Это команда ipig, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
ipig - Интеграция PSM в визуализации браузера Genome
СИНТАКСИС
айпиг <псм файл> | -g | -c | -cg [ ]
ОПИСАНИЕ
iPiG нацелен на интеграцию совпадений пептидного спектра (PSM) из масс-спектрометрии
(MS) идентификация пептидов в визуализации генома, предоставляемая браузером генома, например
как браузер генома UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG принимает PSM из стандартного формата MS mzIdentML (* .mzid) или в текстовом формате и
предоставляет результаты в форматах дорожек генома (файлы BED и GFF3), которые можно легко
импортированы в браузеры генома.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
<псм файл>
указывает файл с совпадениями пептидного спектра (mzid / txt)
-g, -гуи
запускает графический пользовательский интерфейс iPiG
-c, -контроль
запускает контроль генов, в конфигурации необходимо указать необходимые файлы
файл
-cg, -controlgui
запускает графический пользовательский интерфейс генного контроля
-d, -загрузчик
запускает графический интерфейс загрузки
можно указать другой файл конфигурации (иначе ipig.conf загружается
дефолт)
дополнительные требования:
при использовании режима без графического интерфейса конфигурационный файл (по умолчанию ipig.conf) должен содержать несколько
дополнительные параметры, например, указание эталонного генома и т. д.
в режиме графического интерфейса (-g и -cg) дополнительные параметры могут быть указаны двумя способами, в пределах
интерфейс или с помощью файла конфигурации.
загляните в readme.txt и ipig.conf для примеров и более подробной информации о
дополнительные параметры
Используйте ipig в Интернете с помощью сервисов onworks.net
