга. Напротив
поведение выбирается для UID экземпляра SOP, которое можно было бы ожидать, когда
используя --dataset-от вариант. Это не В этом случае UID экземпляра SOP не копироваться
к новому объекту. Это должно быть желательным поведением для большинства случаев использования. Однако если
определенный UID экземпляра SOP должен быть вставлен в новый объект, --ключ вариант должен
использоваться.
вход Шаблоны
Для поддержки преобразования в DICOM, img2dcm поставляется с некоторыми предопределенными шаблонами
который можно использовать для --dataset-от вариант (см. примеры файлов СК.дамп и VLP.дамп).
Эти шаблоны следует заполнить желаемыми значениями, а затем выгрузить
(преобразованный) в файл DICOM перед фактическим использованием с img2dcm. Используйте дамп2дкм в
преобразовать дамп в формат DICOM. Пример:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

В качестве шаблона можно использовать любой файл DICOM. Обратите внимание, что полный DICOM
набор данных импортирован; следовательно, следует быть уверенным, что присутствуют только те атрибуты, которые
должен быть частью созданного объекта DICOM. UID класса SOP и пиксельные данные
атрибуты (включая такие атрибуты, как строки, столбцы и т. д.) не копируются, а заменяются
img2dcm во время конвертации.
вход Плагины
Ассоциация img2dcm в настоящее время приложение поддерживает форматы изображений JPEG и BMP в качестве входных данных.
JPEG вход Плагин
Для JPEG исходный JPEG из исходного файла не декодируется, а извлекается и слегка
преобразованы (например, заголовок JFIF обрезан), чтобы обеспечить быстрое преобразование даже больших файлов JPEG
без необходимости декодирования и перекодирования. Плагин JPEG выбирает необходимый вывод
синтаксис передачи автоматически в зависимости от фактического кодирования данных внутри JPEG
файл. Следовательно, следующие синтаксисы передачи (и соответствующие им кодировки JPEG)
используются плагином JPEG:
· Базовый процесс кодирования JPEG 1, с потерями, неиерархический, последовательный, DCT, Хаффмана, 8 бит
Класс SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· Процесс кодирования JPEG 2 (8-битный) и 4 (12-битный) расширенный, с потерями, неиерархический,
Последовательный, DCT, Хаффман, 8/12 бит, класс SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· Процесс кодирования JPEG 10 (8-битный) и 12 (12-битный) Full Progression, с потерями, без иерархии.,
Progressive, DCT, Huffman, 8/12 Bit Класс SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Поддерживаются цветные изображения и изображения в оттенках серого.
Поддержка расширенного синтаксиса передачи JPEG может быть отключена (--disable-ext опция)
а также поддержка (устаревшего) синтаксиса прогрессивной передачи JPEG (--отключить-прогр
опция).
Кодирование без потерь JPEG, а также любые арифметические или иерархические режимы кодирования JPEG являются
не поддерживается плагином.
Информация JFIF (формат обмена файлами JPEG) упрощает использование дополнительных маркеров APPn в
Файл JPEG. Многие цифровые камеры не интегрируют такую ​​информацию JFIF в формат JPEG.
результат, который они создают. Например, JFIF содержит информацию о соотношении сторон пикселя
сжатое изображение. Если вы хотите img2dcm приложение, чтобы настоять на заголовке JFIF в
поток JPEG, вы можете использовать опцию --настаивать на jfif который будет прерван, если не будет JFIF
информацию можно найти. По умолчанию отсутствующая информация JFIF игнорируется.
Для DICOM это своего рода «серая зона», будь то интеграция JFIF (или любого другого APPn)
данные во внутренний поток JPEG объекта DICOM разрешены или нет. Однако большинство
Надежный подход - вырезать эти маркеры и информацию о них из потока JPEG. Этот
подход также используется img2dcm заявление. По умолчанию все маркеры APPn обрезаны.
выключен из исходного потока JPEG. Однако, если вы хотите сохранить другие маркеры APPn, кроме
JFIF (например, информация EXIF) внутри потока DICOM, опция --keep-appn делает
обманывать. Это также должно быть немного быстрее, чем отключение информации APPn, потому что это
нет необходимости сканировать весь поток JPEG на предмет таких данных. Информация JFIF всегда
удалено img2dcm.
BMP вход Плагин
img2dcm поддерживает BMP в качестве входного формата. Однако пока только самые распространенные изображения BMP
поддерживается. В частности, изображения BMP, в которых используются битовые поля или кодирование длин серий, будут
отклоненный. Такие изображения встречаются нечасто. Все входные изображения будут преобразованы в изображение DICOM.
с цветовой моделью RGB и битовой глубиной 24. Специальных параметров для тонкой настройки нет
Преобразование формата BMP.
Результат Плагины
Требуемый выходной класс SOP можно выбрать в командной строке. В настоящее время экспорт
плагин для класса SOP Secondary Capture Image (по умолчанию, опция -SC), новая вторичная
Классы СОП Capture Image (опция -нск) и класс SOP для фотографических изображений в видимом свете
(вариант -вл) доступны. Обратите внимание, что первый устарел в соответствии с
Стандарт DICOM, но выбран по умолчанию, потому что он широко поддерживается. Будущее
версии img2dcm может предоставить дополнительные плагины вывода для других классов SOP.
Для новых классов СОП вторичного захвата невозможно указать, какие именно
Для вывода следует использовать класс SOP. Это потому, что эти новые классы СОП
отличаются друг от друга глубиной цвета (1/8/16) и тем, является ли изображение
черный / белый или цветной. Поэтому img2dcm решает во время преобразования, какие выходные СОП
класс подходит для данного исходного изображения.

ПРИМЕРЫ

Вот несколько примеров, показывающих, как img2dcm приложение можно использовать.
1. img2dcm image.jpg out.dcm
Прочтите файл JPEG 'image.jpg', преобразуйте его в старый класс SOP Secondary Capture и сохраните
результат в файл DICOM 'out.dcm'. Это самый простой способ использования img2dcm. Любой тип
Атрибуты 1 и 2, необходимые для записи действительных объектов этого класса SOP:
вставляется автоматически.
2. img2dcm -i BMP image.bmp out.dcm
То же, что и выше, но указывает img2dcm читать файл BMP вместо JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'Имя пациента = Бонд ^ Джеймс'
То же, что и в первом примере, но записывает объект «Фотографическое изображение в видимом свете» в out.dcm.
и устанавливает для PatientName значение «Bond ^ James», которое в противном случае оставалось бы пустым.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'Имя пациента = Бонд ^ Джеймс'
То же, что и 1), но импортирует информацию о пациенте / исследовании / серии из файла DICOM
'template.dcm'. Обратите внимание, что атрибут PatientName будет содержать "Bond ^ James" в
в конце любое значение из 'template.dcm' будет перезаписано. То есть, потому что -k
опция применяется в самом конце конвейера преобразования (см. выше).
5. img2dcm image.jpg out.dcm --no-check
То же, что и 1), но без проверки атрибутов и без типов 1 и 2
вставка атрибута! Таким образом, в этом случае будет создан недопустимый объект DICOM. Этот
может быть интересно, если выходной файл не предназначен для завершения, но будет подвергаться
дальнейшие преобразования, например добавление атрибутов с помощью dcmodify. Только использовать вариант --нет-
проверки если знаешь что делаешь!
6. img2dcm image.jpg out.dcm --no-type1-Invent
То же, что и 1), но не вставляет отсутствующие атрибуты типа 1 и / или их значения. Тип 2
атрибуты будут вставлены. Обратите внимание, что в этом случае необходимо убедиться, что все типы 1
атрибуты предоставляются другими способами, т. е. добавлением их с помощью --ключ опцию.
В противном случае img2dcm сообщит об ошибке и прекратит преобразование.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --sist-on-jfif
То же, что и 1), но переносит информацию APPn, такую ​​как EXIF, в объект DICOM.
результирующий поток JPEG. Дальше, --настаивать на jfif заставит img2dcm прервать, если нет
Информация JFIF существует в исходном файле.

ВЕДЕНИЕ ЖУРНАЛА

Уровень вывода журнала различных инструментов командной строки и базовых библиотек может
указывается пользователем. По умолчанию в стандарт записываются только ошибки и предупреждения.
поток ошибок. Использование опции --подробный также информационные сообщения, такие как детали обработки
сообщаются. Вариант --отлаживать можно использовать для получения более подробной информации о внутренней деятельности,
например, для отладки. Другие уровни ведения журнала можно выбрать с помощью опции --бревно-
уровень. В --тихий сообщается только о фатальных ошибках. В таких случаях очень серьезных ошибок
приложение обычно закрывается. Для получения дополнительной информации о различных уровнях ведения журнала,
см. документацию модуля oflog.
В случае, если вывод журнала должен быть записан в файл (необязательно с ротацией файла журнала),
в системный журнал (Unix) или в журнал событий (Windows). --log-config может быть использован. Этот
файл конфигурации также позволяет направлять только определенные сообщения на конкретный вывод
поток и для фильтрации определенных сообщений на основе модуля или приложения, в котором они
генерируются. Пример файла конфигурации представлен в /logger.cfg.

КОМАНДА ЛИНИЯ

Все инструменты командной строки используют следующие обозначения параметров: квадратные скобки заключают
необязательные значения (0-1), три точки в конце указывают, что разрешено несколько значений
(1-n), комбинация обоих означает от 0 до n значений.
Параметры командной строки отличаются от параметров ведущим знаком "+" или "-",
соответственно. Обычно порядок и положение параметров командной строки произвольное (т. Е. Они
может появиться где угодно). Однако, если варианты являются взаимоисключающими, крайний правый вид
используется. Такое поведение соответствует стандартным правилам оценки обычных оболочек Unix.
Кроме того, один или несколько командных файлов можно указать с помощью знака «@» в качестве префикса к
имя файла (например, @ command.txt). Такой аргумент команды заменяется содержимым
соответствующий текстовый файл (несколько пробелов рассматриваются как один разделитель, если
они помещаются между двумя кавычками) перед дальнейшей оценкой. Обратите внимание, что
командный файл не может содержать другой командный файл. Этот простой, но эффективный подход
позволяет суммировать общие комбинации опций / параметров и избегает длинных и
запутанные командные строки (пример приведен в файле /dumppat.txt).

ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА

Ассоциация img2dcm Утилита попытается загрузить словари данных DICOM, указанные в
ДКМДИКТПУТЬ переменная окружения. По умолчанию, т.е. если ДКМДИКТПУТЬ переменная среды
не установлен, файл /dicom.dic будет загружен, если словарь не построен
в приложение (по умолчанию для Windows).
Поведение по умолчанию должно быть предпочтительным, а ДКМДИКТПУТЬ только переменная окружения
используется, когда требуются альтернативные словари данных. В ДКМДИКТПУТЬ переменная среды
имеет тот же формат, что и оболочка Unix PATH переменная, в которой двоеточие (':') разделяет
записи. В системах Windows в качестве разделителя используется точка с запятой (';'). Словарь данных
код попытается загрузить каждый файл, указанный в ДКМДИКТПУТЬ переменная окружения. Это
является ошибкой, если невозможно загрузить словарь данных.

Используйте img2dcm онлайн с помощью сервисов onworks.net