Это командный вкладыш, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Insegt - Пересечение данных секвенирования второго поколения с аннотацией
СИНТАКСИС
вставка [ОПЦИИ]
ОПИСАНИЕ
INSEGT - это инструмент для анализа выравнивания считываний RNA-Seq (односторонних или парных)
с помощью генных аннотаций.
Входными данными для INSEGT является файл SAM, содержащий выравнивания, и файл, содержащий
аннотации эталонного генома в формате GFF или GTF.
-h, --Помогите
Отображает это справочное сообщение.
--версия
Отображение информации о версии
Параметры: :
-ро, - чтение-вывод ФАЙЛОВ
Выходное имя файла для чтения-вывода, которое содержит сопоставленные аннотации, за которыми следует
их родительская аннотация. Допустимый тип файла: gff.
-ао, --анно-вывод ФАЙЛОВ
Имя выходного файла для анно-вывода, которое содержит аннотации, аналогичные GFF
ввод и дополнительно количество отображенных чтений и нормализованное выражение
уровни в РПКМ. Допустимый тип файла: gff.
-в, --tuple-выход ФАЙЛОВ
Имя выходного файла для вывода кортежей, которое содержит кортежи экзонов, соединенные чтениями или
матовые пары. Допустимый тип файла: gff.
-фо, --fusion-выход STR
Имя выходного файла для слияния-выхода, которое содержит экзонный кортеж слияния генов
(Расширенный вариант, в настоящее время нет порта вывода для KNIME). Один из gff.
-n, - тройка INT
ntuple По умолчанию: 2.
-o, --смещение-интервал INT
Смещение на короткие интервалы выравнивания для поиска. По умолчанию: 5.
-t, --пороговые зазоры INT
Порог разрешенных пробелов в выравнивании (не интронов). По умолчанию: 5.
-c, --порог-количество INT
Порог мин. количество кортежей для вывода. По умолчанию: 1.
-r, --порог-об/км ДВОЙНОЙ
Порог мин. РПКМ кортежа для вывода. По умолчанию: 0.0.
-m, --max-кортеж
Создайте только maxTuple (которые охватывают все чтение).
-e, --exact-ntuple
Создайте только кортеж точной длины n. По умолчанию весь кортеж до заданной длины
вычисляются (если -m установлен, -e будут проигнорированы).
-u, - неизвестная ориентация
Ориентация чтения неизвестна.
ПРИМЕРЫ
вставка
пример / alignments.sam пример / annotations.gff
Запустите INSEGT для файлов примеров с параметрами по умолчанию.
вставка -m пример / alignments.sam пример / annotations.gff
Запустите INSEGT для файлов примеров и вычислите только maxTuple.
вставка -c 2 пример / alignments.sam пример / annotations.gff
Запустите INSEGT для файлов примеров и выведите только кортеж с мин. количество 2.
Версия
версия инсегта: 1.0 Последнее обновление 2012-09-11
Используйте инсегт онлайн с помощью сервисов onworks.net
